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- PDB-5xgu: Escherichia coli. RNase R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xgu
タイトルEscherichia coli. RNase R
要素Ribonuclease R
キーワードHYDROLASE / exoribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


exoribonuclease II activity / exoribonuclease II / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease R winged-helix domain / Ribonuclease R winged-helix domain / RNase II/RNase R, cold shock domain / Ribonuclease B, N-terminal OB domain / Ribonuclease B OB domain / Cold shock domain / Ribonuclease R / Ribonuclease II/ribonuclease R / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. ...Ribonuclease R winged-helix domain / Ribonuclease R winged-helix domain / RNase II/RNase R, cold shock domain / Ribonuclease B, N-terminal OB domain / Ribonuclease B OB domain / Cold shock domain / Ribonuclease R / Ribonuclease II/ribonuclease R / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / RNA-binding domain, S1 / Cold shock domain / Cold shock protein domain / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli DEC6A (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.846 Å
データ登録者Chu, L.Y. / Hsieh, T.J. / Yuan, H.S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into RNA unwinding and degradation by RNase R.
著者: Chu, L.Y. / Hsieh, T.J. / Golzarroshan, B. / Chen, Y.P. / Agrawal, S. / Yuan, H.S.
履歴
登録2017年4月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ribonuclease R
A: Ribonuclease R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,7214
ポリマ－146,6732
非ポリマー492
水30,2831681
1
A: Ribonuclease R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3612
ポリマ－73,3361
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area29750 Å2
手法PISA
2
B: Ribonuclease R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3612
ポリマ－73,3361
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area30350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.691, 120.863, 83.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease R / RNase R


分子量: 73336.336 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 87-725 / 変異: A45V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli DEC6A (大腸菌) / 遺伝子: rnr, ECDEC6A_5034 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H4USN4, exoribonuclease II
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1681 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 8% v/v Tacimate, pH 6.0, 10 % w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 124382 / % possible obs: 99.14 % / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 48331 / Rsym value: 0.445 / % possible all: 99.14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VNU

2vnu


解像度: 1.846→29.671 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2362 2005 1.61 %
Rwork0.1872 --
obs0.188 124300 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.846→29.671 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9959 0 2 1681 11642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67213710
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7416148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041799
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8457-1.89180.26861220.22217857X-RAY DIFFRACTION89
1.8918-1.9430.24511490.22288756X-RAY DIFFRACTION100
1.943-2.00020.25351480.21878757X-RAY DIFFRACTION100
2.0002-2.06470.28211420.21338757X-RAY DIFFRACTION100
2.0647-2.13850.26271450.2038777X-RAY DIFFRACTION100
2.1385-2.22410.22621400.19568797X-RAY DIFFRACTION100
2.2241-2.32520.22881410.18878832X-RAY DIFFRACTION100
2.3252-2.44780.25471440.19068803X-RAY DIFFRACTION100
2.4478-2.60110.22361500.19968757X-RAY DIFFRACTION100
2.6011-2.80180.24761470.19938814X-RAY DIFFRACTION100
2.8018-3.08340.28321420.20058847X-RAY DIFFRACTION100
3.0834-3.5290.23731440.18258810X-RAY DIFFRACTION100
3.529-4.44380.21341460.15338836X-RAY DIFFRACTION100
4.4438-29.67480.20321450.17298895X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.4535 Å / Origin y: 44.8802 Å / Origin z: -60.9634 Å
111213212223313233
T0.1264 Å20.0028 Å2-0.0031 Å2-0.1212 Å2-0.0288 Å2--0.1487 Å2
L0.059 °2-0.0051 °2-0.0131 °2-0.1242 °2-0.1782 °2--0.3761 °2
S-0.0007 Å °0.014 Å °-0.0072 Å °-0.0233 Å °0.0326 Å °0.0522 Å °-0.0084 Å °-0.0744 Å °-0.0337 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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