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- PDB-6x4h: Sortilin-Progranulin Interaction With Compound 24 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x4h
タイトルSortilin-Progranulin Interaction With Compound 24
要素Sortilin
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Protein Protein Interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / Golgi to lysosome transport / plasma membrane to endosome transport / myotube differentiation / nerve growth factor receptor activity / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / Golgi to endosome transport / maintenance of synapse structure / retromer complex binding / endosome transport via multivesicular body sorting pathway ...neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / Golgi to lysosome transport / plasma membrane to endosome transport / myotube differentiation / nerve growth factor receptor activity / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / Golgi to endosome transport / maintenance of synapse structure / retromer complex binding / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / nerve growth factor binding / vesicle organization / protein targeting to lysosome / trans-Golgi network transport vesicle / clathrin-coated vesicle / Golgi cisterna membrane / endosome to lysosome transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of fat cell differentiation / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / D-glucose import / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / neuropeptide signaling pathway / clathrin-coated pit / ossification / response to insulin / endocytosis / regulation of gene expression / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / early endosome / lysosome / endosome membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sortilin Vps10-D, 10CC-a domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #270 / VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / : / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / VPS10 / Complement Module; domain 1 ...Sortilin Vps10-D, 10CC-a domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #270 / VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / : / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / VPS10 / Complement Module; domain 1 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Ribbon / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UOY / Sortilin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Parthasarathy, G. / Soisson, S.M. / Klein, D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Identification of potent inhibitors of the sortilin-progranulin interaction.
著者: Stachel, S.J. / Ginnetti, A.T. / Johnson, S.A. / Cramer, P. / Wang, Y. / Bukhtiyarova, M. / Krosky, D. / Stump, C. / Hurzy, D.M. / Schlegel, K.A. / Cooke, A.J. / Allen, S. / O'Donnell, G. / ...著者: Stachel, S.J. / Ginnetti, A.T. / Johnson, S.A. / Cramer, P. / Wang, Y. / Bukhtiyarova, M. / Krosky, D. / Stump, C. / Hurzy, D.M. / Schlegel, K.A. / Cooke, A.J. / Allen, S. / O'Donnell, G. / Ziebell, M. / Parthasarathy, G. / Getty, K.L. / Ho, T. / Ou, Y. / Jovanovska, A. / Carroll, S.S. / Pausch, M. / Lumb, K. / Mosser, S.D. / Voleti, B. / Klein, D.J. / Soisson, S.M. / Zerbinatti, C. / Coleman, P.J.
履歴
登録2020年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5385
ポリマ－74,2551
非ポリマー1,2834
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.458, 79.444, 111.545
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Sortilin / 100 kDa NT receptor / Glycoprotein 95 / Gp95 / Neurotensin receptor 3 / NTR3


分子量: 74255.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SORT1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q99523
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-UOY / 4-methyl-N-(6-phenoxypyridine-3-carbonyl)-L-leucine


分子量: 342.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20-25% PEG3350, 0.4M Na Malonate, pH8, 0.1M Tris, 5% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→89 Å / Num. obs: 24571 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.904→2.913 Å / Rmerge(I) obs: 0.522 / Num. unique obs: 231

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F6K

3f6k


解像度: 2.9→32.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9223 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8906 / SU R Cruickshank DPI: 0.708 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.617 / SU Rfree Blow DPI: 0.328 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.34
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2526 1245 5.07 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.2037 24550 97.57 %-
原子変位パラメータBiso max: 186.41 Å2 / Biso mean: 92.59 Å2 / Biso min: 40.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.6763 Å20 Å22.7496 Å2
2---24.3898 Å20 Å2
3---9.7135 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.417 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→32.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5143 0 87 10 5240
Biso mean--88.07 69.01 -
残基数----654
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1851SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes132HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes792HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it5353HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion704SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5918SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5353HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7254HARMONIC21.24
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.97
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2847 139 4.72 %
Rwork0.2427 2803 -
all0.2446 2942 -
obs--97.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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