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- PDB-6wfi: Methylmalonyl-CoA epimerase in complex with 2-nitronate-propionyl-CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wfi
タイトルMethylmalonyl-CoA epimerase in complex with 2-nitronate-propionyl-CoA
要素Methylmalonyl-CoA epimerase
キーワードISOMERASE / Epimerase / acid-base / enol / enolate
機能・相同性
機能・相同性情報


methylmalonyl-CoA epimerase activity / L-methylmalonyl-CoA metabolic process
類似検索 - 分子機能
Methylmalonyl-CoA epimerase / : / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-KFV / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / VOC domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Stunkard, L.M. / Benjamin, A.B. / Bower, J.B. / Huth, T.J. / Lohman, J.R.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2022
タイトル: Substrate Enolate Intermediate and Mimic Captured in the Active Site of Streptomyces coelicolor Methylmalonyl-CoA Epimerase.
著者: Stunkard, L.M. / Benjamin, A.B. / Bower, J.B. / Huth, T.J. / Lohman, J.R.
履歴
登録2020年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月12日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / database_2 / entity_src_gen
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylmalonyl-CoA epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3207
ポリマ－16,0601
非ポリマー1,2606
水5,116284
1
A: Methylmalonyl-CoA epimerase
ヘテロ分子

A: Methylmalonyl-CoA epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,64014
ポリマ－32,1202
非ポリマー2,52012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.837, 68.837, 103.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-331-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methylmalonyl-CoA epimerase


分子量: 16059.767 Da / 分子数: 1 / 変異: M1S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO5398 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L2C2

-
非ポリマー , 6種, 290分子

#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-KFV / [1-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfanyl]-1-oxidanylidene-propan-2-ylidene]-bis(oxidanidyl)azanium


分子量: 867.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H38N8O19P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM sodium chloride, 100 mM Bis-Tris:HCl pH 7.0, 2.6 M ammonium sulfate, 5% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月8日 / 詳細: MD2 Micro Diffractometer
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→30 Å / Num. obs: 52867 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.061 / Rsym value: 0.059 / Χ2: 1.051 / Net I/av σ(I): 38.672 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 752533
反射 シェル解像度: 1.37→1.42 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 6.516 / Num. unique obs: 5196 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.44 Å25.84 Å
Translation5.44 Å25.84 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHASER2.7.17位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JC5

1jc5


解像度: 1.37→25.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 0.56 / SU ML: 0.023 / SU R Cruickshank DPI: 0.0392 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1736 2548 4.8 %RANDOM
Rwork0.1474 ---
obs0.1486 50250 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.83 Å2 / Biso mean: 19.115 Å2 / Biso min: 8.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å2-0 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.37→25.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1109 0 74 314 1497
Biso mean--31.95 35.84 -
残基数----144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0131323
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6171.7041825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6531.6212793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4525177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57421.73375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.54515218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8271511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2870.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02286
LS精密化 シェル解像度: 1.37→1.405 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 181 -
Rwork0.22 3630 -
all-3811 -
obs--98.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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