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- PDB-6wy1: Crystal structure of an engineered thermostable dengue virus 2 en... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wy1
タイトルCrystal structure of an engineered thermostable dengue virus 2 envelope protein dimer
要素Dengue 2 soluble recombinant envelope
キーワードVIRAL PROTEIN / Dengue virus / envelope protein / thermostable / computational protein design / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Kudlacek, S.T. / Lakshmanane, P. / Kuhlman, B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH1820035 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5 F31 AI145408-02 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Designed, highly expressing, thermostable dengue virus 2 envelope protein dimers elicit quaternary epitope antibodies.
著者: Kudlacek, S.T. / Metz, S. / Thiono, D. / Payne, A.M. / Phan, T.T.N. / Tian, S. / Forsberg, L.J. / Maguire, J. / Seim, I. / Zhang, S. / Tripathy, A. / Harrison, J. / Nicely, N.I. / Soman, S. / ...著者: Kudlacek, S.T. / Metz, S. / Thiono, D. / Payne, A.M. / Phan, T.T.N. / Tian, S. / Forsberg, L.J. / Maguire, J. / Seim, I. / Zhang, S. / Tripathy, A. / Harrison, J. / Nicely, N.I. / Soman, S. / McCracken, M.K. / Gromowski, G.D. / Jarman, R.G. / Premkumar, L. / de Silva, A.M. / Kuhlman, B.
履歴
登録2020年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dengue 2 soluble recombinant envelope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9162
ポリマ－45,6941
非ポリマー2211
水00
1
A: Dengue 2 soluble recombinant envelope
ヘテロ分子

A: Dengue 2 soluble recombinant envelope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,8314
ポリマ－91,3892
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area38280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.800, 125.800, 142.637
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Space group name HallP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z
#3: y,-x+y,z
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z

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要素

#1: タンパク質 Dengue 2 soluble recombinant envelope


分子量: 45694.324 Da / 分子数: 1 / 変異: G106D, A259W, T262R, F279W, T280P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
プラスミド: P-alphaH / 細胞株 (発現宿主): EXPI293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D0EPS0
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.54 % / 解説: Hexagonal plate crystals
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 15% PEG 3350 pH 4.4, 0.1M Sodium Acetate Trihydrate + 0.1M Sodium Iodide
Temp details: 21 degree C

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月19日 / 詳細: Si 111
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.42→86.58 Å / Num. obs: 9507 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 16.1 % / Biso Wilson estimate: 92.9 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.162 / Χ2: 1.22 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 3.42→3.69 Å / 冗長度: 16.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1901 / CC1/2: 0.693 / Rpim(I) all: 1.264 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSMar 15, 2019データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OAN

1oan


解像度: 3.42→59.67 Å / SU ML: 0.62 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 44.54
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3366 446 4.9 %
Rwork0.3175 8664 -
obs0.3187 9110 95.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.42→59.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3005 0 14 0 3019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023082
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4814163
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3891167
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.42-3.910.49261130.44912639X-RAY DIFFRACTION89.41
3.92-4.930.34151590.30862887X-RAY DIFFRACTION97.63
4.93-59.670.28921740.2763138X-RAY DIFFRACTION99.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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