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万見
- PDB-6x5k: Crystal structure of CODH/ACS with carbon monoxide bound to the A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x5k
タイトルCrystal structure of CODH/ACS with carbon monoxide bound to the A-cluster
要素(Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE / CODH / ACS / carbon monoxide dehydrogenase / acetyl-CoA synthase / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / hydroxylamine reductase activity / acetyl-CoA metabolic process / carbon fixation / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity ...CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / hydroxylamine reductase activity / acetyl-CoA metabolic process / carbon fixation / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha N-terminal domain / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / ACS/CODH beta subunit C-terminal / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase ...Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha N-terminal domain / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / ACS/CODH beta subunit C-terminal / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / NICKEL (II) ION / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / TRIETHYLENE GLYCOL / IRON/SULFUR CLUSTER / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha / Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Cohen, S.E. / Wittenborn, E.C. / Hendrickson, R. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM008334 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124165 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Crystallographic Characterization of the Carbonylated A-Cluster in Carbon Monoxide Dehydrogenase/Acetyl-CoA Synthase
著者: Cohen, S.E. / Can, M. / Wittenborn, E.C. / Hendrickson, R.A. / Ragsdale, S.W. / Drennan, C.L.
履歴
登録2020年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta
B: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta
C: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta
D: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta
M: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha
N: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha
O: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha
P: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)625,35936
ポリマ－619,2958
非ポリマー6,06428
水8,431468
1
A: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta
B: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta
M: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha
N: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,69219
ポリマ－309,6484
非ポリマー3,04415
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21310 Å2
ΔGint-294 kcal/mol
Surface area87900 Å2
手法PISA
2
C: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta
D: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta
O: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha
P: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,66817
ポリマ－309,6484
非ポリマー3,02013
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20810 Å2
ΔGint-277 kcal/mol
Surface area89010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.729, 137.383, 141.867
Angle α, β, γ (deg.)101.818, 109.077, 103.657
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit ... , 2種, 8分子 ABCDMNOP

#1: タンパク質
Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta / Carbon monoxide dehydrogenase subunit


分子量: 73006.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Moorella thermoacetica (バクテリア)
参照: UniProt: P27989, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase
#2: タンパク質
Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha / CODH/ACS


分子量: 81816.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Moorella thermoacetica (バクテリア) / 参照: UniProt: P27988, CO-methylating acetyl-CoA synthase

-
非ポリマー , 8種, 496分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-XCC / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER


分子量: 410.333 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS4
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#7: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PIPES, pH 6.5; magnesium acetate, glycerol, sodium dithionite, dithiothreitol, PEG 8000, sodium dodecanoyl sarcosine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→49.63 Å / Num. obs: 204543 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 39.81 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.47→2.57 Å / Num. unique obs: 14748 / CC1/2: 0.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1mjg

1mjg


解像度: 2.47→49.63 Å / SU ML: 0.3274 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.199
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 10236 5 %
Rwork0.2034 194307 -
obs0.2049 204543 86.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→49.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数43301 0 143 468 43912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001744480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.496660372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04026684
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00227843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.905716615
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.47-2.50.34741580.3112904X-RAY DIFFRACTION38.74
2.5-2.530.32042490.30764616X-RAY DIFFRACTION61.9
2.53-2.560.34682520.29814679X-RAY DIFFRACTION63.1
2.56-2.590.33512760.2985289X-RAY DIFFRACTION71.37
2.59-2.630.33173270.28996058X-RAY DIFFRACTION80.61
2.63-2.660.32313210.29546234X-RAY DIFFRACTION84.4
2.66-2.70.32133450.28886554X-RAY DIFFRACTION87.86
2.7-2.740.34243560.28446792X-RAY DIFFRACTION91.01
2.74-2.790.31653660.27836924X-RAY DIFFRACTION92.4
2.79-2.830.3023670.27166911X-RAY DIFFRACTION92.9
2.83-2.880.32183630.26676894X-RAY DIFFRACTION92.82
2.88-2.930.28783790.25546897X-RAY DIFFRACTION92.31
2.93-2.990.29093250.25036775X-RAY DIFFRACTION91.13
2.99-3.050.30353690.24766720X-RAY DIFFRACTION90.05
3.05-3.120.29713430.23666418X-RAY DIFFRACTION86.13
3.12-3.190.27113470.22686492X-RAY DIFFRACTION87.54
3.19-3.270.24273740.21927035X-RAY DIFFRACTION94.96
3.27-3.360.24153570.21997106X-RAY DIFFRACTION95.08
3.36-3.460.23993970.20677063X-RAY DIFFRACTION94.92
3.46-3.570.21173330.1897066X-RAY DIFFRACTION94.38
3.57-3.690.21413820.18746963X-RAY DIFFRACTION93.46
3.69-3.840.2113660.17886878X-RAY DIFFRACTION92.34
3.84-4.020.19153500.17946697X-RAY DIFFRACTION90.2
4.02-4.230.19713260.16936465X-RAY DIFFRACTION86.99
4.23-4.490.19413810.15757164X-RAY DIFFRACTION95.98
4.49-4.840.19683820.16227105X-RAY DIFFRACTION95.44
4.84-5.330.19593700.16937006X-RAY DIFFRACTION94.11
5.33-6.10.20733360.18236577X-RAY DIFFRACTION88.19
6.1-7.680.21083820.17547124X-RAY DIFFRACTION95.56
7.68-49.630.16983570.16366901X-RAY DIFFRACTION92.67
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.6167974868 Å / Origin y: 84.3987016688 Å / Origin z: 83.0510552734 Å
111213212223313233
T0.166759428175 Å2-0.0136611053074 Å20.0259861517333 Å2-0.166198055656 Å20.00511694574454 Å2--0.162439469687 Å2
L0.104947071894 °2-0.01554439528 °20.0855868823108 °2-0.0332638602031 °2-0.0275370417512 °2--0.0981948255985 °2
S-0.0236558923392 Å °-0.039222284351 Å °0.00834361310431 Å °0.00503456920237 Å °0.00821796689999 Å °0.0217524510079 Å °-0.0368942626585 Å °-0.032638266394 Å °-0.000284272882683 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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