PDB-6x05: Nup133 (aa55-481) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x05

タイトル

Nup133 (aa55-481) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN4

要素

Nucleoporin NUP133
VHH-SAN4

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Nucleoporin / Nanobody

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore localization / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Nordeen, S.A. / Schwartz, T.U.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Yeast Nup84-Nup133 complex structure details flexibility and reveals conservation of the membrane anchoring ALPS motif.
著者: Nordeen, S.A. / Turman, D.L. / Schwartz, T.U.

履歴

登録	2020年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2021年3月10日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_sheet_range Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id ..._entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _software.version / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id 解説: Model completeness / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6x05.cif.gz	260.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6x05.ent.gz	172 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6x05_validation.pdf.gz	428.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6x05_full_validation.pdf.gz	431.1 KB	表示
XML形式データ	6x05_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	6x05_validation.cif.gz	30.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/6x05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/6x05	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6x02C 6x03C 6x04C 4q9tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sku-2 1gle-d 6wl4-3 4yrc-d 3ob9-d 5gt8-2 2e8y-2 3nyj-1 1cjy-2 3u8z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (3) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoporin NUP133

K: VHH-SAN4

62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.381, 154.693, 41.423
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Nucleoporin NUP133 / Nuclear pore protein NUP133 分子量: 48493.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUP133, RAT3, YKR082W, YKR402 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR / 参照: UniProt: P36161
#2: 抗体	VHH-SAN4 分子量: 13505.921 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 24% PEG 3,350, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→59.57 Å / Num. obs: 39093 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.9 % / B_iso Wilson estimate: 32.43 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. unique obs: 3828 / CC_1/2: 0.51 / R_pim(I) all: 0.48

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Q9T

4q9t

解像度: 2.1→59.57 Å / SU ML: 0.2187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.1084
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2188	1843	5.12 %
R_work	0.1742	34124	-
obs	0.1765	35967	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→59.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3912	0	0	235	4147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	4002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0478	5421
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0595	614
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	688
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.7118	538

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.16	0.2839	139	0.2454	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.16-2.22	0.2901	140	0.2266	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.22-2.29	0.2503	139	0.2059	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.29-2.37	0.2716	139	0.2053	2559	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.37-2.47	0.2364	140	0.1975	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.58	0.2649	142	0.19	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.72	0.2449	138	0.189	2560	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.72-2.89	0.244	140	0.1884	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.89-3.11	0.2443	143	0.1941	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.11-3.42	0.2053	142	0.1635	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.92	0.2217	143	0.1523	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.92-4.94	0.1441	144	0.1316	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
4.94-59.57	0.2173	154	0.1788	2830	X-RAY DIFFRACTION	99.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.72113900068	-4.63530594813	-2.31881252917	8.35823116324	2.55781257275	1.74070872729	0.243669902559	0.0702002711422	0.725046362404	-0.286819590434	0.076324604323	-0.297359443582	-0.316113402645	0.0213613521442	-0.337800940741	0.267777215964	0.0446728517995	0.0125541803975	0.287043361789	0.0569626077185	0.309630716289	-5.27053439	43.1821106678	7.54823542761
2	7.73816098162	2.29591247027	7.15979355756	1.11072412744	2.78364915527	8.19858393228	-0.496371851185	0.471426892275	0.685531536087	-0.107118638817	0.018191780279	0.0866075228689	-0.394714088889	0.586024243275	0.47040380483	0.371861318407	0.103713281788	0.0186669061527	0.325240845989	0.0625089744681	0.476882186652	-22.5689569322	47.9289388341	9.63885573384
3	1.74869355032	-1.66352213878	0.682114631393	5.89144648992	-1.02448336937	0.493651340624	-0.150995886466	-0.131652938487	0.313195265912	0.167921227594	0.13335684873	0.151916314321	-0.276356395022	-0.283446262196	0.00570915969421	0.308265021754	0.104169062517	0.0426373013981	0.378496824651	0.0160839327415	0.303634074443	-23.2186032682	37.9167278242	21.022960209
4	1.31662316607	-0.174768786921	-0.397637945769	1.78525374631	-1.66560909619	2.40081230994	-0.0718960228966	0.0745854094718	-0.0103074823886	-0.0562518654987	0.0744818366381	0.0620907760769	0.0409454946378	-0.142222409102	-0.000209257358215	0.206615358183	0.0204214102886	0.000996349837726	0.160238081247	-0.0231076412597	0.15343362376	-4.75471185475	23.0859683619	17.6002102756
5	3.84661960704	-1.10749901169	1.04318717569	6.9623836801	-2.80415496427	2.92647979838	0.010575933619	0.0789524527891	-0.100841293993	-0.484106221728	0.311039589007	0.666208347309	0.275399197933	-0.577446008969	-0.312131191718	0.227406244237	-0.029290373885	0.00263161221994	0.292409760568	0.0479868052485	0.280508892689	-17.9579233816	-8.85369669024	36.8567419971
6	8.54689995002	-2.27504773776	-1.97191909465	6.20993753807	3.00706908586	6.98378871188	0.356920275524	-0.262859525216	0.592116074734	0.316063774711	-0.117713982554	0.149913728929	-1.31540736274	-0.0809467468376	-0.269671756054	0.399027267323	0.0656290802865	0.01063856888	0.212827329932	0.00447910891222	0.281014124744	-12.200860426	-2.11536355113	41.2683485769
7	5.51274386301	-1.64116725298	0.15735693281	5.26157041191	-1.02522858206	7.55385887865	-0.0991298826423	-0.0306887976956	0.12195833837	0.0124070251724	0.158720897285	-0.0839950133992	-0.0488077701007	0.149348410707	-0.0446779907344	0.166932391369	0.00883942914786	-0.00475065258697	0.130990002245	0.0216853762062	0.175657863386	-11.2098795787	-10.2300497325	41.3860196596
8	2.74221086812	-0.811949999148	1.00447306366	8.27861780142	-7.28309279144	7.86483426274	-0.065035190481	-0.158154166199	0.0395165218491	0.227051850213	0.367952407686	0.639517448819	-0.171120350423	-0.340322446196	-0.289125760238	0.200749887921	0.0491689479602	0.05559898771	0.223991420697	0.00289379166223	0.241508573064	-20.3596297716	0.205553954616	37.6112671617

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 59 through 123 )	A	A	59 - 123	2 - 60
2	2	chain 'A' and (resid 124 through 175 )	A	A	124 - 175	61 - 105
3	3	chain 'A' and (resid 176 through 318 )	A	A	176 - 318	106 - 234
4	4	chain 'A' and (resid 319 through 481 )	A	A	319 - 481	235 - 381
5	5	chain 'K' and (resid 3 through 40 )	K	B	3 - 40	1 - 38
6	6	chain 'K' and (resid 41 through 60 )	K	B	41 - 60	39 - 58
7	7	chain 'K' and (resid 61 through 98 )	K	B	61 - 98	59 - 96
8	8	chain 'K' and (resid 99 through 122 )	K	B	99 - 122	97 - 120

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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