PDB-6x5r: Human Alpha-1,6-fucosyltransferase (FUT8) bound to GDP and A2-Asn

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x5r

タイトル

Human Alpha-1,6-fucosyltransferase (FUT8) bound to GDP and A2-Asn

要素

A2-Asn
Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyl transferase / Fucosyl transferase / GT-B fold / Inverting

機能・相同性

機能・相同性情報

glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase / glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase activity / receptor metabolic process / GDP-L-fucose metabolic process / alpha-(1->6)-fucosyltransferase activity / N-glycan fucosylation / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / L-fucose catabolic process / oligosaccharide biosynthetic process / regulation of cellular response to oxidative stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Kadirvelraj, R. / Wood, Z.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Characterizing human alpha-1,6-fucosyltransferase (FUT8) substrate specificity and structural similarities with related fucosyltransferases.
著者: Boruah, B.M. / Kadirvelraj, R. / Liu, L. / Ramiah, A. / Li, C. / Zong, G. / Bosman, G.P. / Yang, J.Y. / Wang, L.X. / Boons, G.J. / Wood, Z.A. / Moremen, K.W.

履歴

登録	2020年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年12月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6x5r.ent.gz	337.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x5r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6x5r_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6x5r_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	6x5r_validation.xml.gz	41.1 KB	表示
CIF形式データ	6x5r_validation.cif.gz	60.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/6x5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/6x5r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6x5hC 6x5sC 6x5tC 6x5uC 2de0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6x5u-4 6x5t-4 6x5t-1 6x5s-1 6x5u-2 6vld-2 6x5u-1 6x5t-3 6vlg-1 6tkv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

B: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

C: A2-Asn

D: A2-Asn

ヘテロ分子

128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

D: A2-Asn

ヘテロ分子

A: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

C: A2-Asn

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS
128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.880, 149.880, 480.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 6分子 ABCD

#1: タンパク質

Alpha-(1,6)-fucosyltransferase / Alpha1-6FucT / Fucosyltransferase 8 / GDP-L-Fuc:N-acetyl-beta-D-glucosaminide alpha1 / 6- ...

分子量: 61845.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FUT8 / Cell (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9BYC5, glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase

#2: タンパク質・ペプチド

A2-Asn

分子量: 332.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Gallus gallus (ニワトリ)

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1317.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 621分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
配列の詳細	A2-Asn was purified as a glycosylated peptide, and proteolyzed to small fragments containing the ...A2-Asn was purified as a glycosylated peptide, and proteolyzed to small fragments containing the glycosylated asparagine
由来についての詳細	A2-Asn was purified from egg yolk powder

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 6.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1.0 M Lithium sulfate, 10 mM Nickel chloride, 100 mM Tris pH 8.5 Temp details: Room temperature

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月8日
放射	モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→49.409 Å / Num. obs: 124545 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.4 % / B_iso Wilson estimate: 43 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 11.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 8849 / CC_1/2: 0.761 / R_rim(I) all: 1.5 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DE0

2de0

解像度: 2.4→49.409 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2311	6210	4.99 %
R_work	0.2054	-	-
obs	0.2067	124419	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.409 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7602	0	274	612	8488

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8117
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.043	11034
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.262	3107
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1203
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1385

