PDB-6wye: Crystal structure of Neisseria gonorrhoeae serine acetyltransfera...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wye

タイトル

Crystal structure of Neisseria gonorrhoeae serine acetyltransferase (CysE)

要素

Serine acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / CysE / Serine acetyltransferase / Neisseria / Gonorrhoea

機能・相同性

機能・相同性情報

serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Hicks, J.L. / Oldham, K.E. / Summers, E.L. / Prentice, E.J.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022
タイトル: Serine acetyltransferase from Neisseria gonorrhoeae; structural and biochemical basis of inhibition.
著者: Oldham, K.E.A. / Prentice, E.J. / Summers, E.L. / Hicks, J.L.

履歴

登録	2020年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2022年1月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wye.cif.gz	566.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wye.ent.gz	463.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wye.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wye_validation.pdf.gz	495.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wye_full_validation.pdf.gz	505.3 KB	表示
XML形式データ	6wye_validation.xml.gz	57.5 KB	表示
CIF形式データ	6wye_validation.cif.gz	80.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/6wye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/6wye	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ra4C 3gvdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wye-2 5uj7-1 4l37-d 5xno-d 5xnn-d 6qip-d 4gq2-d 1z63-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Serine acetyltransferase

B: Serine acetyltransferase

C: Serine acetyltransferase

D: Serine acetyltransferase

E: Serine acetyltransferase

F: Serine acetyltransferase

ヘテロ分子

191 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine acetyltransferase

C: Serine acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Serine acetyltransferase

C: Serine acetyltransferase

ヘテロ分子

E: Serine acetyltransferase

ヘテロ分子

E: Serine acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SAXS
191 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Serine acetyltransferase

D: Serine acetyltransferase

F: Serine acetyltransferase

ヘテロ分子

B: Serine acetyltransferase

D: Serine acetyltransferase

F: Serine acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SAXS
191 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.897, 93.867, 102.019
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.29, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z

#1: タンパク質	Serine acetyltransferase 分子量: 31659.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) 遺伝子: cysE, E8M63_06755, F0T10_08440, F0T11_08395, F0T12_08425, NCTC13805_01597, WHOF_01434, WHOF_01635 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D3FX11, serine O-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 28% (v/v) Tacsimate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→46.93 Å / Num. obs: 97704 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 34.69 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.01→2.04 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 4841 / CC_1/2: 0.917 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.16_3549)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GVD

3gvd

解像度: 2.01→43.11 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.25 / 位相誤差: 25.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2219	4749	4.88 %
R_work	0.183	-	-
obs	0.1849	97327	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→43.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11130	0	60	538	11728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11436
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.85	15531
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.51	3918
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1786
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2025

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.0329	0.2701	140	0.2208	3097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0329-2.0568	0.2812	147	0.2137	3093	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0568-2.0819	0.272	137	0.219	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0819-2.1082	0.2881	148	0.2177	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1082-2.136	0.2654	131	0.2186	3122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.136-2.1652	0.2698	166	0.2141	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1652-2.1961	0.2839	174	0.2094	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1961-2.2289	0.2942	169	0.2047	3104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2289-2.2638	0.3899	121	0.2925	2838	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2638-2.3009	0.2441	147	0.1966	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3009-2.3405	0.2368	160	0.184	3072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3405-2.3831	0.2171	135	0.1829	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3831-2.4289	0.2268	169	0.1838	3109	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4289-2.4785	0.2143	194	0.1907	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4785-2.5324	0.2078	157	0.1829	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5324-2.5913	0.2725	169	0.1899	3090	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5913-2.6561	0.2458	161	0.1949	3074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6561-2.7279	0.2112	166	0.1951	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7279-2.8081	0.2548	163	0.1952	3102	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8081-2.8988	0.2131	168	0.1997	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8988-3.0023	0.2638	153	0.2049	3097	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0023-3.1225	0.2384	154	0.201	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1225-3.2646	0.2629	170	0.1943	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2646-3.4366	0.1982	130	0.199	3120	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4366-3.6518	0.2251	139	0.1854	3150	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6518-3.9336	0.1926	202	0.158	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9336-4.3292	0.1765	201	0.1506	3068	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3292-4.9548	0.167	164	0.1373	3094	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9548-6.2395	0.2286	164	0.1767	3124	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2395-43.11	0.2185	150	0.1742	3159	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 37.491 Å / Origin y: 54.6632 Å / Origin z: 26.2118 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2613 Å²	0.0039 Å²	-0.0243 Å²	-	0.2859 Å²	0.0074 Å²	-	-	0.2833 Å²
L	-0.0799 °²	-0.0083 °²	-0.0282 °²	-	0.2827 °²	0.0161 °²	-	-	0.0674 °²
S	-0.0022 Å °	-0.0207 Å °	-0.0097 Å °	-0.0091 Å °	0.0071 Å °	-0.0107 Å °	0.0177 Å °	0.0257 Å °	-0.0048 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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