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万見
- PDB-6wx9: SOX2 bound to Importin-alpha 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wx9
タイトルSOX2 bound to Importin-alpha 5
要素
  • Importin subunit alpha-5
  • Transcription factor SOX-2
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Importin / SOX2
機能・相同性
機能・相同性情報


satellite cell activation involved in skeletal muscle regeneration / glial cell fate commitment / regulation of myofibroblast cell apoptotic process / skeletal muscle satellite cell proliferation / : / Formation of the posterior neural plate / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / Inhibition of nitric oxide production / Formation of the anterior neural plate / endodermal cell fate specification ...satellite cell activation involved in skeletal muscle regeneration / glial cell fate commitment / regulation of myofibroblast cell apoptotic process / skeletal muscle satellite cell proliferation / : / Formation of the posterior neural plate / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / Inhibition of nitric oxide production / Formation of the anterior neural plate / endodermal cell fate specification / response to oxygen-glucose deprivation / adenohypophysis development / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / regulation of DNA recombination / Specification of the neural plate border / pituitary gland development / Transcriptional Regulation by MECP2 / positive regulation of cell-cell adhesion / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / eye development / neuronal stem cell population maintenance / tissue regeneration / Germ layer formation at gastrulation / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / response to growth factor / Apoptosis induced DNA fragmentation / postsynapse to nucleus signaling pathway / regulation of canonical Wnt signaling pathway / miRNA binding / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / inner ear development / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of neuron differentiation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / nuclear pore / forebrain development / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / positive regulation of cell differentiation / brain development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / neuron differentiation / ISG15 antiviral mechanism / response to wounding / osteoblast differentiation / protein import into nucleus / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon alpha/beta signaling / chromatin organization / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / positive regulation of MAPK cascade / postsynaptic density / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / glutamatergic synapse / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor SOX / SOX transcription factor / : / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. ...Transcription factor SOX / SOX transcription factor / : / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / HMG (high mobility group) box / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor SOX-2 / Importin subunit alpha-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bikshapathi, J. / Stewart, M. / Forwood, J.K. / Aragao, D. / Roman, N.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for nuclear import selectivity of pioneer transcription factor SOX2.
著者: Jagga, B. / Edwards, M. / Pagin, M. / Wagstaff, K.M. / Aragao, D. / Roman, N. / Nanson, J.D. / Raidal, S.R. / Dominado, N. / Stewart, M. / Jans, D.A. / Hime, G.R. / Nicolis, S.K. / Basler, C.F. / Forwood, J.K.
履歴
登録2020年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-5
B: Transcription factor SOX-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7712
ポリマ－62,7712
非ポリマー00
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.460, 61.420, 69.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.490, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-5 / Karyopherin subunit alpha-1 / Nucleoprotein interactor 1 / NPI-1 / RAG cohort protein 2 / SRP1-beta


分子量: 51725.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA1, RCH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52294
#2: タンパク質 Transcription factor SOX-2


分子量: 11045.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOX2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48431
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium/potassium phosphate, 20% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.1 Å / Num. obs: 16476 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 48.2 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 2377 / CC1/2: 0.813

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimlessデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B18

4b18


解像度: 2.8→29.05 Å / SU ML: 0.3284 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.4571 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 626 4.88 %
Rwork0.2057 12215 -
obs0.2079 12841 77.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3426 0 0 36 3462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00373483
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6614724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2227558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.54131299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.080.3274760.29271439X-RAY DIFFRACTION36.71
3.08-3.530.32031410.26772933X-RAY DIFFRACTION74.36
3.53-4.440.24952040.20153875X-RAY DIFFRACTION98.08
4.44-290.21362050.17413968X-RAY DIFFRACTION98.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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