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- PDB-6wwd: Crystal structure of Nucleoside-triphosphatase / dITP/XTP pyropho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wwd
タイトルCrystal structure of Nucleoside-triphosphatase / dITP/XTP pyrophosphatase from Mycobacterium abscessus ATCC 19977 / DSM 44196
要素dITP/XTP pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Nucleoside-triphosphatase / dITP/XTP pyrophosphatase / Mycobacterium abscessus / Mycobacteroides abscessus / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


XTP/dITP diphosphatase / purine nucleoside triphosphate catabolic process / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
dITP/XTP pyrophosphatase / Ham1-like protein / Ham1 family / Maf protein - #10 / Inosine triphosphate pyrophosphatase-like / Maf protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
dITP/XTP pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Nucleoside-triphosphatase / dITP/XTP pyrophosphatase from Mycobacterium abscessus ATCC 19977 / DSM 44196
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dITP/XTP pyrophosphatase
B: dITP/XTP pyrophosphatase
C: dITP/XTP pyrophosphatase
D: dITP/XTP pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8074
ポリマ－90,8074
非ポリマー00
水9,818545
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12260 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area32710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.690, 104.040, 146.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 1 through 2 and (name N...
21(chain B and ((resid 1 through 2 and (name N...
31(chain C and (resid 1 through 20 or (resid 21...
41(chain D and ((resid 1 through 2 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLYSLYS(chain A and ((resid 1 through 2 and (name N...AA1 - 21 - 2
12METMETARGARG(chain A and ((resid 1 through 2 and (name N...AA1 - 1961 - 196
13METMETARGARG(chain A and ((resid 1 through 2 and (name N...AA1 - 1961 - 196
14METMETARGARG(chain A and ((resid 1 through 2 and (name N...AA1 - 1961 - 196
15METMETARGARG(chain A and ((resid 1 through 2 and (name N...AA1 - 1961 - 196
21METMETLYSLYS(chain B and ((resid 1 through 2 and (name N...BB1 - 21 - 2
22METMETMETMET(chain B and ((resid 1 through 2 and (name N...BB1 - 1941 - 194
23METMETMETMET(chain B and ((resid 1 through 2 and (name N...BB1 - 1941 - 194
24METMETMETMET(chain B and ((resid 1 through 2 and (name N...BB1 - 1941 - 194
25METMETMETMET(chain B and ((resid 1 through 2 and (name N...BB1 - 1941 - 194
31METMETLEULEU(chain C and (resid 1 through 20 or (resid 21...CC1 - 201 - 20
32GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 1 through 20 or (resid 21...CC2121
33METMETGLYGLY(chain C and (resid 1 through 20 or (resid 21...CC1 - 2021 - 202
41METMETLYSLYS(chain D and ((resid 1 through 2 and (name N...DD1 - 21 - 2
42METMETARGARG(chain D and ((resid 1 through 2 and (name N...DD1 - 2031 - 203
43METMETARGARG(chain D and ((resid 1 through 2 and (name N...DD1 - 2031 - 203
44METMETARGARG(chain D and ((resid 1 through 2 and (name N...DD1 - 2031 - 203
45METMETARGARG(chain D and ((resid 1 through 2 and (name N...DD1 - 2031 - 203

-
要素

#1: タンパク質
dITP/XTP pyrophosphatase / Non-canonical purine NTP pyrophosphatase / Non-standard purine NTP pyrophosphatase / Nucleoside- ...Non-canonical purine NTP pyrophosphatase / Non-standard purine NTP pyrophosphatase / Nucleoside-triphosphate diphosphatase / Nucleoside-triphosphate pyrophosphatase / NTPase


分子量: 22701.645 Da / 分子数: 4 / 断片: MyabA.00786.a.AE1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (strain ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543) (バクテリア)
株: ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543
遺伝子: MAB_1485 / プラスミド: MyabA.00786.a.AE1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1MLZ4, XTP/dITP diphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: RigakuReagents, JCSG+ screen, condition a2: 20% PEG 3000, 100mM sodium citrate tribasic / citric acid pH 5.5: MyabA.00786.a.AE1.PS38631 at 26.62 mg/ml: tray 315036 a2, cryo: 20% ethylene ...詳細: RigakuReagents, JCSG+ screen, condition a2: 20% PEG 3000, 100mM sodium citrate tribasic / citric acid pH 5.5: MyabA.00786.a.AE1.PS38631 at 26.62 mg/ml: tray 315036 a2, cryo: 20% ethylene glycol, puck rse0-4. For phasing, a crystal from the same well was soaked for 20sec in a solution made of 20% 2.5M sodium iodide in ethylene glycol and 80% reservoir, and then vitrified in liquid nitrogen: tray 315056 a2, puck fdv5-14

