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- PDB-6wv7: Human VKOR with Chlorophacinone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wv7
タイトルHuman VKOR with Chlorophacinone
要素Vitamin K epoxide reductase, termini restrained by green fluorescent protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLUORESCENT PROTEIN / Vitamin K epoxide Reductase (VKOR) / Vitamin K / warfarin / superwarfarin / vitamin K expoxide(KO) / Chlorophacinone / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-glutamic acid carboxylation / vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-insensitive) activity / Metabolism of vitamin K / vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-sensitive) / vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-sensitive) activity / vitamin K metabolic process / positive regulation of coagulation / regulation of blood coagulation / quinone binding / : ...peptidyl-glutamic acid carboxylation / vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-insensitive) activity / Metabolism of vitamin K / vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-sensitive) / vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-sensitive) activity / vitamin K metabolic process / positive regulation of coagulation / regulation of blood coagulation / quinone binding / : / xenobiotic metabolic process / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / bone development / response to organic cyclic compound / blood coagulation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 / Vitamin K epoxide reductase / VKOR domain superfamily / Vitamin K epoxide reductase family / VKc / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophacinone / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Vitamin K epoxide reductase complex subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.483 Å
データ登録者Liu, S. / Sukumar, N. / Li, W.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL121718 米国
Other privateForefront of Science Award 米国
Other privateMCII 2020-854 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R21 EY028705 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM131008 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124165 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structural basis of antagonizing the vitamin K catalytic cycle for anticoagulation.
著者: Liu, S. / Li, S. / Shen, G. / Sukumar, N. / Krezel, A.M. / Li, W.
履歴
登録2020年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin K epoxide reductase, termini restrained by green fluorescent protein
B: Vitamin K epoxide reductase, termini restrained by green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1454
ポリマ－88,3952
非ポリマー7502
水3,657203
1
A: Vitamin K epoxide reductase, termini restrained by green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5722
ポリマ－44,1971
非ポリマー3751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vitamin K epoxide reductase, termini restrained by green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5722
ポリマ－44,1971
非ポリマー3751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.564, 82.567, 78.782
Angle α, β, γ (deg.)93.390, 97.360, 104.210
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 296 or (resid 297...
21(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLNGLN(chain A and (resid 2 through 296 or (resid 297...AA2 - 2962 - 294
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 2 through 296 or (resid 297...AA297295
13SERSERHISHIS(chain A and (resid 2 through 296 or (resid 297...AA2 - 3842 - 382
14SERSERHISHIS(chain A and (resid 2 through 296 or (resid 297...AA2 - 3842 - 382
15SERSERHISHIS(chain A and (resid 2 through 296 or (resid 297...AA2 - 3842 - 382
16SERSERHISHIS(chain A and (resid 2 through 296 or (resid 297...AA2 - 3842 - 382
21SERSERGLYGLY(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...BB2 - 332 - 33
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...BB3434
23SERSERHISHIS(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...BB2 - 3922 - 390
24SERSERHISHIS(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...BB2 - 3922 - 390
25SERSERHISHIS(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...BB2 - 3922 - 390
26SERSERHISHIS(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...BB2 - 3922 - 390
27SERSERHISHIS(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...BB2 - 3922 - 390

-
要素

#1: タンパク質 Vitamin K epoxide reductase, termini restrained by green fluorescent protein / Vitamin K1 2 / 3-epoxide reductase subunit 1


分子量: 44197.434 Da / 分子数: 2
断片: GPF (UNP residues 1-144) + VKOR + GFP (UNP residues 146-231)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: gfp, VKORC1, VKOR, MSTP134, MSTP576, UNQ308/PRO351
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: A0A059PIQ0, UniProt: Q9BQB6, UniProt: P42212*PLUS, vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-sensitive)
#2: 化合物 ChemComp-UAJ / Chlorophacinone / 2-[(2R)-2-(4-chlorophenyl)-2-phenylacetyl]-1H-indene-1,3(2H)-dione


