PDB-6x6b: Structure of the sulfate-bound form of ArrX from Chrysiogenes ars...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x6b

タイトル

Structure of the sulfate-bound form of ArrX from Chrysiogenes arsenatis

要素

ArrX

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Periplasmic binding protein

生物種

Chrysiogenes arsenatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Maher, M.J. / Poddar, N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structural and Functional Investigation of the Periplasmic Arsenate-Binding Protein ArrX from Chrysiogenes arsenatis .
著者: Poddar, N. / Badilla, C. / Maghool, S. / Osborne, T.H. / Santini, J.M. / Maher, M.J.

履歴

登録	2020年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6x6b.cif.gz	74 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6x6b.ent.gz	50.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x6b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6x6b_validation.pdf.gz	728.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6x6b_full_validation.pdf.gz	729.7 KB	表示
XML形式データ	6x6b_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	6x6b_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6x8wC 6x9gC 6xabC 6xadC 6xl2C 7l22C 6eskS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6x8w-d 7l22-d 6x9g-d 4gvo-1 3daj-d 4foo-1 6nq4-1 2xng-d 5aaf-d 3miy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ArrX

ヘテロ分子

34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.800, 53.200, 89.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ArrX 分子量: 34338.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chrysiogenes arsenatis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.05 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→45.7 Å / Num. obs: 29902 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.67→1.71 Å / Num. unique obs: 2161 / CC_1/2: 0.524

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ESK

6esk

解像度: 1.67→45.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.582 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2043	1447	4.8 %
R_work	0.1747	28407	-
all	0.176	-	-
obs	-	28407	99.275 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.458 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.126 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.817 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.309 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→45.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2020	0	28	182	2230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.366	1.643	2902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.312	1.565	4609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.938	5	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.402	20.769	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.647	15	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.272	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	477
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	409
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.072	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.178	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.448	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.074	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.582	2.983	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.582	2.981	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.282	4.47	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.281	4.473	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.603	3.359	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.601	3.361	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.915	4.904	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.914	4.906	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.156	36.579	2413
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.155	36.591	2414

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.67-1.713	0.278	116	0.272	2040	0.273	2196	0.766	0.76	98.1785	0.264
1.713-1.76	0.299	117	0.252	1952	0.255	2104	0.777	0.815	98.3365	0.242
1.76-1.811	0.264	93	0.251	1956	0.252	2065	0.844	0.854	99.2252	0.235
1.811-1.867	0.248	94	0.226	1914	0.227	2028	0.883	0.892	99.0138	0.208
1.867-1.928	0.29	85	0.215	1856	0.218	1963	0.88	0.904	98.8793	0.194
1.928-1.995	0.212	108	0.191	1757	0.192	1884	0.923	0.93	98.9915	0.171
1.995-2.071	0.216	78	0.184	1745	0.185	1841	0.917	0.935	99.0223	0.166
2.071-2.155	0.211	95	0.174	1661	0.176	1769	0.935	0.942	99.2651	0.155
2.155-2.251	0.198	94	0.168	1586	0.169	1689	0.949	0.954	99.4671	0.15
2.251-2.36	0.19	78	0.152	1540	0.153	1627	0.949	0.962	99.4468	0.134
2.36-2.488	0.198	61	0.144	1490	0.146	1559	0.949	0.965	99.4869	0.128
2.488-2.638	0.19	58	0.147	1412	0.148	1473	0.958	0.965	99.7963	0.131
2.638-2.819	0.206	69	0.16	1322	0.162	1392	0.952	0.961	99.9282	0.142
2.819-3.044	0.176	51	0.159	1233	0.159	1284	0.958	0.964	100	0.143
3.044-3.333	0.163	69	0.166	1140	0.166	1209	0.964	0.962	100	0.15
3.333-3.724	0.176	42	0.149	1058	0.15	1100	0.967	0.971	100	0.138
3.724-4.296	0.162	48	0.145	917	0.145	966	0.957	0.966	99.8965	0.137
4.296-5.25	0.177	42	0.17	808	0.17	850	0.792	0.758	100	0.163
5.25-7.376	0.276	36	0.228	628	0.231	665	0.234	0.297	99.8496	0.219
7.376-45.776	0.276	13	0.189	392	0.192	408	0.704	0.813	99.2647	0.185

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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