PDB-6wzr: Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch bound to p-1-pyridinyl AICA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wzr

タイトル

Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch bound to p-1-pyridinyl AICA

要素

Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch

キーワード

RNA / Riboswitch / pseudoknot / Purine Biosynthesis / AICAR

機能・相同性

: / Chem-UG1 / : / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Fusobacterium ulcerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Pichling, P. / Jones, C.P. / Ferre-D'Amare, A.R. / Tran, B.

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Parallel Discovery Strategies Provide a Basis for Riboswitch Ligand Design.
著者: Tran, B. / Pichling, P. / Tenney, L. / Connelly, C.M. / Moon, M.H. / Ferre-D'Amare, A.R. / Schneekloth Jr., J.S. / Jones, C.P.

履歴

登録	2020年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6wzr.ent.gz	118.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	6wzsC 5btpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6od9-1 6wzs-2 6bhe-d 6qe6-2 4hug-1 6qq4-d 1gef-2 5btp-2 3c85-2 5wnn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)

登録構造単位

A: Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch

B: Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch

ヘテロ分子

49 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry, Ligand Bound at 1.04 uM affinity
24.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.991, 89.991, 122.834
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-102- K

#1: RNA鎖	Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch 分子量: 24197.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Fusobacterium ulcerans (バクテリア) / 参照: GenBank: 1370545701
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-UG1 / 5-amino-1-(pyridin-4-yl)-1H-imidazole-4-carboxamide 分子量: 203.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.54 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 26% (w/v) PEG 4000, 100 mM Tris HCl pH 8.5, 180 mM Lithium Sulfate, 4% (v/v) PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 9937 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 0.813 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 95653

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
3.2-3.26	9.5	1.503	487	0.6	0.511	1.588	0.434
3.26-3.31	9.2	1.217	492	0.626	0.423	1.29	0.43
3.31-3.38	9.9	0.946	471	0.825	0.316	0.999	0.436
3.38-3.45	10	0.866	491	0.862	0.285	0.912	0.461
3.45-3.52	9.9	0.753	479	0.881	0.249	0.793	0.455
3.52-3.6	9.5	0.659	498	0.913	0.224	0.696	0.461
3.6-3.69	9.8	0.47	485	0.938	0.157	0.495	0.493
3.69-3.79	10.2	0.39	485	0.963	0.127	0.41	0.51
3.79-3.91	10.1	0.307	510	0.97	0.101	0.324	0.548
3.91-4.03	10	0.242	467	0.98	0.08	0.255	0.568
4.03-4.18	9.7	0.186	496	0.987	0.063	0.197	0.642
4.18-4.34	9.2	0.157	496	0.989	0.055	0.166	0.761
4.34-4.54	9.9	0.14	490	0.992	0.047	0.148	0.768
4.54-4.78	9.5	0.108	494	0.995	0.037	0.114	0.885
4.78-5.08	9.7	0.087	507	0.997	0.03	0.092	1.038
5.08-5.47	10	0.081	483	0.997	0.027	0.085	1.165
5.47-6.02	9.4	0.072	514	0.996	0.025	0.076	1.363
6.02-6.89	9.3	0.065	511	0.998	0.022	0.069	1.48
6.89-8.67	9.3	0.057	518	0.998	0.02	0.061	1.545
8.67-50	8.5	0.042	563	1	0.016	0.045	1.797

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BTP

5btp

解像度: 3.2→48.24 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2487	991	10 %
R_work	0.206	8919	-
obs	0.2103	9910	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 482.65 Å² / B_iso mean: 151.3555 Å² / B_iso min: 58.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.2→48.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2583	37	2	2622
B_iso mean	-	-	127.53	115.79	-
残基数	-	-	-	-	121

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	2922
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.317	4543
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.186	1441
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.016	602
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	127

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
3.2-3.37	0.3242	139	0.2892	1238	1377
3.37-3.58	0.2946	141	0.2437	1252	1393
3.58-3.85	0.2747	141	0.1978	1247	1388
3.86-4.24	0.2277	143	0.1755	1265	1408
4.24-4.85	0.224	139	0.1774	1264	1403
4.86-6.11	0.2147	140	0.1921	1295	1435
6.12-48.24	0.2599	148	0.217	1358	1506

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6752	5.0862	-5.2817	5.3511	-5.2937	5.9609	1.4628	0.2035	1.138	0.892	0.2823	0.1936	-2.181	0.7425	-1.7371	1.6226	-0.3617	0.4432	1.6941	-0.3594	1.3208	-26.9173	-3.5777	-12.9072
2	3.2458	-0.2639	0.2617	5.8252	0.8981	1.5777	0.0535	0.6435	0.0164	-0.4612	0.7828	-0.9124	0.299	0.3163	-0.253	0.7417	-0.1635	0.0217	0.8483	-0.1588	0.7501	-37.478	-10.8812	0.5892
3	6.2973	1.5019	-0.4751	6.3507	-2.8954	6.1191	-0.1279	1.117	0.0334	-1.2799	1.4959	-2.2444	-0.3083	2.4584	0.2523	1.2354	-0.2745	0.264	1.6432	-0.7345	1.3482	-25.2759	-6.9917	4.0386
4	8.3536	-6.8489	-5.1743	6.3702	4.0198	6.1176	-0.7866	2.1936	-2.9218	4.7914	0.7554	-0.168	8.9513	-0.3738	0.6293	4.7562	-1.2275	-0.6022	2.7969	0.0796	1.7445	-60.1609	-2.0144	-19.1099
5	6.288	-2.2386	2.8596	4.1427	-2.1134	9.9667	-0.7748	0.9275	1.2495	-0.107	-0.0643	0.29	-0.9602	0.6949	0.7722	1.3681	-0.2957	-0.152	0.8765	0.274	1.1204	-49.3829	10.3219	3.2133
6	6.0967	2.6128	1.1526	5.4994	6.2441	7.7775	0.42	-3.1568	-3.1607	5.4339	-0.9926	0.1615	0.585	0.04	0.827	2.6846	-0.3552	0.1948	1.5129	0.257	1.4388	-42.9685	22.9093	6.2412
7	5.7386	-0.8505	4.5436	0.2308	-0.8259	3.6147	0.5045	-2.4156	3.782	1.5583	1.0654	1.7942	-3.1954	-3.6595	-1.1275	2.6673	0.1123	0.593	1.8633	-0.0791	1.8582	-52.3914	24.45	6.5149
8	7.8663	2.716	0.2793	3.6017	1.6483	0.2648	-0.008	0.724	0.6059	-1.316	0.1951	0.682	-1.2735	-0.9101	-0.0445	1.9484	-0.0882	-0.5694	1.6434	0.2936	1.3811	-57.7135	8.0665	-9.071
9	2.7634	3.2206	-0.0959	5.7975	3.1677	4.7749	-0.5453	0.6563	0.8453	-1.7373	0.1311	3.1158	-1.4374	-2.3215	0.4471	1.6047	0.0122	-0.1357	1.424	0.1646	1.7368	-60.5164	11.4785	4.7269

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 15 )	A	6 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 50 )	A	16 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 75 )	A	51 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 7 through 11 )	B	7 - 11
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 12 through 26 )	B	12 - 26
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 27 through 31 )	B	27 - 31
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 32 through 36 )	B	32 - 36
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 37 through 63 )	B	37 - 63
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 64 through 75 )	B	64 - 75

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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