分子量: 374.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H15ClO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗凝固剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.98 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5
詳細: 33% PEG400, 5% DMSO, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M MES, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月11日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.483→50 Å / Num. obs: 31278 / % possible obs: 87.5 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.087 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 1.185 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.541.70.56315730.5240.5630.7961.11888.3
2.54-2.591.80.49915450.5550.4990.7061.02987.7
2.59-2.641.80.46315920.5870.4630.6551.11487.4
2.64-2.691.80.44915860.6150.4490.6351.15889
2.69-2.751.80.34215110.7340.3420.4841.13585.4
2.75-2.821.70.30614640.7780.3060.4331.15682.6
2.82-2.891.70.31115510.7740.3110.441.26585.9
2.89-2.961.80.24116270.8630.2410.341.17791.4
2.96-3.051.80.20516290.8870.2050.291.19889.9
3.05-3.151.80.16915810.910.1690.2391.34489.1
3.15-3.261.80.13915830.9380.1390.1971.28988.2
3.26-3.391.80.11115060.9640.1110.1581.2685.4
3.39-3.551.70.114980.9690.10.1421.34682.4
3.55-3.731.80.08416040.9770.0840.1191.27691.5
3.73-3.971.80.06916360.980.0690.0981.19890.3
3.97-4.271.80.05515600.9880.0550.0781.11386.9
4.27-4.71.70.04814640.990.0480.0681.28882.3
4.7-5.381.80.03916260.9920.0390.0551.10991.1
5.38-6.781.80.03615440.9930.0360.0511.07486.7
6.78-501.80.02115980.9980.0210.0291.07289.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2B3P

2b3p


解像度: 2.483→34.742 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 1580 5.06 %
Rwork0.1997 29673 -
obs0.202 31253 86.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.17 Å2 / Biso mean: 39.7837 Å2 / Biso min: 16.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.483→34.742 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6114 0 84 203 6401
Biso mean--40.45 39.07 -
残基数----770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8448578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055954
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051078
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3463664
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3596X-RAY DIFFRACTION8.299TORSIONAL
12B3596X-RAY DIFFRACTION8.299TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.483-2.56290.35521060.2918233575
2.5629-2.65450.34631390.2728276988
2.6545-2.76070.32321540.2427268286
2.7607-2.88630.27571520.2414262084
2.8863-3.03840.27371500.2243288291
3.0384-3.22860.23061600.2075272989
3.2286-3.47770.23711490.192259083
3.4777-3.82730.22541380.1835287291
3.8273-4.38020.20771430.1796273388
4.3802-5.5150.26471510.1786270387
5.515-34.7420.18331380.1761275888
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.37520.6968-0.27662.8894-1.37512.7653-0.0723-0.07230.08720.1029-0.0717-0.1376-0.00540.09020.13070.15390.0386-0.04150.2003-0.0750.306533.3281-60.998951.3342
22.8976-0.8380.66613.30460.11011.9156-0.1059-0.0344-0.19050.31180.09270.16270.192-0.10870.01130.32170.0143-0.00940.2492-0.06830.237227.7828-15.006154.5223
31.79991.9172-1.32557.0851-3.45192.76530.1733-0.15720.32850.2034-0.21690.4159-0.2665-0.0994-0.01690.24970.0291-0.03370.3335-0.12130.353322.3823-56.878253.5687
46.7070.5783-1.79132.1093-0.76651.7821-0.0978-0.45860.88130.4450.1355-0.05920.05760.2713-0.0770.3229-0.0086-0.08480.2077-0.06250.432536.7227-55.204858.6589
52.1163-0.91210.62941.9016-0.142.8408-0.07480.19140.2251-0.1059-0.0403-0.2159-0.1170.21620.08710.1543-0.05840.02440.26510.03180.28834.209413.780320.1825
62.5547-0.39130.21638.181.79193.6647-0.19240.2628-0.5415-0.48540.3953-0.11410.0598-0.28-0.27320.24670.01430.01310.3767-0.04190.315229.2652-39.782922.0407
74.06191.21490.27172.65080.9893.9684-0.27410.25020.1095-0.81310.29370.2083-0.455-0.42010.01190.53440.0625-0.06770.3975-0.05050.296826.7889-27.301214.4293
84.3547-2.97234.02786.1679-5.01935.88480.2401-0.0101-0.04-0.2273-0.12370.3250.3642-0.1378-0.15080.2627-0.01980.05140.254-0.06630.287723.21679.828618.2196
95.2257-1.57472.33631.7798-1.61824.05920.05990.2376-0.381-0.0618-0.0351-0.18910.17310.43740.09450.25140.02740.00850.1955-0.01250.250337.51387.635912.8597
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 151 )A2 - 151
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 152 through 296 )A152 - 296
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 297 through 350 )A297 - 350
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 351 through 384 )A351 - 384
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 151 )B2 - 151
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 152 through 206 )B152 - 206
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 207 through 296 )B207 - 296
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 297 through 350 )B297 - 350
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 351 through 384 )B351 - 384

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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