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万見
- PDB-6x58: MPER-Fluc-Ec2 bound to 10E8v4 antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x58
タイトルMPER-Fluc-Ec2 bound to 10E8v4 antibody
要素
  • 10E8v4 Fab Heavy Chain
  • 10E8v4 Fab Light Chain
  • gp41 MPER peptide,Putative fluoride ion transporter CrcB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / antibody / chaperone / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fluoride channel activity / cellular detoxification of fluoride / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response ...fluoride channel activity / cellular detoxification of fluoride / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Putative fluoride ion transporter CrcB / CrcB-like protein, Camphor Resistance (CrcB) / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Fluoride-specific ion channel FluC / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者McIlwain, B.C. / Stockbridge, R.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2021
タイトル: N-terminal Transmembrane-Helix Epitope Tag for X-ray Crystallography and Electron Microscopy of Small Membrane Proteins.
著者: Benjamin C McIlwain / Amanda L Erwin / Alexander R Davis / B Ben Koff / Louise Chang / Tatsiana Bylund / Gwo-Yu Chuang / Peter D Kwong / Melanie D Ohi / Yen-Ting Lai / Randy B Stockbridge /
要旨: Structural studies of membrane proteins, especially small membrane proteins, are associated with well-known experimental challenges. Complexation with monoclonal antibody fragments is a common ...Structural studies of membrane proteins, especially small membrane proteins, are associated with well-known experimental challenges. Complexation with monoclonal antibody fragments is a common strategy to augment such proteins; however, generating antibody fragments that specifically bind a target protein is not trivial. Here we identify a helical epitope, from the membrane-proximal external region (MPER) of the gp41-transmembrane subunit of the HIV envelope protein, that is recognized by several well-characterized antibodies and that can be fused as a contiguous extension of the N-terminal transmembrane helix of a broad range of membrane proteins. To analyze whether this MPER-epitope tag might aid structural studies of small membrane proteins, we determined an X-ray crystal structure of a membrane protein target that does not crystallize without the aid of crystallization chaperones, the Fluc fluoride channel, fused to the MPER epitope and in complex with antibody. We also demonstrate the utility of this approach for single particle electron microscopy with Fluc and two additional small membrane proteins that represent different membrane protein folds, AdiC and GlpF. These studies show that the MPER epitope provides a structurally defined, rigid docking site for antibody fragments that is transferable among diverse membrane proteins and can be engineered without prior structural information. Antibodies that bind to the MPER epitope serve as effective crystallization chaperones and electron microscopy fiducial markers, enabling structural studies of challenging small membrane proteins.
履歴
登録2020年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 10E8v4 Fab Heavy Chain
D: 10E8v4 Fab Light Chain
E: gp41 MPER peptide,Putative fluoride ion transporter CrcB
F: gp41 MPER peptide,Putative fluoride ion transporter CrcB
A: 10E8v4 Fab Heavy Chain
B: 10E8v4 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,1636
ポリマ－126,1636
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.050, 99.050, 167.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: 抗体 10E8v4 Fab Heavy Chain


分子量: 25138.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293
#2: 抗体 10E8v4 Fab Light Chain


分子量: 22560.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293
#3: タンパク質 gp41 MPER peptide,Putative fluoride ion transporter CrcB


分子量: 15383.293 Da / 分子数: 2 / Mutation: R25K,A51M in transporter / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: env, crcB, crcB_2, flc_2, AC789_145pl00540, AKG29_01220, B6V57_25995, B7C53_24430, B9T59_30510, BANRA_05655, BANRA_05710, BEN53_26765, BIU72_24510, BK292_28205, BK334_22235, BK373_23795, ...遺伝子: env, crcB, crcB_2, flc_2, AC789_145pl00540, AKG29_01220, B6V57_25995, B7C53_24430, B9T59_30510, BANRA_05655, BANRA_05710, BEN53_26765, BIU72_24510, BK292_28205, BK334_22235, BK373_23795, BON66_22385, BON69_17555, BON72_04410, BON76_23080, BON86_18360, BON94_16600, BVL39_28685, C2M16_27610, C4K41_18470, C4M78_26960, C5F73_28830, C5P01_26640, C5P44_26785, C6B13_25705, C7B08_22045, C9160_28010, C9201_28610, C9E25_24405, CDL37_21115, CSB64_25975, CWS33_26140, D1912_23150, D2184_26920, D2188_23810, D4U49_23430, D7W70_25855, D7Y10_22455, D9C99_23085, D9D33_24680, D9D94_24325, D9F87_24785, D9G11_25285, D9H70_24700, D9J44_26040, D9J61_22795, D9K02_24930, D9K48_12550, D9K54_12845, D9L99_22160, DAH18_26070, DB359_26980, DL545_01300, DLU67_24300, DLU82_24070, DN808_21420, DNI21_22025, DNQ45_14105, DNX19_24210, DP265_23725, DP277_24230, DQF72_24030, DS966_25260, DTL90_25845, DWB25_27055, E2112_25200, E2148_25435, EA239_25270, EA250_26195, EA429_25950, EA435_26495, ECONIH1_26550, ECS286_0026, EIA08_25210, EIZ93_19245, EJ366_00165, ELT22_23900, ELT58_23370, ELX56_24555, ELX56_26650, ELY05_20840, ELY05_25530, EPS76_20210, EVY14_24275, ExPECSC038_03841, EXX06_27990, EXX23_23730, EXX55_27910, EXX87_27755, EYX82_20275, F0L67_16895, F1E19_23340, F9050_24150, FORC82_p488, FQU83_00900, G3565_28150, GP698_23185, GQE58_24285, HVW93_24610, HXS78_24215, MJ49_27125, NCTC9001_00147, NCTC9077_06349, NCTC9434_05106, NCTC9969_05488, pCTXM15_EC8_00123, pO103_22, RCS79_P0115, SAMEA3472090_04449, SAMEA3752620_04806, SAMEA3753164_04868, SAMEA4370473_00090, TUM18780_48590, WP2S18E08_P10360, WP5S18E08_P10940
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q73372, UniProt: Q6J5N4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.66 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 34-39% PEG 300, 0.1 M NaCl, 0.1 M MES pH 6.2-7 / PH範囲: 6.2-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.26→38.18 Å / Num. obs: 28368 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 306181 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.26-3.4611.22.4415172546010.7650.7632.558198.4
9.78-38.1810.70.0441094910190.9990.0140.04635.395.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1精密化
Aimless0.7.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A43

5a43


解像度: 3.26→34.02 Å / SU ML: 0.68 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 39.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2951 1426 5.05 %RANDOM
Rwork0.251 ---
obs0.2533 28211 98.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 322.54 Å2 / Biso mean: 159.7412 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.26→34.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8816 0 0 0 8816
残基数----1153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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