PDB-6x42: High Resolution Crystal Structure Analysis of SERA5E from plasmod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x42

タイトル

High Resolution Crystal Structure Analysis of SERA5E from plasmodium falciparum

要素

Serine repeat antigen 5

キーワード

HYDROLASE / malaria / prodomain / protease

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane-bounded organelle / symbiont-containing vacuolar space / exit from host cell / symbiont-containing vacuole / regulation of immune response / serine-type peptidase activity / cysteine-type peptidase activity / kinase binding / peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Clarke, O.B. / Smith, N.A. / Lee, M. / Smith, B.J.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structure of the Plasmodium falciparum PfSERA5 pseudo-zymogen.
著者: Smith, N.A. / Clarke, O.B. / Lee, M. / Hodder, A.N. / Smith, B.J.

履歴

登録	2020年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6x42.cif.gz	194.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6x42.ent.gz	140.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x42.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/6x42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/6x42	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6x44C 2wbfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jma-d 2icv-d 4xva-2 2rbv-d 5u5x-d 1zby-d 1aeg-d 2rc2-d 4nva-d 1aed-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

X: Serine repeat antigen 5

ヘテロ分子

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.288, 102.288, 71.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3
Space group name Hall	R3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #7: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

-
タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質	Serine repeat antigen 5 分子量: 32928.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: sera5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I0IYY3, UniProt: Q9TY95*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 244分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸分子量: 558.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₄I₃NO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Bis-Tris, NaCl, KH2PO4, PEG-8000, PEG-400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.956619 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.956619 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→24.47 Å / Num. obs: 87458 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 15.68 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06326 / R_pim(I) all: 0.01989 / R_rim(I) all: 0.06635 / Net I/σ(I): 17.72
反射シェル	解像度: 1.2→1.243 Å / 冗長度: 10.6 % / Num. unique obs: 8714 / CC_1/2: 0.453 / % possible all: 99.46

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.1_3865	精密化
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WBF

2wbf

解像度: 1.2→24.47 Å / SU ML: 0.1184 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 15.4447
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1466	4373	5 %
R_work	0.1258	83061	-
obs	0.1268	87434	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→24.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2115	0	27	238	2380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	2232
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0202	3032
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0779	302
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	398
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.8391	813

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.21	0.3124	143	0.3037	2714	X-RAY DIFFRACTION	98.38
1.21-1.23	0.2768	149	0.2698	2787	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.23-1.24	0.308	142	0.2592	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
1.24-1.26	0.2862	145	0.2371	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.26-1.28	0.253	143	0.2248	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.28-1.29	0.2173	144	0.2147	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.31	0.1838	144	0.2015	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.31-1.33	0.2163	145	0.1929	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.35	0.1975	146	0.1754	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.37	0.2112	143	0.174	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.4	0.2002	145	0.1652	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.42	0.214	151	0.1538	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.167	146	0.1437	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.48	0.1558	149	0.13	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.51	0.1639	144	0.1171	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.55	0.1498	149	0.1065	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.59	0.1214	148	0.1024	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.63	0.1437	148	0.1034	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.68	0.1397	142	0.1001	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.73	0.12	147	0.0975	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.79	0.1248	146	0.0985	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.86	0.1288	147	0.099	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.95	0.1281	145	0.1003	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.05	0.1192	143	0.1019	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.18	0.107	146	0.1044	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.35	0.1365	143	0.1112	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.58	0.1426	146	0.1232	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.96	0.1518	146	0.1262	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.72	0.1325	147	0.1196	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-24.47	0.1461	151	0.1319	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.52

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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