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- PDB-3gvd: Crystal Structure of Serine Acetyltransferase CysE from Yersinia ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gvd
タイトルCrystal Structure of Serine Acetyltransferase CysE from Yersinia pestis
要素Serine acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / left-handed beta-helix / Structural Genomics of National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Acyltransferase / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytosol
類似検索 - 分子機能
serine acetyltransferase, domain 1 / serine acetyltransferase, domain 1 / Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / : / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Serine acetyltransferase, LbH domain / Hexapeptide transferase, conserved site ...serine acetyltransferase, domain 1 / serine acetyltransferase, domain 1 / Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / : / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Serine acetyltransferase, LbH domain / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / CYSTEINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / Serine acetyltransferase / Serine acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhou, M. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Serine Acetyltransferase CysE from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine acetyltransferase
B: Serine acetyltransferase
C: Serine acetyltransferase
D: Serine acetyltransferase
E: Serine acetyltransferase
F: Serine acetyltransferase
G: Serine acetyltransferase
H: Serine acetyltransferase
I: Serine acetyltransferase
J: Serine acetyltransferase
K: Serine acetyltransferase
L: Serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,66340
ポリマ－353,74412
非ポリマー2,91928
水18,2851015
1
A: Serine acetyltransferase
B: Serine acetyltransferase
C: Serine acetyltransferase
D: Serine acetyltransferase
E: Serine acetyltransferase
F: Serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,36620
ポリマ－176,8726
非ポリマー1,49414
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24210 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area48090 Å2
手法PISA
2
G: Serine acetyltransferase
H: Serine acetyltransferase
I: Serine acetyltransferase
J: Serine acetyltransferase
K: Serine acetyltransferase
L: Serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,29820
ポリマ－176,8726
非ポリマー1,42614
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23740 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area47980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.472, 81.228, 139.406
Angle α, β, γ (deg.)97.07, 95.32, 94.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Serine acetyltransferase


分子量: 29478.680 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag with TEV cleavage site / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: cysE, YPO0070 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 magic
参照: UniProt: Q0WKM4, UniProt: A0A2U2H3H7*PLUS, serine O-acetyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 1043分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物
ChemComp-CYS / CYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE


分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1015 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium acetate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.17 Å / Num. all: 112894 / Num. obs: 112894 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 32.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1T3D

1t3d


解像度: 2.4→45.986 Å / SU ML: 0.39 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 5660 5.05 %
Rwork0.1989 --
obs0.2022 112074 96.99 %
all-112074 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.29 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.2999 Å23.9853 Å2-2.4749 Å2
2--11.0081 Å2-14.1522 Å2
3---4.4653 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23766 0 174 1015 24955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00824414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1633094
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5398777
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0743820
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054268
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.42730.28991820.25683348X-RAY DIFFRACTION92
2.4273-2.45580.35682290.26213535X-RAY DIFFRACTION97
2.4558-2.48580.36591750.26613515X-RAY DIFFRACTION96
2.4858-2.51720.34891900.26013548X-RAY DIFFRACTION97
2.5172-2.55040.38392100.25613583X-RAY DIFFRACTION97
2.5504-2.58530.32891680.25343503X-RAY DIFFRACTION97
2.5853-2.62220.34191790.25713629X-RAY DIFFRACTION97
2.6222-2.66140.3921700.28523441X-RAY DIFFRACTION96
2.6614-2.70290.40341960.29953426X-RAY DIFFRACTION93
2.7029-2.74730.3492010.22713577X-RAY DIFFRACTION98
2.7473-2.79460.31351930.22493524X-RAY DIFFRACTION97
2.7946-2.84540.32351830.22713623X-RAY DIFFRACTION98
2.8454-2.90010.31671880.23153561X-RAY DIFFRACTION98
2.9001-2.95930.28611970.21833565X-RAY DIFFRACTION98
2.9593-3.02370.32731770.23283566X-RAY DIFFRACTION98
3.0237-3.0940.2661970.22643611X-RAY DIFFRACTION98
3.094-3.17130.29342090.20073567X-RAY DIFFRACTION98
3.1713-3.25710.25042060.21023605X-RAY DIFFRACTION98
3.2571-3.35290.31011800.20663572X-RAY DIFFRACTION98
3.3529-3.46110.30691700.21343472X-RAY DIFFRACTION95
3.4611-3.58470.26311940.20183599X-RAY DIFFRACTION98
3.5847-3.72820.26192160.19133393X-RAY DIFFRACTION94
3.7282-3.89780.23391840.17653469X-RAY DIFFRACTION95
3.8978-4.10320.21361670.16223566X-RAY DIFFRACTION97
4.1032-4.36010.20031900.14253578X-RAY DIFFRACTION98
4.3601-4.69640.16681860.13353539X-RAY DIFFRACTION98
4.6964-5.16840.19611720.13583659X-RAY DIFFRACTION98
5.1684-5.9150.20711970.16143599X-RAY DIFFRACTION99
5.915-7.44710.22851810.16973660X-RAY DIFFRACTION99
7.4471-45.99420.20491730.16983581X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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