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万見
- PDB-6xa6: Crystal Structure of Human Scribble PDZ3:Vangl2 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xa6
タイトルCrystal Structure of Human Scribble PDZ3:Vangl2 Complex
要素
  • Protein scribble homolog
  • Vang-like protein 2
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Cell polarity
機能・相同性
機能・相同性情報


cell migration involved in kidney development / dopaminergic neuron axon guidance / serotonergic neuron axon guidance / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / establishment of planar polarity / extrinsic component of postsynaptic density membrane / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development ...cell migration involved in kidney development / dopaminergic neuron axon guidance / serotonergic neuron axon guidance / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / establishment of planar polarity / extrinsic component of postsynaptic density membrane / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / synaptic vesicle targeting / polarized epithelial cell differentiation / epithelial structure maintenance / myelin sheath abaxonal region / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / protein localization to adherens junction / cell-cell contact zone / mammary gland duct morphogenesis / apical protein localization / post-anal tail morphogenesis / non-motile cilium assembly / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / activation of GTPase activity / PCP/CE pathway / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / auditory receptor cell stereocilium organization / RND1 GTPase cycle / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / receptor clustering / positive chemotaxis / positive regulation of receptor recycling / heart looping / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / negative regulation of activated T cell proliferation / CDC42 GTPase cycle / negative regulation of mitotic cell cycle / immunological synapse / synaptic vesicle endocytosis / lateral plasma membrane / signaling adaptor activity / neural tube closure / Asymmetric localization of PCP proteins / adherens junction / wound healing / cell-cell adhesion / positive regulation of type II interferon production / cell-cell junction / cell migration / cell junction / lamellipodium / presynapse / basolateral plasma membrane / cell population proliferation / postsynaptic density / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / apical plasma membrane / glutamatergic synapse / protein kinase binding / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vang-like protein / Strabismus protein / : / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain ...Vang-like protein / Strabismus protein / : / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain / Leucine-rich repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein scribble homolog / Vang-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者How, J.Y. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1103871 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1079133 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of the human Scribble-Vangl2 association in health and disease.
著者: How, J.Y. / Stephens, R.K. / Lim, K.Y.B. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein scribble homolog
C: Vang-like protein 2
A: Protein scribble homolog
D: Vang-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0675
ポリマ－22,0054
非ポリマー621
水1,22568
1
B: Protein scribble homolog
C: Vang-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0653
ポリマ－11,0032
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5190 Å2
手法PISA
2
A: Protein scribble homolog
D: Vang-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0032
ポリマ－11,0032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.706, 54.706, 129.979
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw

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要素

#1: タンパク質 Protein scribble homolog / hScrib / Protein LAP4


分子量: 10082.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCRIB, CRIB1, KIAA0147, LAP4, SCRB1, VARTUL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14160
#2: タンパク質・ペプチド Vang-like protein 2 / Loop-tail protein 1 homolog / Strabismus 1 / Van Gogh-like protein 2


分子量: 920.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ULK5
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.34 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.8 and 66% (v/v) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9357 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9357 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→37.08 Å / Num. obs: 15107 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 27.6 % / Biso Wilson estimate: 34.05 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 38.36
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 5.54 / Num. unique obs: 1475 / CC1/2: 0.952

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WYU

4wyu


解像度: 1.95→37.08 Å / SU ML: 0.2053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.9974
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2533 778 5.15 %
Rwork0.2166 14323 -
obs0.2185 15101 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→37.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1326 0 4 68 1398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00931335
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15471794
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0545216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3659503
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.070.28821180.22562341X-RAY DIFFRACTION99.96
2.07-2.230.25321300.21112322X-RAY DIFFRACTION99.96
2.23-2.460.29881230.21622343X-RAY DIFFRACTION99.96
2.46-2.810.28521460.22892346X-RAY DIFFRACTION99.92
2.81-3.540.26361270.2252417X-RAY DIFFRACTION100
3.54-37.080.22431340.20892554X-RAY DIFFRACTION99.63
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.366196512260.3010076888890.646839293394.687846074390.4101927087724.73748908890.4359587232710.1856377645890.14648719919-1.076148872120.04012806640450.403222479503-0.6460532722111.119323631-0.1976616882240.377614916747-0.0600283783377-0.03057480592410.7941035618140.1414581079480.546428343209-4.412491112228.11731490767-10.4992930013
26.3234464818-1.150888894411.541938085825.182696688280.8349318675465.91824488885-0.2016536926460.000328111928115-0.0190374878114-0.06543505170990.236096954623-0.090778158671-0.150162184396-0.215241042612-0.1931898574060.191548985625-0.0260054005334-0.01852965603230.3951775581580.08038511494990.278614771295-14.50052642662.91285847636-8.85240841353
36.70717159813-0.04534067950491.181242391298.30213350075-2.459106642334.51935838754-0.2772676759160.6685594484211.093935653570.1689737077310.230290812837-1.48771064251-0.1753101851860.3304621976660.1780318838380.1314448957860.0202798973725-0.07607187043080.3851270113970.04408351866570.309424827856-7.625186677046.72258453451-8.15442151239
44.806355965412.36554384105-1.242995912882.10837063754-1.867803886995.81460358977-0.05808265153920.477857009574-0.453185151278-0.5430907983230.4476961405290.7334402592470.283391356436-0.1205209241-0.3785754605560.206150771612-0.0391521076134-0.04536637634780.4650869850770.02545237932090.475570329499-22.8892192233-0.40858497134-10.462474378
54.91001042572.15283790755-0.7107417305254.081770637740.3980441328482.88408349451-0.1999114343760.668174025731-0.5876687575740.09410721329980.245350647371-0.153498228090.60516027606-0.46863254441-0.03545729663940.300382358119-0.07610254410860.02325857849550.430938195652-0.03994345502110.331812337171-39.2789825205-5.36799459517-10.2199940012
65.828764658743.511179339741.241450364126.06242979272.878750408023.65108096745-0.390770711537-0.5693856975571.02216415604-0.0496288048859-0.0873624584654-1.6994862886-2.755514449842.02325002024-0.6303802656250.672881664828-0.2447807290490.02823478826010.6961465360030.1022171749270.525145143469-33.3190966911.5162223296-3.54582236983
76.06343296608-0.235322547267-1.696419897535.93965606551-0.7607188397336.12136083441-0.02128319162430.333974642898-0.25434648887-0.013989383683-0.00928071439224-0.03954176711720.07767167467610.130336812158-0.02266788830120.157633379785-0.0135124519922-6.05382973183E-50.4044506388920.05360262084150.247703160011-37.199558468-0.350955816317-8.73426753187
86.715300054761.45458956321-0.413528703854.251832474371.606584881775.57232384707-0.5654237256520.911728839678-0.6561586182730.2767652775610.66313094368-0.0889238336731-0.0836845126132-0.1024791376450.3734345462210.1350387402590.06129679776170.01937284097670.36433068589-0.08303840747890.407534171908-43.0760590988-3.18448795319-7.47755076331
96.136230803212.534944649160.6508366197452.677020413841.65906767416.54674600356-0.3743164819780.0712927671310.167634268982-0.7873411138940.6784190863170.463551756361-0.6997362054960.139048710303-0.1054765044290.220770713157-0.006285441830860.02116241282770.3888039508370.05872921066870.357139805747-27.3200722964.23572295832-10.280838408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1000 through 1008 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1009 through 1079 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1080 through 1092 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 516 through 521 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1000 through 1020 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1021 through 1035 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1036 through 1079 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1080 through 1092 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 515 through 521 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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