PDB-6xb4: Structure of PrGV poxin in post-reactive state with Gp[2'-5']Ap[3']

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xb4

タイトル

Structure of PrGV poxin in post-reactive state with Gp[2'-5']Ap[3']

要素

Poxin

キーワード

HYDROLASE / Poxin / Nuclease / Granulovirus / Baculovirus / Innate Immunity / cGAS / cGAMP / STING

機能・相同性

Protein of unknown function DUF5887 / Family of unknown function (DUF5887) / 2',5'-GpAp / Acetyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Pieris rapae granulovirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Eaglesham, J.B. / McCarty, K.L. / Kranzusch, P.J.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structures of diverse poxin cGAMP nucleases reveal a widespread role for cGAS-STING evasion in host-pathogen conflict.
著者: Eaglesham, J.B. / McCarty, K.L. / Kranzusch, P.J.

履歴

登録	2020年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xb4.cif.gz	408.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xb4.ent.gz	277.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xb4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6xb4_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xb4_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6xb4_validation.xml.gz	39.3 KB	表示
CIF形式データ	6xb4_validation.cif.gz	55.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/6xb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/6xb4	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	5kss-d 4ovi-d 1ii5-1 6gqi-2 4nbk-d 4up2-2 3hlx-d 3vdn-d 1otw-d 3tfz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Poxin

B: Poxin

C: Poxin

D: Poxin

ヘテロ分子

94.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Poxin

B: Poxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
46.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Poxin

D: Poxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.470, 58.140, 100.698
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.548, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Poxin 分子量: 23032.080 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal serine residue is an expression tag. 由来: (組換発現) Pieris rapae granulovirus (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V9XTR0
#2: 化合物	ChemComp-9BG / 2',5'-GpAp / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methyl [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-2-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-5-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxolan-3-yl] hydrogen phosphate 分子量: 692.427 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₆N₁₀O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 200 mM magnesium chloride, 100 mM Tris-Cl, 21-25% PEG-3350 PH範囲: 8.3 - 8.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→38.64 Å / Num. obs: 66856 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 27.42 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4149 / CC_1/2: 0.472 / R_pim(I) all: 0.934

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→38.64 Å / SU ML: 0.1795 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.651
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2068	2006	3.01 %
R_work	0.1826	64535	-
obs	0.1833	66541	98.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6216	0	138	749	7103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	6506
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5676	8854
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0475	968
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0027	1117
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.3325	2307

