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- PDB-6wxj: CSF1R signaling is a regulator of pathogenesis in progressive MS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wxj
タイトルCSF1R signaling is a regulator of pathogenesis in progressive MS
要素Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
キーワードTRANSFERASE / CSF1R / inhibitor / TKI / MS
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage colony-stimulating factor receptor activity / forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / microglial cell proliferation / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis ...macrophage colony-stimulating factor receptor activity / forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / microglial cell proliferation / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis / positive regulation by host of viral process / ruffle organization / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of bone resorption / positive regulation of cell motility / Other interleukin signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / cytokine binding / growth factor binding / cellular response to cytokine stimulus / monocyte differentiation / regulation of MAPK cascade / macrophage differentiation / hemopoiesis / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of chemokine production / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / osteoclast differentiation / response to ischemia / regulation of actin cytoskeleton organization / axon guidance / receptor protein-tyrosine kinase / cytokine-mediated signaling pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / regulation of cell shape / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / cell population proliferation / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / positive regulation of cell migration / inflammatory response / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UF4 / Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Liu, J.
引用ジャーナル: Cell Death Dis / 年: 2020
タイトル: CSF1R signaling is a regulator of pathogenesis in progressive MS.
著者: Hagan, N. / Kane, J.L. / Grover, D. / Woodworth, L. / Madore, C. / Saleh, J. / Sancho, J. / Liu, J. / Li, Y. / Proto, J. / Zelic, M. / Mahan, A. / Kothe, M. / Scholte, A.A. / Fitzgerald, M. / ...著者: Hagan, N. / Kane, J.L. / Grover, D. / Woodworth, L. / Madore, C. / Saleh, J. / Sancho, J. / Liu, J. / Li, Y. / Proto, J. / Zelic, M. / Mahan, A. / Kothe, M. / Scholte, A.A. / Fitzgerald, M. / Gisevius, B. / Haghikia, A. / Butovsky, O. / Ofengeim, D.
履歴
登録2020年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1792
ポリマ－37,7231
非ポリマー4561
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.520, 80.520, 144.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / CSF-1 receptor / M-CSF-R / Proto-oncogene c-Fms


分子量: 37723.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF1R, FMS
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07333, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-UF4 / 4-(3-{[(2S)-2-(6-methoxypyridin-3-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl]methyl}-3H-imidazo[4,5-b]pyridin-6-yl)-2-methylbut-3-yn-2-amine


分子量: 455.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H25N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 21.3% polyethylene glycol 3350 and 0.25 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X17B1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→48.02 Å / Num. obs: 10436 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.62→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 10436

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DPK

3dpk


解像度: 2.62→48.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 34.744 / SU ML: 0.321 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.851 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2723 518 5 %RANDOM
Rwork0.1807 ---
obs0.1847 9914 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 211.75 Å2 / Biso mean: 91.328 Å2 / Biso min: 46.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å2-0.38 Å20 Å2
2---0.75 Å20 Å2
3---2.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.62→48.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2221 0 34 34 2289
Biso mean--84.27 82.01 -
残基数----282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132315
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172129
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9211.6563134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3021.5934940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0945278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.70323.604111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.1915384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.663158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02480
LS精密化 シェル解像度: 2.621→2.688 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 21 -
Rwork0.371 776 -
all-797 -
obs--99.87 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.2498 Å / Origin y: 24.5645 Å / Origin z: 2.848 Å
111213212223313233
T0.0455 Å20.0185 Å2-0.0358 Å2-0.1239 Å2-0.0181 Å2--0.3739 Å2
L3.8007 °2-1.0979 °2-0.7676 °2-1.5886 °20.4882 °2--0.2376 °2
S-0.0858 Å °0.5489 Å °-0.1854 Å °0.2598 Å °0.0117 Å °-0.1232 Å °0.0637 Å °-0.0878 Å °0.0741 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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