+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xat | |||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of the human FoxP4 DNA binding Domain | |||||||||||||||||||||
Components | FOXP4 protein | |||||||||||||||||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Forkhead Domain Transcription factor | |||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / metal ion binding / nucleus Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | VIllalobos, P. / Castro-Fernandez, V. / Medina, E. / Gonzalez-Ordenes, F. / Maturana, P. / Herrera-Morande, A. / Ramirez-Sarmiento, C.A. / Babul, J. | |||||||||||||||||||||
Funding support | Chile, Brazil, 6items
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Citation | Journal: Febs Lett. / Year: 2023 Title: Unraveling the folding and dimerization properties of the human FoxP subfamily of transcription factors. Authors: Villalobos, P. / Carvajal, A.I. / Castro-Fernandez, V. / Babul, J. / Ramirez-Sarmiento, C.A. / Medina, E. | |||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xat.cif.gz | 55.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xat.ent.gz | 33 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xat.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/6xat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/6xat | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2a07S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13212.062 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: FOXP4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): (DE4)C41 / References: UniProt: Q96AP5 |
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#2: Chemical | ChemComp-NA / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.72 Å3/Da / Density % sol: 28.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Sodium Formate 4 M |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.4587 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 8, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.4587 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→35.1 Å / Num. obs: 4862 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 42.07 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02268 / Rpim(I) all: 0.02268 / Rrim(I) all: 0.03208 / Net I/σ(I): 19.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.3315 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique obs: 488 / CC1/2: 0.786 / Rpim(I) all: 0.374 / Rrim(I) all: 0.4688 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2A07 Resolution: 2.2→35.1 Å / SU ML: 0.2454 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.2007 / Stereochemistry target values: CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→35.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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