[日本語] English
万見
- PDB-6x84: Sn-glycerol-3-phosphate binding periplasmic protein UgpB from Esc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x84
タイトルSn-glycerol-3-phosphate binding periplasmic protein UgpB from Escherichia coli - W169S, W172S
要素sn-glycerol-3-phosphate-binding periplasmic protein UgpB
キーワードCHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerophosphodiester transmembrane transport / glycerol-3-phosphate-transporting ATPase complex / glycerol-3-phosphate transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
sn-glycerol-3-phosphate-binding periplasmic protein UgpB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Wu, K. / Zyla, D. / Bardwell, J.C.A.
資金援助 米国, スイス, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Swiss National Science Foundation310030B_176403/1 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_156304 スイス
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: A metabolite binding protein moonlights as a bile-responsive chaperone.
著者: Lee, C. / Betschinger, P. / Wu, K. / Zyla, D.S. / Glockshuber, R. / Bardwell, J.C.
履歴
登録2020年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: sn-glycerol-3-phosphate-binding periplasmic protein UgpB
B: sn-glycerol-3-phosphate-binding periplasmic protein UgpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2193
ポリマ－92,1272
非ポリマー921
水11,818656
1
A: sn-glycerol-3-phosphate-binding periplasmic protein UgpB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0641
ポリマ－46,0641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: sn-glycerol-3-phosphate-binding periplasmic protein UgpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1562
ポリマ－46,0641
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.936, 46.724, 94.792
Angle α, β, γ (deg.)90.890, 98.530, 105.130
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質 sn-glycerol-3-phosphate-binding periplasmic protein UgpB


分子量: 46063.586 Da / 分子数: 2 / 変異: W169S, W172S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ugpB, b3453, JW3418 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AG80
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100mM CHES (pH7.5) and 30% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.000001539413 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000001539413 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→46.8 Å / Num. obs: 370190 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.598 % / Biso Wilson estimate: 23.085 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 0.909 / Net I/σ(I): 14.04 / Num. measured all: 1332055 / Scaling rejects: 198
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.25-1.283.4331.2120.989013329508262570.5321.44289
1.28-1.323.6861.0091.259597528588260400.6131.18391.1
1.32-1.363.7550.8071.629620827944256230.7340.94391.7
1.36-1.43.720.651.979263827150249000.7960.76191.7
1.4-1.443.6660.5162.448876626278242110.8570.60592.1
1.44-1.493.570.3633.348361525408234200.9180.42892.2
1.49-1.553.3610.2654.37622524406226790.9420.31892.9
1.55-1.613.7080.2055.998200623788221160.9730.2493
1.61-1.693.5560.1567.487485822532210510.9820.18493.4
1.69-1.773.5220.11110.197120721578202180.990.13293.7
1.77-1.863.8040.08214.497375620598193870.9950.09594.1
1.86-1.983.7660.05919.456841819432181660.9970.06993.5
1.98-2.113.6980.04425.36339218282171400.9980.05293.8
2.11-2.283.5740.03630.525746716968160780.9980.04394.8
2.28-2.53.3280.02934.434953515664148860.9990.03595
2.5-2.83.4520.02639.574661614166135030.9990.03195.3
2.8-3.233.4220.02344.484075212468119080.9990.02795.5
3.23-3.953.4720.01950.243558610564102500.9990.02397
3.95-5.593.7050.01754.4229605809679910.9990.0298.7
5.59-46.83.5040.01753.4315297445243660.9990.0298.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4aq4

4aq4


解像度: 1.25→46.8 Å / SU ML: 0.1318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.304
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1858 9424 5 %
Rwork0.1576 179120 -
obs0.159 188544 94.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.25→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6270 0 6 656 6932
Biso mean--33.15 37.72 -
残基数----830
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01026456
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12158783
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0855942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00791164
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.13732303
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.260.3162890.30385529X-RAY DIFFRACTION86.67
1.26-1.280.3323020.29725731X-RAY DIFFRACTION91.41
1.28-1.290.33473080.27995857X-RAY DIFFRACTION92.62
1.29-1.310.28493020.25155743X-RAY DIFFRACTION91.91
1.31-1.330.25953080.24215860X-RAY DIFFRACTION92.72
1.33-1.350.28373080.22655837X-RAY DIFFRACTION92.42
1.35-1.370.25013080.22175850X-RAY DIFFRACTION93.08
1.37-1.390.24383090.2135873X-RAY DIFFRACTION93.29
1.39-1.410.24093110.20115894X-RAY DIFFRACTION93.1
1.41-1.430.24713080.19645879X-RAY DIFFRACTION93.81
1.43-1.460.24033130.19035940X-RAY DIFFRACTION93.43
1.46-1.480.23593090.17895860X-RAY DIFFRACTION94
1.48-1.510.21753170.16636016X-RAY DIFFRACTION94.38
1.51-1.540.19083120.15435941X-RAY DIFFRACTION94.24
1.54-1.570.18893130.14675962X-RAY DIFFRACTION94.4
1.57-1.610.20413170.14436003X-RAY DIFFRACTION95.2
1.61-1.650.18563090.14455923X-RAY DIFFRACTION95.22
1.65-1.70.20783200.14466075X-RAY DIFFRACTION95.31
1.7-1.750.1873160.14365981X-RAY DIFFRACTION95.51
1.75-1.80.20013190.14536070X-RAY DIFFRACTION95.9
1.8-1.870.20273190.14636065X-RAY DIFFRACTION96.17
1.87-1.940.17823200.14656072X-RAY DIFFRACTION96.28
1.94-2.030.18293200.1456086X-RAY DIFFRACTION96.58
2.03-2.140.16823200.13936094X-RAY DIFFRACTION96.84
2.14-2.270.18123210.1446098X-RAY DIFFRACTION97.14
2.27-2.450.18923260.14896190X-RAY DIFFRACTION97.4
2.45-2.690.17723230.15416128X-RAY DIFFRACTION97.52
2.69-3.080.17543240.16566162X-RAY DIFFRACTION97.58
3.08-3.880.17613240.15626166X-RAY DIFFRACTION97.76
3.88-46.80.15763290.14646235X-RAY DIFFRACTION98.92

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る