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万見
- PDB-6wu1: Structure of apo LaINDY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wu1
タイトルStructure of apo LaINDY
要素DASS family sodium-coupled anion symporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transporter / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / membrane
類似検索 - 分子機能
Citrate carrier CitT-related / Sodium:sulfate symporter transmembrane region / Solute carrier family 13
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANE / HEXANE / N-OCTANE / DASS family sodium-coupled anion symporter / 2-oxoglutarate-malate translocator
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Sauer, D.B. / Marden, J.J. / Cocco, N.C. / Song, J.M. / Wang, D.N. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54GM095315 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS108151 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM121994 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the reaction cycle of DASS dicarboxylate transporters.
著者: David B Sauer / Noah Trebesch / Jennifer J Marden / Nicolette Cocco / Jinmei Song / Akiko Koide / Shohei Koide / Emad Tajkhorshid / Da-Neng Wang /
要旨: Citrate, α-ketoglutarate and succinate are TCA cycle intermediates that also play essential roles in metabolic signaling and cellular regulation. These di- and tricarboxylates are imported into the ...Citrate, α-ketoglutarate and succinate are TCA cycle intermediates that also play essential roles in metabolic signaling and cellular regulation. These di- and tricarboxylates are imported into the cell by the divalent anion sodium symporter (DASS) family of plasma membrane transporters, which contains both cotransporters and exchangers. While DASS proteins transport substrates via an elevator mechanism, to date structures are only available for a single DASS cotransporter protein in a substrate-bound, inward-facing state. We report multiple cryo-EM and X-ray structures in four different states, including three hitherto unseen states, along with molecular dynamics simulations, of both a cotransporter and an exchanger. Comparison of these outward- and inward-facing structures reveal how the transport domain translates and rotates within the framework of the scaffold domain through the transport cycle. Additionally, we propose that DASS transporters ensure substrate coupling by a charge-compensation mechanism, and by structural changes upon substrate release.
履歴
登録2020年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21902
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DASS family sodium-coupled anion symporter
B: DASS family sodium-coupled anion symporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,81326
ポリマ－113,1282
非ポリマー2,68524
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area13240 Å2
ΔGint67 kcal/mol
Surface area36000 Å2

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要素

#1: タンパク質 DASS family sodium-coupled anion symporter


分子量: 56563.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
遺伝子: D7H66_01865 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3A9Y7Q2, UniProt: Q5FKK5*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#3: 化合物
ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#4: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LaINDY / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 75.05 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3122

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2.12粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARC2.12CTF補正
10cryoSPARC2.12初期オイラー角割当
11cryoSPARC2.12最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.12分類
13cryoSPARC2.12３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 278663 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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