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- PDB-1eih: SOLUTION STRUCTURE OF THE HUMAN CHEMOKINE EOTAXIN-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eih
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE HUMAN CHEMOKINE EOTAXIN-2
要素EOTAXIN-2
キーワードCYTOKINE / chemokine / chemotactic cytokine / eosinophil chemoattractant
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of eosinophil migration / CCR3 chemokine receptor binding / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / chemokine activity / positive regulation of actin filament polymerization / positive regulation of endothelial cell proliferation / cytoskeleton organization / positive regulation of angiogenesis ...positive regulation of eosinophil migration / CCR3 chemokine receptor binding / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / chemokine activity / positive regulation of actin filament polymerization / positive regulation of endothelial cell proliferation / cytoskeleton organization / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / regulation of cell shape / immune response / positive regulation of cell migration / receptor ligand activity / inflammatory response / signal transduction / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 24
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / hybrid distance geometry, simulated annealing
データ登録者Mayer, K.L. / Stone, M.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: NMR solution structure and receptor peptide binding of the CC chemokine eotaxin-2.
著者: Mayer, K.L. / Stone, M.J.
履歴
登録2000年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EOTAXIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3241
ポリマ－8,3241
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 EOTAXIN-2


分子量: 8323.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00175
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM eotaxin2 U-15N/13C; 20 mM NaOAc90% H2O/10% D2O
21 mM eotaxin-2 U-15N,13C; 20 mM NaOAc90% H2O/10% D2O
31 mM eotaxin-2 U-15N,13C; 20 mM NaOCa100% D2O
41 mM eotaxin-2 10% 13C; 20 mM NaOAc100% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM acetate / pH: 4.1 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY INOVA / 製造業者: Varian / モデル: UNITY INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMRcollection
Felix98データ解析
X-PLOR98Brunger構造決定
X-PLOR98Brunger精密化
精密化手法: hybrid distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 1000 steps at 2000K for 3 ps, cooled to 1000K for 3 ps (1000 steps at 3 fs/step) slow cooled from 1000K to 100K (6000 steps at 5 fs/step), 200 steps restrained energy minimization
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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