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2020年4月22日 / 詳細: RIGAKU VARIMAX HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.9 Å / Num. obs: 45678 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.031 % / Biso Wilson estimate: 26.991 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 0.876 / Net I/σ(I): 14.47 / Num. measured all: 321160 / Scaling rejects: 24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.156.0820.4114.6219792332032540.8910.4598
2.15-2.217.0190.3725.5222509329932070.9350.40297.2
2.21-2.286.5940.4015.8920863319431640.9440.43699.1
2.28-2.357.3030.3396.1321945306330050.9560.36598.1
2.35-2.427.2550.3146.6821749305329980.960.33898.2
2.42-2.517.2350.297.1220859288928830.9690.31299.8
2.51-2.67.3060.2697.3920252280627720.9720.2998.8
2.6-2.717.1510.2359.1119308272927000.9780.25398.9
2.71-2.837.2460.18510.4218761261025890.9860.19999.2
2.83-2.977.250.15712.2218175251025070.9910.16999.9
2.97-3.137.2830.12315.217079235623450.9950.13399.5
3.13-3.327.280.08919.7816321225022420.9970.09699.6
3.32-3.557.0620.07924.3115020213121270.9970.08599.8
3.55-3.836.9420.06727.8313836199719930.9980.07299.8
3.83-4.26.8250.05531.1612599184618460.9990.06100
4.2-4.77.1710.04336.0811975167016700.9990.046100
4.7-5.427.1140.05329.3910642149614960.9990.058100
5.42-6.647.0130.06225.148927127312730.9990.067100
6.64-9.396.8310.04135.686899101110100.9990.04499.9
9.39-47.96.1120.02652.29364960759710.02898.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SHELXDE位相決定
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PARROT位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→47.9 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2437 1961 4.29 %0
Rwork0.1861 43703 --
obs0.1885 45664 99.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.57 Å2 / Biso mean: 30.1091 Å2 / Biso min: 8.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5518 0 0 550 6068
Biso mean---28.01 -
残基数----776
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9327779
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056921
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8162032
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2865X-RAY DIFFRACTION8.973TORSIONAL
12B2865X-RAY DIFFRACTION8.973TORSIONAL
13C2865X-RAY DIFFRACTION8.973TORSIONAL
14D2865X-RAY DIFFRACTION8.973TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.150.25481300.21233012314298
2.15-2.210.25451440.20443018316297
2.21-2.280.31871500.25683062321299
2.28-2.350.28461340.20963034316898
2.35-2.430.27351280.20643074320298
2.43-2.530.26261360.20383110324699
2.53-2.650.28171430.200131023245100
2.65-2.790.261440.20253092323699
2.79-2.960.27971220.18583151327399
2.96-3.190.23941280.18473137326599
3.19-3.510.2191680.166531283296100
3.51-4.020.20451370.15831843321100
4.02-5.060.21221580.148832193377100
5.06-47.90.23021390.195733803519100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.29731.65121.65021.89841.01261.4632-0.10150.08110.0346-0.09250.02270.2074-0.12390.0120.04550.14880.00260.00890.1730.01580.084436.29416.79198.4203
21.885-0.64430.07481.19460.45891.3239-0.05920.3885-0.2329-0.04480.2772-0.1982-0.06310.3539-0.19850.119-0.01230.00340.15470.03920.045643.649311.51759.0923
32.78932.1148-0.38162.85550.03190.0262-0.03030.1638-0.0741-0.08770.1347-0.167-0.03740.0183-0.10040.1354-0.00320.01050.20940.02650.09150.819516.84412.9691
40.55382.0058-1.11358.313-3.62491.76020.1642-0.12770.3102-1.1907-0.19481.52560.42680.2671-0.10290.62260.1497-0.16860.6921-0.0290.525947.78514.6114-4.3936
56.3162-4.1259-0.34163.0009-0.19763.4605-0.19581.9217-1.9892-1.08770.62280.19940.5275-0.0854-0.16660.5125-0.22140.03660.5435-0.21480.604354.6712-9.675-4.3788
