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万見
- PDB-6wxg: Cryo-EM reconstruction of VP5*/VP8* assembly from rhesus rotaviru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wxg
タイトルCryo-EM reconstruction of VP5*/VP8* assembly from rhesus rotavirus particles - Reversed conformation
要素
  • Intermediate capsid protein VP6
  • Outer capsid glycoprotein VP7
  • Outer capsid protein VP4
キーワードVIRAL PROTEIN / Complex / non-enveloped virus / viral particle / entry / membrane-penetration / rotavirus / VP4 / VP5* / VP8*
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / host cell rough endoplasmic reticulum / T=13 icosahedral viral capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding ...viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / host cell rough endoplasmic reticulum / T=13 icosahedral viral capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 ...Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Viral capsid/haemagglutinin protein / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Intermediate capsid protein VP6 / Outer capsid protein VP4 / Outer capsid glycoprotein VP7
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus A (ロタウイルス A)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Herrmann, T. / Harrison, S.C. / Jenni, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)CA-13202 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Functional refolding of the penetration protein on a non-enveloped virus.
著者: Tobias Herrmann / Raúl Torres / Eric N Salgado / Cristina Berciu / Daniel Stoddard / Daniela Nicastro / Simon Jenni / Stephen C Harrison /
要旨: A non-enveloped virus requires a membrane lesion to deliver its genome into a target cell. For rotaviruses, membrane perforation is a principal function of the viral outer-layer protein, VP4. Here we ...A non-enveloped virus requires a membrane lesion to deliver its genome into a target cell. For rotaviruses, membrane perforation is a principal function of the viral outer-layer protein, VP4. Here we describe the use of electron cryomicroscopy to determine how VP4 performs this function and show that when activated by cleavage to VP8* and VP5*, VP4 can rearrange on the virion surface from an 'upright' to a 'reversed' conformation. The reversed structure projects a previously buried 'foot' domain outwards into the membrane of the host cell to which the virion has attached. Electron cryotomograms of virus particles entering cells are consistent with this picture. Using a disulfide mutant of VP4, we have also stabilized a probable intermediate in the transition between the two conformations. Our results define molecular mechanisms for the first steps of the penetration of rotaviruses into the membranes of target cells and suggest similarities with mechanisms postulated for other viruses.
履歴
登録2020年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-21957
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21957
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Outer capsid protein VP4
2: Outer capsid protein VP4
3: Outer capsid protein VP4
A: Intermediate capsid protein VP6
B: Intermediate capsid protein VP6
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
P: Intermediate capsid protein VP6
Q: Intermediate capsid protein VP6
R: Intermediate capsid protein VP6
a: Outer capsid glycoprotein VP7
b: Outer capsid glycoprotein VP7
c: Outer capsid glycoprotein VP7
d: Outer capsid glycoprotein VP7
e: Outer capsid glycoprotein VP7
f: Outer capsid glycoprotein VP7
g: Outer capsid glycoprotein VP7
h: Outer capsid glycoprotein VP7
i: Outer capsid glycoprotein VP7
j: Outer capsid glycoprotein VP7
k: Outer capsid glycoprotein VP7
l: Outer capsid glycoprotein VP7
m: Outer capsid glycoprotein VP7
n: Outer capsid glycoprotein VP7
o: Outer capsid glycoprotein VP7
p: Outer capsid glycoprotein VP7
q: Outer capsid glycoprotein VP7
r: Outer capsid glycoprotein VP7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,743,396111
ポリマ－1,737,25039
非ポリマー6,14672
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, Virus particles previously were verified to be assembled via various electron microscopy studies, infectivity assays and SDS PAGE analysis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Outer capsid protein VP4 / Hemagglutinin


分子量: 86655.586 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]) (ウイルス)
株: RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3] / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G0YZG6
#2: タンパク質
Intermediate capsid protein VP6


分子量: 44934.766 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]) (ウイルス)
株: RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3] / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: B2BN53
#3: タンパク質
Outer capsid glycoprotein VP7


分子量: 37136.531 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]) (ウイルス)
株: RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3] / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P12476
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rotavirus VP4, VP6, VP7 assembly in the foldback conformation
タイプ: COMPLEX
詳細: Obtained from wild-type recoated rhesus rotavirus particles (wt rcTLP)
Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 1.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]) (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris2-Amino-2-(hydroxymethyl)propan-1,3-diol1
2100 mMSodium ChlorideNaCl1
31 mMCalcium ChlorideCaCl21
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K / 詳細: 4 ul sample volume, 4 sec blotting time

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 27500 X / 倍率（補正後）: 40605 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 33 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4107
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3701 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN2粒子像選択e2boxer.py used to manually select viral particles
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7Oモデルフィッティング
9PHENIX1.17.1-3660モデル精密化
10cisTEM初期オイラー角割当
11cisTEM最終オイラー角割当
12cisTEM分類
13cisTEM３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 14579 / 詳細: whole viral particles
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 252548 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: Reconstruction final map after classification of VP4 sub-particles . VP4 sub-particles extracted from viral particles (60 VP4 sub-particles per viral particle)
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 詳細: phenix.real_space_refine
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
14V7Q

4v7q

1
21SLQ

1slq

1
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 17.97 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0042103842
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7514141487
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.046316259
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004418263
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.143137691

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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