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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x8y
タイトルRibose-bound structure of Marinomonas primoryensis PA14 carbohydrate-binding domain
要素Antifreeze protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Ribose-MpPA14 complex / PA14 domain / carbohydrate-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Cadherin-like domain / : / : / : / Cadherin-like domain / Bacterial antifreeze protein repeat / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-ribopyranose / Antifreeze protein
類似検索 - 構成要素
生物種Marinomonas primoryensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Guo, S. / Davies, P.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)
引用
ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of Ligand Selectivity by a Bacterial Adhesin Lectin Involved in Multispecies Biofilm Formation.
著者: Guo, S. / Vance, T.D.R. / Zahiri, H. / Eves, R. / Stevens, C. / Hehemann, J.H. / Vidal-Melgosa, S. / Davies, P.L.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular basis for a bacterial adhesins sugar-binding module
著者: Guo, S.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antifreeze protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2609
ポリマ－19,7631
非ポリマー4978
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.140, 50.720, 79.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Antifreeze protein


分子量: 19763.000 Da / 分子数: 1 / 断片: carbohydrate-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinomonas primoryensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1YIY3
#2: 糖 ChemComp-RIP / beta-D-ribopyranose / beta-D-ribose / D-ribose / ribose / RIBOSE(PYRANOSE FORM) / β-D-リボピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DRibpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-ribopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-RibpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M HEPES (pH 7), 20% (v/v) polyethylene glycol 3350 and ~ 30 % (w/v) ribose

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.96→42.78 Å / Num. obs: 103936 / % possible obs: 92.82 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 6.78 Å2 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 0.96→0.99 Å / Num. unique obs: 5238 / Rpim(I) all: 2.76

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5j6y

5j6y


解像度: 1→42.78 Å / SU ML: 0.1044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.2511
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1666 4865 4.99 %
Rwork0.1545 92553 -
obs0.1551 97418 98.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 11.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→42.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1373 0 26 282 1681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01261444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35451972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0213491
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1-1.010.46081130.4692200X-RAY DIFFRACTION71.23
1.01-1.020.36721280.38722513X-RAY DIFFRACTION81.19
1.02-1.040.34271590.32813029X-RAY DIFFRACTION96.34
1.04-1.050.25311620.25973073X-RAY DIFFRACTION98.78
1.05-1.060.23681610.22863051X-RAY DIFFRACTION98.83
1.06-1.080.22621620.20413085X-RAY DIFFRACTION97.71
1.08-1.090.23081610.19473049X-RAY DIFFRACTION99.47
1.09-1.110.19061640.18533114X-RAY DIFFRACTION99.79
1.11-1.130.15721640.13793121X-RAY DIFFRACTION99.91
1.13-1.140.16171630.12993096X-RAY DIFFRACTION100
1.14-1.160.16991640.12783111X-RAY DIFFRACTION99.97
1.16-1.190.12251650.12283135X-RAY DIFFRACTION100
1.19-1.210.14081650.11723131X-RAY DIFFRACTION100
1.21-1.230.13881630.12193115X-RAY DIFFRACTION99.97
1.23-1.260.15071650.12583129X-RAY DIFFRACTION100
1.26-1.290.13931650.12273123X-RAY DIFFRACTION100
1.29-1.320.1361630.13143110X-RAY DIFFRACTION100
1.32-1.360.12831660.12983141X-RAY DIFFRACTION99.97
1.36-1.40.1591640.12723123X-RAY DIFFRACTION100
1.4-1.440.13561650.13013146X-RAY DIFFRACTION99.97
1.44-1.490.15491660.12753148X-RAY DIFFRACTION100
1.49-1.550.1391650.12683141X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.620.15541660.13013153X-RAY DIFFRACTION99.91
1.62-1.710.14121660.13923143X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.820.1481670.14753184X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.960.17381670.1533162X-RAY DIFFRACTION99.97
1.96-2.150.13411680.14673189X-RAY DIFFRACTION99.97
2.15-2.470.16941680.15943203X-RAY DIFFRACTION99.88
2.47-3.110.19611710.17313236X-RAY DIFFRACTION99.97
3.11-42.780.17321790.16423399X-RAY DIFFRACTION99.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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