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- PDB-6x48: Sortilin-Progranulin Interaction With Compound 17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x48
タイトルSortilin-Progranulin Interaction With Compound 17
要素Sortilin
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Protein Protein Interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / negative regulation of lipoprotein lipase activity / Golgi to lysosome transport / myotube differentiation / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / plasma membrane to endosome transport / maintenance of synapse structure / retromer complex binding / Golgi to endosome transport / nerve growth factor receptor activity ...neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / negative regulation of lipoprotein lipase activity / Golgi to lysosome transport / myotube differentiation / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / plasma membrane to endosome transport / maintenance of synapse structure / retromer complex binding / Golgi to endosome transport / nerve growth factor receptor activity / vesicle organization / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / nerve growth factor binding / protein targeting to lysosome / trans-Golgi network transport vesicle / clathrin-coated vesicle / Golgi cisterna membrane / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of fat cell differentiation / endosome to lysosome transport / glucose import / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / neuropeptide signaling pathway / clathrin-coated pit / ossification / response to insulin / endocytosis / cytoplasmic vesicle / regulation of gene expression / nuclear membrane / lysosome / early endosome / endosome membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / VPS10 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Chem-UP4 / Sortilin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Parthasarathy, G. / Soisson, S.M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Identification of potent inhibitors of the sortilin-progranulin interaction.
著者: Stachel, S.J. / Ginnetti, A.T. / Johnson, S.A. / Cramer, P. / Wang, Y. / Bukhtiyarova, M. / Krosky, D. / Stump, C. / Hurzy, D.M. / Schlegel, K.A. / Cooke, A.J. / Allen, S. / O'Donnell, G. / ...著者: Stachel, S.J. / Ginnetti, A.T. / Johnson, S.A. / Cramer, P. / Wang, Y. / Bukhtiyarova, M. / Krosky, D. / Stump, C. / Hurzy, D.M. / Schlegel, K.A. / Cooke, A.J. / Allen, S. / O'Donnell, G. / Ziebell, M. / Parthasarathy, G. / Getty, K.L. / Ho, T. / Ou, Y. / Jovanovska, A. / Carroll, S.S. / Pausch, M. / Lumb, K. / Mosser, S.D. / Voleti, B. / Klein, D.J. / Soisson, S.M. / Zerbinatti, C. / Coleman, P.J.
履歴
登録2020年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0156
ポリマ－74,2551
非ポリマー1,7605
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.350, 78.490, 111.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.230, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sortilin / 100 kDa NT receptor / Glycoprotein 95 / Gp95 / Neurotensin receptor 3 / NTR3


分子量: 74255.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SORT1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q99523

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 29分子

#4: 化合物 ChemComp-UP4 / N-(3,5-dichlorobenzene-1-carbonyl)-5,5-dimethyl-L-norleucine


分子量: 332.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H19Cl2NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20-25% PEG3350, 0.4M Na Malonate, pH8, 0.1M Tris, 5% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→64.63 Å / Num. obs: 24183 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.904→2.913 Å / Rmerge(I) obs: 0.592 / Num. unique obs: 252

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F6K

3f6k


解像度: 2.9→64.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9271 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8932 / SU R Cruickshank DPI: 0.754 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.655 / SU Rfree Blow DPI: 0.333 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.345
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2524 1210 5 %RANDOM
Rwork0.1933 ---
obs0.1963 24182 97.17 %-
原子変位パラメータBiso max: 172.77 Å2 / Biso mean: 89.9 Å2 / Biso min: 36.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.0608 Å20 Å2-1.0752 Å2
2---26.923 Å20 Å2
3---9.8622 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.438 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→64.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5143 0 134 26 5303
Biso mean--106.3 60.98 -
残基数----654
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1868SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes132HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes786HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it5401HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion719SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6243SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5401HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7318HARMONIC21.29
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.37
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2853 134 4.62 %
Rwork0.2431 2765 -
all0.245 2899 -
obs--97.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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