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- PDB-6xat: Crystal structure of the human FoxP4 DNA binding Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xat
タイトルCrystal structure of the human FoxP4 DNA binding Domain
要素FOXP4 protein
キーワードTRANSCRIPTION / Forkhead Domain Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FOXP, coiled-coil domain / FOXP coiled-coil domain / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者VIllalobos, P. / Castro-Fernandez, V. / Medina, E. / Gonzalez-Ordenes, F. / Maturana, P. / Herrera-Morande, A. / Ramirez-Sarmiento, C.A. / Babul, J.
資金援助 チリ, ブラジル, 6件
組織認可番号国
Other governmentFONDECYT 1170701 チリ
Other governmentFONDECYT 21151101 チリ
Other governmentFONDEQUIP EQM 120208 チリ
Other governmentCONICYT, Proyectos REDES ETAPA INICIAL, Convocatoria 2017 REDI170497 チリ
Other governmentBrazilian Synchrotron Light Laboratory, Proposals 20170411 ブラジル
Other governmentCONICYT, FONDECYT 11140601 チリ
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2023
タイトル: Unraveling the folding and dimerization properties of the human FoxP subfamily of transcription factors.
著者: Villalobos, P. / Carvajal, A.I. / Castro-Fernandez, V. / Babul, J. / Ramirez-Sarmiento, C.A. / Medina, E.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FOXP4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2352
ポリマ－13,2121
非ポリマー231
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: FOXP4 protein
ヘテロ分子

A: FOXP4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4704
ポリマ－26,4242
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area2000 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area9090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.449, 70.648, 63.469
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-209-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FOXP4 protein


分子量: 13212.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE4)C41 / 参照: UniProt: Q96AP5
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.32 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium Formate 4 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35.1 Å / Num. obs: 4862 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 42.07 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02268 / Rpim(I) all: 0.02268 / Rrim(I) all: 0.03208 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.3315 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique obs: 488 / CC1/2: 0.786 / Rpim(I) all: 0.374 / Rrim(I) all: 0.4688 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A07

2a07


解像度: 2.2→35.1 Å / SU ML: 0.2454 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.2007 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2225 304 6.26 %
Rwork0.1981 4554 -
obs0.1995 4858 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数628 0 1 17 646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0108646
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0847883
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076698
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064112
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6505222
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.770.30941500.23972229X-RAY DIFFRACTION100
2.77-35.10.19911540.18662325X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.218720227435-0.147843346285-0.1523712122550.09557461265370.08866866619590.255124825827-0.0586385478917-0.6967461646030.778216720801-0.5023902998290.833586539757-0.0634993821360.426701446954-0.646435686627-9.54150347771E-60.6103397649760.07338982181820.03191538588110.5218650713160.06098286848260.478898012883-2.83610075823-3.08541893-18.2057285676
20.0642763606514-0.01351956815960.1280367414670.858209289304-0.3477084142150.471488968832-0.07037306800890.497352568808-0.267210581357-0.3452490566920.5217381126820.73824305013-0.243584703803-0.4484692257670.0004161185318350.426518472698-0.008925758244370.01085896429810.4118050863740.03138328424610.438337338191-4.17899976536-12.4935468936-6.98634172264
30.04380595374860.0781508351495-0.0422308808670.107199801701-0.08084549372030.03713557561150.05200306614710.357187915422-0.691902115355-0.1358103222530.270118052778-0.258474182944-0.197152205455-0.2068523156315.06070041877E-60.366585966806-0.02889592745840.00448918011060.403499193180.004844985482540.423473814536-4.69891132505-21.0820766531-0.369660866025
40.6253478514460.299481658774-0.1946969190990.7096436888180.6594252719190.9316206725160.07584367120480.347264866644-0.3265883454030.0424941100409-0.177483325598-0.3619881834511.017313051140.742711394097-9.82764993072E-70.4543894807120.0489632549157-0.01395483704380.459695063246-0.002842259638480.4180310325724.76761076837-16.8354686149-6.5942434159
50.1681227190750.0163839276420.06473566269280.0776847301515-0.03543743863370.142163560969-1.566057085220.5266384816971.05197354641-1.18370295230.938776177695-1.51115769116-0.9077570389681.47386173655-0.002716999973580.577431716201-0.1144357637560.09147015221520.83123273901-0.08697728507520.83104000858310.7097765162-11.3062838807-13.3573257514
60.409716741656-0.001345746429250.4896224815761.537931395450.1743736268830.804811864371-0.1750545735870.2695217460610.424219622188-0.1060156969540.0578624342288-0.237086614453-0.03041767276020.0739182941167-2.4578626257E-60.4174247448420.01583785094180.0319242206920.3889301279570.04538654111620.3798722397385.97879122133-5.95113960736-2.23928631386
70.923125653481.05313915236-0.1407568084611.36599869770.2365017937310.697337901493-0.299781704217-0.2005149581670.9093592050970.56244119676-0.485479744278-0.342087804377-0.480231359330.100621316244-1.0114804358E-50.486014049695-0.0143834037990.02138971298570.506210401399-0.005953794379650.495376911273-4.33043010473-8.554460053494.32392041038
80.0607891339016-0.0184863124604-0.04112906527070.001086476420430.01281878417820.0237457742158-0.733879453591-0.9648633904370.3998563137051.799541589220.317497855989-0.4653292735440.9202582682772.2375925604-7.06721473334E-71.026853624050.0463744934707-0.1462513248990.760867089460.1613405367980.7341702882210.889270939332-20.311616149210.832177815
93.586942534830.4596275222851.087726188310.715415004608-0.1413291564740.584436263765-0.00631187738997-1.39686933641.158591760221.02524787055-0.1944814530230.6291701909670.283585451621-1.33943930357-0.02257794516680.3919211466190.02322127493220.08334310224910.574228213945-0.0560841643510.519898947071-6.7326724095-12.37807642473.56248405782
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 7 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 8 through 18 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 19 through 25 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 26 through 36 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 37 through 44 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 45 through 57 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 58 through 64 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 65 through 70 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 71 through 77 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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