62.23741.8859-2.47250.706-0.98032.07-0.0916-0.0721-0.1529-0.0140.022-0.20110.15290.1730.05060.15060.019-0.02390.1780.01280.167251.3622-6.448513.6478
71.51490.06960.03911.2162-0.47691.53530.02780.0781-0.1745-0.07760.11110.09890.2719-0.2389-0.1180.1512-0.0156-0.05070.11940.00010.148835.7738-9.038913.0208
84.378-0.37431.75530.48981.06113.823-0.52330.7761-0.66410.06020.5522-0.5493-0.1071.04440.02270.43260.098-0.05531.17380.06550.573234.98350.5165-4.1124
95.3737-1.696-0.7344.93911.95644.77440.0383-0.9543-0.25780.508-0.00040.1920.3304-0.0774-0.00590.1834-0.067-0.01670.25130.02590.175855.148924.335247.8061
104.04620.56472.96370.66740.27742.0648-0.00820.34330.0399-0.0181-0.0011-0.1626-0.00810.170.03090.13750.00580.02510.1296-0.01390.133554.237618.913332.3962
114.4119-1.0709-1.34494.8854-1.86464.08810.10520.23030.21770.1035-0.00890.0436-0.3748-0.1854-0.06030.19920.00820.02440.1027-0.00040.062837.733925.848321.328
125.2003-2.08081.21722.4342-0.58461.85720.082-0.22040.0446-0.06230.05880.025-0.0964-0.2014-0.12130.1292-0.00760.02630.06530.00490.043639.741421.150133.9544
130.97280.0273-0.22910.37060.12081.75420.1565-1.0172-0.13240.6446-0.31860.41750.30450.2969-0.08860.4623-0.01730.07970.56840.13450.338631.544320.292443.2209
146.87521.92422.25863.75060.7715.09780.1458-1.0866-0.04190.8352-0.3443-0.55060.0141-0.06940.07970.3454-0.0348-0.10920.43920.14560.369428.54827.362253.3825
151.5818-2.135-1.00071.97181.22451.1956-0.06660.0287-0.21320.08530.01550.31190.0909-0.17040.04260.1351-0.0376-0.0160.16340.02350.175232.7478-0.202135.9792
162.3314-0.94140.61852.0133-0.31670.408-0.0732-0.2032-0.05810.14650.1732-0.23090.02330.0293-0.08360.1411-0.015-0.03230.10950.02530.129548.4168-2.030237.4924
173.4124-3.02462.82544.8599-2.51353.8562-0.7248-0.2227-0.07661.15180.42370.4551-0.7984-0.56160.34270.5431-0.04980.06870.5893-0.07070.409247.177810.886747.6534
184.81993.13260.06213.7358-2.14113.8146-0.2130.789-0.4481-0.84970.3406-0.71540.5309-0.0244-0.01610.4028-0.001-0.00950.339-0.00950.328229.425710.3347-8.4226
193.20741.6523.19521.5380.96294.3258-0.06780.06260.263-0.67570.14990.2309-0.0502-0.47960.1960.4378-0.0055-0.10420.34170.08350.22625.154412.1573-0.7002
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 49 through 108 )B49 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 109 through 133 )B109 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 134 through 174 )B134 - 174
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 175 through 194 )B175 - 194
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 35 )C1 - 35
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 36 through 97 )C36 - 97
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 98 through 183 )C98 - 183
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 184 through 202 )C184 - 202
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 36 )D1 - 36
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 37 through 80 )D37 - 80
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 81 through 117 )D81 - 117
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 118 through 163 )D118 - 163
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 164 through 203 )D164 - 203
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 1 through 35 )A1 - 35
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 36 through 97 )A36 - 97
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 98 through 174 )A98 - 174
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 175 through 196 )A175 - 196
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 1 through 20 )B1 - 20
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 21 through 48 )B21 - 48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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