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- PDB-4q9t: Crystal structure of Vanderwaltozyma polyspora Nup133 Beta-propel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q9t
タイトルCrystal structure of Vanderwaltozyma polyspora Nup133 Beta-propeller domain
要素Nucleoporin NUP133
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Nuclear Pore Complex / Nucleoporin / Nup84 complex / ALPS motif / Structural genomics / PSI-Biology / Nucleocytoplasmic Transport: a Target for Cellular Control / NPCXstals / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Nup133 / Beta-propeller domain / and New York Structural Genomics Research Center / NYSGRC / Protein Structure Initiative / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / structural constituent of nuclear pore / poly(A)+ mRNA export from nucleus / protein import into nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin Nup133/Nup155-like N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vanderwaltozyma polyspora (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Nucleocytoplasmic Transport: a Target for Cellular Control (NPCXstals) / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Vanderwaltozyma polyspora Nup133 Beta-propeller domain
著者: Sampathkumar, P. / Bonanno, J.B. / Rout, M.P. / Almo, S.C.
履歴
登録2014年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NUP133
B: Nucleoporin NUP133


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7222
ポリマ－103,7222
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleoporin NUP133


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8611
ポリマ－51,8611
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nucleoporin NUP133


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8611
ポリマ－51,8611
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.172, 133.843, 136.775
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 63 - 497 / Label seq-ID: 12 - 446

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoporin NUP133 / Uncharacterized protein


分子量: 51860.855 Da / 分子数: 2 / 断片: Beta-propeller domain residues 55-502 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vanderwaltozyma polyspora (菌類) / 株: DSM 70294 / 遺伝子: Kpol_1018p77, Nup133 / プラスミド: pSGX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon-Plus-RIL / 参照: UniProt: A7TDS5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5mM DTT), Reservoir (100mM Hepes pH 8.2, 10% PEG 3350, 100mM Ammonium Sulfate), Cryoprotection (30% Glycerol), VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5mM DTT), Reservoir (100mM Hepes pH 8.2, 10% PEG 3350, 100mM Ammonium Sulfate), Cryoprotection (30% Glycerol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 20381 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 88.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.02542 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 3224 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 59.442 / SU ML: 0.439 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.461 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2677 1042 5.1 %RANDOM
Rwork0.2149 ---
obs0.2175 20310 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 191.8 Å2 / Biso mean: 101.079 Å2 / Biso min: 62.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.48 Å2-0 Å20 Å2
2--2.52 Å2-0 Å2
3---2.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6097 0 0 0 6097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0196213
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.331.9728412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.898314001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6115756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.79325.118254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.698151126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9121516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21003
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.756.923054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.756.923053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.01710.3823800
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 22068 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 77 -
Rwork0.417 1344 -
all-1421 -
obs-1344 95.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.25851.556-0.98853.5068-1.45682.6179-0.10260.17860.2903-0.1623-0.1999-0.3124-0.29060.19080.30250.1854-0.0512-0.09410.09080.09940.249430.541166.495433.6594
24.77180.9516-0.52632.4159-0.2782.9620.0503-0.7853-0.48110.30640.03020.1676-0.1304-0.1697-0.08050.06490.0203-0.00640.16630.11980.16021.612539.351767.41
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A63 - 497
2X-RAY DIFFRACTION2B61 - 497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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