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万見
- PDB-6wzn: Crystal Structure of a Fluorescent Single Chain Fv Chimera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wzn
タイトルCrystal Structure of a Fluorescent Single Chain Fv Chimera
要素Fluorescent Single Chain Fv Chimera
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Thermal-stable Fluorescent protein / Single Chain Fv / Fusion / engineered protein / antibody
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Close, D. / Velappan, N. / Hung, L.W. / Naranjo, L. / Hemez, C. / DeVore, N. / McCullough, D. / Lillo, A.M. / Waldo, G. / Bradbury, A.R.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)P50GM085273 米国
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2021
タイトル: Construction, characterization and crystal structure of a fluorescent single-chain Fv chimera.
著者: Velappan, N. / Close, D. / Hung, L.W. / Naranjo, L. / Hemez, C. / DeVore, N. / McCullough, D.K. / Lillo, A.M. / Waldo, G.S. / Bradbury, A.R.M.
履歴
登録2020年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluorescent Single Chain Fv Chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0843
ポリマ－50,9001
非ポリマー1842
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area490 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area20270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.961, 103.961, 122.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: 抗体 Fluorescent Single Chain Fv Chimera


分子量: 50899.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 1.6M citric acid pH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 24030 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 40.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1177 / Rpim(I) all: 0.467

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.18rc1_3777精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TZA

4tza


解像度: 2.5→47.87 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 1842 8.37 %
Rwork0.1631 20172 -
obs0.1671 22014 91.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.23 Å2 / Biso mean: 43.7399 Å2 / Biso min: 18.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→47.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3562 0 12 132 3706
Biso mean--67.39 40.8 -
残基数----460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063655
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.854940
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3951331
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005640
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.560.28391110.23611218132974
2.56-2.640.29061240.22681354147881
2.64-2.730.26221230.2141401152484
2.73-2.820.2671320.2211437156987
2.82-2.940.28531300.20821450158087
2.94-3.070.27131420.19641527166992
3.07-3.230.2341490.18211594174396
3.23-3.430.23141460.16741608175496
3.43-3.70.20481530.1561657181098
3.7-4.070.19711500.14461658180898
4.07-4.660.16291540.11841690184499
4.66-5.870.14761600.130917371897100
5.87-47.870.20681680.161118412009100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8116-0.8384-1.33691.8056-0.5023.9186-0.10170.1686-0.0573-0.08160.00040.04390.2438-0.46670.07430.2718-0.0006-0.06260.2753-0.11820.275246.4483105.135267.06
21.94590.33020.3411.48240.81582.38180.0311-0.0612-0.03040.1138-0.0787-0.17270.15850.11320.03090.2262-0.05690.02240.1805-0.00330.29648.013379.120733.2115
33.7194-0.7054-1.72812.676-0.21944.11910.07530.2460.5393-0.21760.01290.4355-0.7617-0.9248-0.04350.49680.1713-0.14630.4558-0.03980.463341.0053120.404353.8139
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 106 )A1 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 107 through 333 )A107 - 333
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 334 through 464 )A334 - 464

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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