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万見
- PDB-6wul: Mitochondrial SAM complex - dimer 1 in detergent -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wul
タイトルMitochondrial SAM complex - dimer 1 in detergent
要素
  • Bac_surface_Ag domain-containing protein
  • Sam35
  • Tom37 domain-containing protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Mitochondrial SAM complex / Sam35 / Sam37 / Sam50
機能・相同性
機能・相同性情報


SAM complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / mitochondrion organization / protein transport / mitochondrial outer membrane
類似検索 - 分子機能
Metaxin, glutathione S-transferase domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase N-terminal domain / Mitochondrial outer membrane transport complex Sam37/metaxin, N-terminal domain / : / Outer mitochondrial membrane transport complex protein / membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / Thioredoxin-like fold / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) ...Metaxin, glutathione S-transferase domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase N-terminal domain / Mitochondrial outer membrane transport complex Sam37/metaxin, N-terminal domain / : / Outer mitochondrial membrane transport complex protein / membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / Thioredoxin-like fold / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial outer membrane transport complex Sam37/metaxin N-terminal domain-containing protein / Thioredoxin-like fold domain-containing protein / Bacterial surface antigen (D15) domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermothelomyces thermophilus (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ni, X. / Botos, I. / Diederichs, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural insight into mitochondrial β-barrel outer membrane protein biogenesis.
著者: Kathryn A Diederichs / Xiaodan Ni / Sarah E Rollauer / Istvan Botos / Xiaofeng Tan / Martin S King / Edmund R S Kunji / Jiansen Jiang / Susan K Buchanan /
要旨: In mitochondria, β-barrel outer membrane proteins mediate protein import, metabolite transport, lipid transport, and biogenesis. The Sorting and Assembly Machinery (SAM) complex consists of three ...In mitochondria, β-barrel outer membrane proteins mediate protein import, metabolite transport, lipid transport, and biogenesis. The Sorting and Assembly Machinery (SAM) complex consists of three proteins that assemble as a 1:1:1 complex to fold β-barrel proteins and insert them into the mitochondrial outer membrane. We report cryoEM structures of the SAM complex from Myceliophthora thermophila, which show that Sam50 forms a 16-stranded transmembrane β-barrel with a single polypeptide-transport-associated (POTRA) domain extending into the intermembrane space. Sam35 and Sam37 are located on the cytosolic side of the outer membrane, with Sam35 capping Sam50, and Sam37 interacting extensively with Sam35. Sam35 and Sam37 each adopt a GST-like fold, with no functional, structural, or sequence similarity to their bacterial counterparts. Structural analysis shows how the Sam50 β-barrel opens a lateral gate to accommodate its substrates.
履歴
登録2020年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年8月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年8月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年8月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02020年8月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年8月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年8月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32025年5月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21915
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sam35
B: Bac_surface_Ag domain-containing protein
C: Tom37 domain-containing protein
D: Sam35
E: Bac_surface_Ag domain-containing protein
F: Tom37 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,9766
ポリマ－278,9766
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area22110 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area94330 Å2

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要素

#1: タンパク質 Sam35


分子量: 36648.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermothelomyces thermophilus (菌類)
遺伝子: MYCTH_2142789 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: G2QAT9
#2: タンパク質 Bac_surface_Ag domain-containing protein / Sam50


分子量: 53380.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermothelomyces thermophilus (菌類)
遺伝子: MYCTH_2094326 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: G2QFF9
#3: タンパク質 Tom37 domain-containing protein / Sam37


分子量: 49458.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermothelomyces thermophilus (菌類)
遺伝子: MYCTH_2293977 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: G2Q6R7
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitochondrial SAM complex - dimer 1 in detergent / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Thermothelomyces thermophilus (菌類)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 69 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 117339 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00516960
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.71623070
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.4692376
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0452586
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052994

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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