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.2837	133	0.2759	4331	X-RAY DIFFRACTION	93.41
1.95-2	0.2638	147	0.2481	4544	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2-2.06	0.3024	133	0.2378	4586	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.06-2.13	0.2363	158	0.2191	4572	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.13-2.2	0.2533	122	0.2098	4679	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.2-2.29	0.25	149	0.2063	4588	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.29-2.39	0.2346	141	0.204	4574	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.39-2.52	0.2319	150	0.2061	4627	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.52-2.68	0.2552	144	0.197	4606	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.68-2.88	0.216	142	0.1945	4633	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.88-3.17	0.2092	139	0.1777	4663	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.17-3.63	0.1813	151	0.1686	4659	X-RAY DIFFRACTION	99.11
3.63-4.58	0.1721	146	0.1412	4688	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.58-38.64	0.1691	151	0.1679	4785	X-RAY DIFFRACTION	99.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.711420272967	0.734233932144	-0.662283375678	1.24669538512	-0.304763169354	1.30994899123	-0.120279289075	0.233957131771	0.0643618938438	-0.0873183436112	0.141970275856	0.0617334388909	-0.0151777099574	-0.0853639166573	0.000218384818383	0.18561467761	0.0134370222266	-0.00527884885156	0.195152231292	0.0312541724651	0.207655132811	-4.9566985747	10.9602007701	20.7216541936
2	0.788325269684	0.202963753524	-0.244818830555	0.429469188709	-0.454258246618	0.438669091681	0.128012648279	0.026329355615	0.159688596133	0.194885613056	-0.0134178718448	-0.0375725056821	-0.199585102213	0.0668178730542	0.00458303352326	0.279940774026	-0.0181804348546	0.00680310439475	0.168734855393	-0.0227556027829	0.224374943061	-5.894930897	10.327613366	35.9974061681
3	0.493367086351	-0.54251321491	0.458733249866	1.01356530459	0.0299706609565	1.29679676055	0.00632124776319	-0.152039452434	-0.00206842184353	0.210967693708	0.0198058463624	0.136408377295	-0.125234104703	-0.0430698867548	-9.2465891127E-5	0.334853777888	-0.0137926990075	0.0591055140412	0.187196077345	-0.00975018098874	0.185352473389	-15.0021126723	3.37073156638	50.9506733802
4	0.46077471343	-0.134173485524	-0.297481402822	0.200332354966	-0.144666937972	0.398368631251	0.341553142419	-0.128996540619	0.100197906102	0.0624321256898	-0.182900033982	0.0343147213566	-0.319623068365	0.120610452005	0.037213906713	0.29662792508	0.00258341008731	0.0295418406626	0.154530135736	-0.0138413445043	0.236383915351	-8.29533635393	4.21534631302	41.7282909524
5	0.538512878069	-0.149564085621	-0.381266153248	0.540913888331	0.15035942223	0.274814741208	-0.20091603065	-0.62790858512	-0.226594779035	0.574257296089	0.108434801449	-0.0425845965204	0.247574474813	0.222814699513	-0.00876210798731	0.318919628703	-0.00983524235379	-0.00941867642969	0.326093325991	0.0529556073877	0.278861085178	-4.0558208146	-15.23309538	58.424078995
6	0.365571587935	-0.494544320892	0.324519061329	0.520139516466	-0.310404199224	0.823593531938	0.0263157250236	0.0768130897196	0.0156442574488	-0.0277074452539	-0.131702323293	-0.0734100148448	0.0287566560828	0.312366863148	-0.0124313236623	0.201172583323	-0.016247429315	-0.0132462139295	0.248864993567	0.0450995019394	0.217490772049	6.24520014044	-11.9593747301	46.0582414762
7	0.926177951769	-0.312501043253	-0.318920573863	0.401634179694	0.0692343389634	0.454316333646	-0.0568043448914	0.214384074685	-0.266266339595	-0.0275336676717	0.0461372277069	-0.221592283454	0.109278689287	0.652204977038	-0.150112374945	0.226915163313	0.00942371465484	-0.0111339079564	0.402843549748	0.0398542126004	0.240148654308	14.0437241385	-17.9087137266	49.6468451996
8	0.566027500059	0.533750362687	0.149863643958	0.696548568586	0.148300235097	0.733032180552	0.205797638749	0.209950571878	-0.25642276702	0.0058273026907	0.0824470105448	-0.438596919849	0.470822933515	0.422911544307	0.0310901146937	0.340774068634	0.0779290737815	-0.039900394501	0.344183291566	-0.00203752000379	0.297951267575	9.5124618286	-21.6783366791	41.5352468752
9	0.196334430416	-0.0412604758383	-0.138712701285	0.0400133005854	-0.101090048976	0.3338043073	0.0988441109207	-0.17356301639	-0.0553929174735	-0.0480443263877	-0.100996091791	-0.0162134691765	0.00873014761116	0.115244001994	0.0026257525088	0.295417180787	0.00358756412109	-0.0183243992379	0.181903835949	0.00838006578518	0.227251566336	-3.14909490569	-7.16842126189	43.7168492133
10	0.348374527706	0.245432004229	-0.117534143521	0.156442360785	-0.0801773188868	0.0691673683388	0.00514929126431	0.726206258817	-0.336557776877	-0.454510688339	-0.251186564099	0.160049720205	-0.109667054665	-0.321665020247	-0.0567904818751	0.534893491087	0.0526597542698	-0.0992970059603	0.392054065872	-0.108549358703	0.354663043709	-12.1984942648	-14.2784027665	26.3951330471
11	0.142439951353	-0.304269095376	-0.0905649312576	1.27773824877	-0.0777347748815	0.241085941604	-0.159896681871	0.215792829537	0.27460834331	-0.794555309746	-0.201218589266	0.891244193137	-0.520128508494	-0.605183003573	0.135066916367	1.00862099616	0.217246119408	-0.508743110759	0.634394036285	-0.25466763078	0.439472273547	-22.3928919342	-9.38277420778	22.6558229175
12	0.0206473079411	-0.0570042206272	-0.0649661512644	0.310766074395	-0.122564244251	0.831729486329	0.0485973083875	0.309778130402	-0.438415254719	0.0952217091916	-0.0949853431723	0.341080384893	0.590279942658	-0.364874519473	0.067225488525	0.311894619349	0.0185407983017	-0.0708214762739	0.232752653728	-0.0550254711744	0.296660346035	-15.553202606	-12.0295480426	34.753206676
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 88 )	A	A	1 - 88	1 - 88
2	2	chain 'A' and (resid 89 through 142 )	A	A	89 - 142	89 - 142
3	3	chain 'A' and (resid 143 through 175 )	A	A	143 - 175	143 - 175
4	4	chain 'A' and (resid 176 through 199 )	A	A	176 - 199	176 - 199
5	5	chain 'B' and (resid 0 through 16 )	B	B	0 - 16	1 - 17
6	6	chain 'B' and (resid 17 through 72 )	B	B	17 - 72	18 - 73
7	7	chain 'B' and (resid 73 through 88 )	B	B	73 - 88	74 - 89
8	8	chain 'B' and (resid 89 through 108 )	B	B	89 - 108	90 - 109
9	9	chain 'B' and (resid 109 through 124 )	B	B	109 - 124	110 - 125
10	10	chain 'B' and (resid 125 through 135 )	B	B	125 - 135	126 - 136
11	11	chain 'B' and (resid 136 through 152 )	B	B	136 - 152	137 - 153
12	12	chain 'B' and (resid 153 through 169 )	B	B	153 - 169	154 - 163
13	13	chain 'B' and (resid 170 through 183 )	B	B	170 - 183	164 - 177
14	14	chain 'B' and (resid 184 through 197 )	B	B	184 - 197	178 - 191
15	15	chain 'C' and (resid 2 through 26 )	C	C	2 - 26	1 - 25
16	16	chain 'C' and (resid 27 through 88 )	C	C	27 - 88	26 - 87
17	17	chain 'C' and (resid 89 through 108 )	C	C	89 - 108	88 - 107
18	18	chain 'C' and (resid 109 through 153 )	C	C	109 - 153	108 - 152
19	19	chain 'C' and (resid 154 through 183 )	C	C	154 - 183	153 - 175
20	20	chain 'C' and (resid 184 through 197 )	C	C	184 - 197	176 - 189
21	21	chain 'D' and (resid 2 through 21 )	D	D	2 - 21	1 - 20
22	22	chain 'D' and (resid 22 through 88 )	D	D	22 - 88	21 - 87
23	23	chain 'D' and (resid 89 through 123 )	D	D	89 - 123	88 - 122
24	24	chain 'D' and (resid 124 through 149 )	D	D	124 - 149	123 - 148
25	25	chain 'D' and (resid 150 through 183 )	D	D	150 - 183	149 - 171
26	26	chain 'D' and (resid 184 through 198 )	D	D	184 - 198	172 - 186

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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