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4001-2.4273	0.4476	195	0.3996	3746	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4273-2.4559	0.4053	198	0.3692	3825	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4559-2.4858	0.3838	197	0.3447	3812	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4858-2.5173	0.4052	206	0.344	3848	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5173-2.5504	0.3644	195	0.3426	3845	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5504-2.5854	0.3767	206	0.3271	3865	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5854-2.6223	0.3563	200	0.3112	3881	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6223-2.6614	0.3512	207	0.2979	3842	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6614-2.703	0.2959	203	0.295	3874	X-RAY DIFFRACTION	99
2.703-2.7473	0.3631	202	0.2828	3861	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7473-2.7947	0.3129	204	0.2896	3914	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7947-2.8455	0.3278	207	0.2682	3893	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8455-2.9002	0.3441	209	0.2626	3913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9002-2.9594	0.2907	203	0.2581	3899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9594-3.0238	0.2767	205	0.2416	3914	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0238-3.0941	0.2712	207	0.2292	3924	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0941-3.1715	0.2577	206	0.2163	3934	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1715-3.2572	0.2429	212	0.2074	3962	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2572-3.353	0.2329	204	0.2063	3916	X-RAY DIFFRACTION	100
3.353-3.4612	0.2534	210	0.196	3956	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4612-3.5849	0.207	207	0.1954	3948	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5849-3.7284	0.2183	210	0.1781	3970	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7284-3.898	0.1733	209	0.1577	3967	X-RAY DIFFRACTION	100
3.898-4.1034	0.1895	210	0.1493	3984	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1034-4.3604	0.1755	211	0.1467	4010	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3604-4.6968	0.162	212	0.1396	4032	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6968-5.169	0.1553	211	0.1455	4043	X-RAY DIFFRACTION	100
5.169-5.9159	0.1766	215	0.1682	4077	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9159-7.4493	0.1932	218	0.1868	4151	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4493-49.409	0.1787	231	0.1959	4403	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0659	-0.4535	0.4496	6.3241	-7.4347	8.6745	-0.2566	0.2461	0.0467	-0.2631	0.4432	0.046	0.0884	-0.3999	-0.2421	0.2608	0.0202	-0.0643	0.5349	-0.0233	0.3923	-19.3376	60.8217	-11.4959
2	3.2363	-2.3968	2.2292	1.9689	-2.0802	2.7258	-0.1554	-0.161	-0.0624	0.0972	0.2536	-0.0127	0.1161	-0.3816	-0.0995	0.4104	-0.0363	-0.0302	0.4531	-0.0497	0.3558	-7.3596	54.9525	3.3591
3	1.0682	0.1045	-0.0364	0.6743	0.4402	1.1229	-0.0014	-0.0743	-0.0595	0.0751	0.0681	-0.0394	0.0897	0.0559	-0.0746	0.284	0.0409	-0.051	0.4069	-0.0134	0.2891	11.0196	58.8107	15.5247
4	0.9525	-0.2442	1.1672	2.2326	-1.1651	3.0935	0.0092	0.3633	-0.072	-0.2726	0.1046	-0.0608	0.106	0.3892	-0.1094	0.3063	-0.0008	-0.0135	0.5657	-0.0651	0.3625	8.0796	58.1284	-7.0279
5	1.9576	2.0851	-1.5966	3.2566	-3.3152	3.8426	-0.3503	0.0391	-0.0977	-0.3863	0.4296	-0.4045	0.2457	0.1879	0.0443	0.2722	0.0362	0.0109	0.5466	-0.0474	0.3689	68.4723	67.4002	7.6779
6	2.3436	-2.1102	-0.4579	3.4299	0.8786	0.8096	-0.1758	-0.1766	0.1654	0.0358	0.3127	-0.2316	-0.0805	0.1574	-0.1597	0.4271	-0.0398	0.0272	0.5192	-0.0084	0.3106	57.0341	81.17	16.599
7	1.1167	-0.4505	0.4937	0.7613	-0.2092	1.4584	-0.0235	-0.0479	0.1926	-0.0267	0.0014	0.1217	-0.3629	-0.1512	0.0164	0.4176	0.0773	0.0395	0.4667	-0.0221	0.4078	32.2425	90.3597	24.797
8	2.8228	-0.6464	-1.8511	1.0096	0.1971	3.0374	-0.0286	-0.1503	0.054	0.1126	-0.0115	-0.1188	-0.1136	0.3722	0.0144	0.3397	0.026	-0.0387	0.4777	-0.0551	0.333	50.1471	76.5408	36.8181
9	0.9407	0.7704	0.4496	1.2635	0.0697	1.9762	0.007	0.0804	0.1635	0.0301	-0.0419	0.0936	-0.0156	-0.1564	0.0003	0.3122	0.0572	0.0136	0.4614	-0.0048	0.3206	43.9963	77.9427	19.0265
10	0.7343	0.0352	-0.5921	8.655	1.879	2.1369	-0.0856	0.2481	-0.0125	-0.4553	0.0099	-0.0096	0.1043	-0.3405	-0.0551	0.3045	-0.0049	0.0516	0.5873	0.0029	0.2943	41.0904	64.2476	6.1054
11	0.374	-1.3726	-0.4016	3.7867	1.2581	1.315	-0.0624	0.1402	0.0124	-0.0721	0.1628	0.2943	-0.1907	-0.3888	-0.1656	0.3426	0.066	0.0348	0.5511	0.067	0.4458	39.2182	82.2387	7.108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 108 through 141 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 142 through 199 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 481 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 482 through 574 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 108 through 141 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 142 through 199 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 200 through 378 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 379 through 458 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 459 through 514 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 515 through 548 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 549 through 574 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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