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- PDB-6x6e: Glucocorticoid Receptor DNA binding domain in complex with methyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x6e
タイトルGlucocorticoid Receptor DNA binding domain in complex with methylated precursor for a modern recognition element (methylated pre-GBS)
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*GP*(5CM)P*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*CP*(5CM)P*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')
  • Glucocorticoid receptor糖質コルチコイド受容体
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / GR / pre-GBS
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / microglia differentiation / mammary gland duct morphogenesis / maternal behavior ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / microglia differentiation / mammary gland duct morphogenesis / maternal behavior / astrocyte differentiation / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / regulation of gluconeogenesis / adrenal gland development / cellular response to steroid hormone stimulus / estrogen response element binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / steroid binding / cellular response to dexamethasone stimulus / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Hsp90 protein binding / SUMOylation of intracellular receptors / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / Nuclear Receptor transcription pathway / spindle / Regulation of RUNX2 expression and activity / nuclear receptor activity / positive regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / chromatin organization / 遺伝子発現 / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / ミトコンドリアマトリックス / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / 細胞分裂 / negative regulation of DNA-templated transcription / 中心体 / apoptotic process / シナプス / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
糖質コルチコイド受容体 / 糖質コルチコイド受容体 / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...糖質コルチコイド受容体 / 糖質コルチコイド受容体 / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / 糖質コルチコイド受容体
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, X. / Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
American Heart Association17POST33660110 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK095750 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for glucocorticoid receptor recognition of both unmodified and methylated binding sites, precursors of a modern recognition element.
著者: Liu, X. / Weikum, E.R. / Tilo, D. / Vinson, C. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2020年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年9月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor
B: Glucocorticoid receptor
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*GP*(5CM)P*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*CP*(5CM)P*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0978
ポリマ－27,8354
非ポリマー2624
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.385, 39.089, 97.371
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.618, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Glucocorticoid receptor / 糖質コルチコイド受容体 / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 8398.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C1, GRL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04150
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*GP*(5CM)P*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')


分子量: 5555.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*CP*(5CM)P*GP*TP*TP*CP*TP*G)-3')


分子量: 5481.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.56 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 80 mM calcium chloride, 1 % glycerol, and 7 % PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→36.991 Å / Num. obs: 29271 / % possible obs: 98.69 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 45.1 Å2 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.194 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.001→2.072 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique obs: 2652 / CC1/2: 0.692 / % possible all: 90.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FYL

3fyl


解像度: 2→36.99 Å / SU ML: 0.1928 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.1084
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2122 1993 6.83 %
Rwork0.1811 27203 -
obs0.1832 29196 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1112 732 4 30 1878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00681945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.882762
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481300
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.4689501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.33181240.31891691X-RAY DIFFRACTION87.22
2.05-2.110.29981410.28091924X-RAY DIFFRACTION98.85
2.11-2.170.25761410.24451944X-RAY DIFFRACTION99.81
2.17-2.240.28921430.22991940X-RAY DIFFRACTION99.76
2.24-2.320.281440.21931950X-RAY DIFFRACTION99.95
2.32-2.410.24861410.19991947X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.520.25441450.21131964X-RAY DIFFRACTION99.86
2.52-2.650.23841430.21941949X-RAY DIFFRACTION99.86
2.65-2.820.21871440.20151975X-RAY DIFFRACTION99.95
2.82-3.040.20341430.21851960X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.340.29191400.20591925X-RAY DIFFRACTION98.19
3.34-3.830.2161460.17751968X-RAY DIFFRACTION98.6
3.83-4.820.18161460.14852005X-RAY DIFFRACTION99.95
4.82-36.990.17021520.14992061X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.59966954751.882920874351.246957545315.639811421690.1299362165914.11287107650.09397924356870.00286568234102-0.928108205589-0.142544635168-0.1187123382280.4869942972410.204142558488-0.7659295203390.06499980842550.3188398108130.00876464509398-0.007047270136010.410994219723-0.03105736662380.50606412092717.8512781989-18.3245344492-1.58291354346
27.664451619211.021378508593.366131588384.86221393085-2.3588299207810.1486081275-0.108189267694-0.429640636203-0.0456041689229-0.0280853853825-0.0873608108894-0.0373480899124-0.244658755774-0.1408292536450.1592930004890.3145926830050.01135452389210.0008898007399660.286266654775-0.03796783824070.38289251584427.5719274738-15.08969690850.565753819111
39.428959101352.66858629185-1.388606412065.303590555550.1465948963674.739874655440.162994285668-2.189761786670.04228927057861.17040550672-0.143665017769-0.540992069092-0.5066669325230.225968082117-0.04639730651090.7014923767740.00647404285648-0.1575911696930.9134613907090.007916528323620.4650712733341.4519749088-17.294048754825.5876594117
47.97165634463-3.150880820430.8859107520527.68657354017-2.195782235140.625162122603-1.504921225320.11898171547-0.99803150239-1.898230263470.514047622049-1.532638405511.558807758610.02967944430820.8262528665021.47861423692-0.2238821741580.5012763280561.247051977270.1705045700971.6200612900331.5547565955-30.586765532919.9800883756
55.96546142771-0.1602505771370.4991067586284.822644998952.744698387088.33414297441-0.0673539450617-0.834924739631-0.07658378970550.673769309614-0.0345952426318-0.5798859622620.09706662360870.03273915377020.1287682687660.4074580317040.0181518081446-0.07789410797670.408691049990.04718241976690.39188901259540.3933836057-21.493157141315.2961209414
610.15136503813.86510284968-1.723889525588.587405671290.9350450733552.070532081150.7652524193870.0570696769132-1.91852405870.226795676239-0.18757649244-0.941922461216-0.00110575084659-0.654667803123-0.6670729415980.4635152514360.0349351368125-0.1377554460640.5800649839260.03153182894720.9100645494757.21496466695-14.41499859360.754058572628
71.952562540271.862109917251.863984094842.039762084721.774642498929.83658915557-0.956184747086-2.04914559354-1.129323190922.179354236420.7957835136210.750971201343-1.37735590428-0.9970106878610.03781981673570.6233118534080.05291785952880.09430605601751.388764695990.2669325639040.78318335031813.4339364458-19.211160094517.1781708259
83.124484723062.05475755016-0.8167989883732.47041253426-0.004851634347482.47440657934-0.171026567092-1.78572567892-0.09282144180211.000533870520.4522618668990.087896608657-1.55377385944-1.05655909386-0.2479830768171.097653509950.334659223553-0.1953584250351.46759822915-0.1368361452160.52444671365130.2924102135-14.302915388430.8785327748
94.86707305466-3.56046739891-1.483645522835.99221829431-1.027049040565.45350340111-1.09209802991-1.85457312002-0.0885989643903-0.6705909438730.6280779387250.222180934006-1.355635235920.1362250752450.3924635180051.1847150109-0.0353043765307-0.2324711506851.537157891360.04978870052640.55044259996537.0654436344-19.158140716836.6136370412
103.06953386762-2.102107171091.237650849864.2498201259-1.297597128877.77918049171-0.25457073354-2.28331802151-0.5856525796090.728570107250.4914094855890.453551039354-0.420716001574-0.803953498247-0.2608398651210.4718567080710.07164154192960.03584951392851.084204859280.09117634041790.58448520775115.1371478233-16.757321088615.8322027085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 419 through 450 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 451 through 491 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 419 through 449 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 450 through 454 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 455 through 489 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 5 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 6 through 10 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 11 through 18 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 19 through 23 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 24 through 36 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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