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- PDB-6x86: Crystal Structure of TNFalpha with indolinone compound 11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x86
タイトルCrystal Structure of TNFalpha with indolinone compound 11
要素Tumor necrosis factor
キーワードCYTOKINE / Trimer / inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of vitamin D biosynthetic process ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / response to macrophage colony-stimulating factor / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of translational initiation by iron / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of protein-containing complex disassembly / response to gold nanoparticle / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / : / positive regulation of hair follicle development / negative regulation of myelination / death receptor agonist activity / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of bicellular tight junction assembly / negative regulation of amyloid-beta clearance / negative regulation of cytokine production involved in immune response / response to isolation stress / inflammatory response to wounding / cellular response to toxic substance / positive regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of I-kappaB phosphorylation / sequestering of triglyceride / positive regulation of interleukin-18 production / positive regulation of action potential / TNF signaling / positive regulation of protein transport / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / leukocyte migration involved in inflammatory response / necroptotic signaling pathway / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of mononuclear cell migration / leukocyte tethering or rolling / response to fructose / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of fever generation / negative regulation of myoblast differentiation / regulation of establishment of endothelial barrier / negative regulation of glucose import / endothelial cell apoptotic process / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of protein localization to cell surface / negative regulation of oxidative phosphorylation / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of osteoclast differentiation / regulation of metabolic process / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of programmed cell death / regulation of immunoglobulin production / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of fat cell differentiation / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / cortical actin cytoskeleton organization / response to L-glutamate / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of viral genome replication / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / negative regulation of endothelial cell proliferation / Interleukin-10 signaling / negative regulation of interleukin-6 production / regulation of insulin secretion / phagocytic cup / humoral immune response / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of lipid storage / skeletal muscle contraction / positive regulation of cell adhesion / negative regulation of mitotic cell cycle
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UTY / Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Longenecker, K.L. / Stoll, V.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Development of Orally Efficacious Allosteric Inhibitors of TNF alpha via Fragment-Based Drug Design.
著者: Dietrich, J.D. / Longenecker, K.L. / Wilson, N.S. / Goess, C. / Panchal, S.C. / Swann, S.L. / Petros, A.M. / Hobson, A.D. / Ihle, D. / Song, D. / Richardson, P. / Comess, K.M. / Cox, P.B. / ...著者: Dietrich, J.D. / Longenecker, K.L. / Wilson, N.S. / Goess, C. / Panchal, S.C. / Swann, S.L. / Petros, A.M. / Hobson, A.D. / Ihle, D. / Song, D. / Richardson, P. / Comess, K.M. / Cox, P.B. / Dombrowski, A. / Sarris, K. / Donnelly-Roberts, D.L. / Duignan, D.B. / Gomtsyan, A. / Jung, P. / Krueger, A.C. / Mathieu, S. / McClure, A. / Stoll, V.S. / Wetter, J. / Mankovich, J.A. / Hajduk, P.J. / Vasudevan, A. / Stoffel, R.H. / Sun, C.
履歴
登録2020年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor
B: Tumor necrosis factor
C: Tumor necrosis factor
D: Tumor necrosis factor
E: Tumor necrosis factor
F: Tumor necrosis factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0348
ポリマ－105,0116
非ポリマー1,0232
水1,08160
1
A: Tumor necrosis factor
B: Tumor necrosis factor
C: Tumor necrosis factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0174
ポリマ－52,5063
非ポリマー5121
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18460 Å2
手法PISA
2
D: Tumor necrosis factor
E: Tumor necrosis factor
F: Tumor necrosis factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0174
ポリマ－52,5063
非ポリマー5121
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)249.698, 64.712, 53.647
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.420, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Tumor necrosis factor / Cachectin / TNF-alpha / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 2 / TNF-a


分子量: 17501.854 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNF, TNFA, TNFSF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01375
#2: 化合物 ChemComp-UTY / 3-[(6-{2-[(3R)-4-(hydroxyacetyl)-3-methylpiperazin-1-yl]pyrimidin-5-yl}-2,2-dimethyl-3-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]pyridine-2-carbonitrile


分子量: 511.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H29N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG8000, 0.2M magnesium acetate, 0.05M sodium cacadylate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→125 Å / Num. obs: 18536 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 86.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.93→2.98 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 974 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20171218データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1tnf

1tnf


解像度: 2.93→124.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.416
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 932 5.03 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.183 18536 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 189.39 Å2 / Biso mean: 88 Å2 / Biso min: 38.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.8781 Å20 Å214.3506 Å2
2---33.4611 Å20 Å2
3---23.583 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.93→124.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6598 0 76 60 6734
Biso mean--64.65 64.02 -
残基数----843
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2303SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1200HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6832HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion854SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7545SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6832HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9309HARMONIC21.23
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.21
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.68
LS精密化 シェル解像度: 2.93→2.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2944 25 6.2 %
Rwork0.2578 378 -
all0.26 403 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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