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Yorodumi- PDB-6x6d: Glucocorticoid Receptor DNA binding domain in complex with unmodi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6x6d | |||||||||
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Title | Glucocorticoid Receptor DNA binding domain in complex with unmodified precursor for a modern recognition element (pre-GBS) | |||||||||
Components |
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Keywords | DNA/DNA BINDING PROTEIN / GR / pre-GBS / DNA BINDING PROTEIN / DNA-DNA BINDING PROTEIN complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / microglia differentiation / maternal behavior / mammary gland duct morphogenesis ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / microglia differentiation / maternal behavior / mammary gland duct morphogenesis / nucleus localization / astrocyte differentiation / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / regulation of gluconeogenesis / adrenal gland development / cellular response to steroid hormone stimulus / estrogen response element binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / steroid binding / cellular response to dexamethasone stimulus / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Hsp90 protein binding / SUMOylation of intracellular receptors / spindle / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of neuron apoptotic process / Regulation of RUNX2 expression and activity / nuclear receptor activity / Circadian Clock / sequence-specific double-stranded DNA binding / gene expression / chromatin organization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / mitochondrial matrix / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / synapse / apoptotic process / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.48 Å | |||||||||
Authors | Liu, X. / Ortlund, E.A. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2021 Title: Structural basis for glucocorticoid receptor recognition of both unmodified and methylated binding sites, precursors of a modern recognition element. Authors: Liu, X. / Weikum, E.R. / Tilo, D. / Vinson, C. / Ortlund, E.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6x6d.cif.gz | 140.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6x6d.ent.gz | 108.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6x6d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6d | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6x6eC 3fylS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 8241.719 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: NR3C1, GRL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P04150 |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#2: DNA chain | Mass: 5541.592 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) |
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#3: DNA chain | Mass: 5467.541 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) |
-Non-polymers , 3 types, 18 molecules
#4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | ChemComp-CAC / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.93 Å3/Da / Density % sol: 68.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 50 mM Sodium cacodylate pH 6.5, 80 mM Calcium chloride, 1 % glycerol, and 8.5% PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Aug 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.48→39.456 Å / Num. obs: 15307 / % possible obs: 98.56 % / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 57.66 Å2 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 14.05 |
Reflection shell | Resolution: 2.48→2.57 Å / Num. unique obs: 1508 / CC1/2: 0.705 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3FYL Resolution: 2.48→39.456 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 24.46 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 155.89 Å2 / Biso mean: 71.8805 Å2 / Biso min: 30.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.48→39.456 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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