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- PDB-6wt8: Structure of a STING-associated CdnE c-di-GMP synthase from Flavo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wt8
タイトルStructure of a STING-associated CdnE c-di-GMP synthase from Flavobacteriaceae sp.
要素STING-associated CdnE c-di-GMP synthase
キーワードTRANSFERASE / CBASS / CD-NTase / c-di-GMP / STING
機能・相同性diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / defense response to virus / GTP binding / c-di-GMP synthase
機能・相同性情報
生物種Flavobacteriaceae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Morehouse, B.R. / Govande, A.A. / Millman, A. / Keszei, A.F.A. / Lowey, B. / Ofir, G. / Shao, S. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: STING cyclic dinucleotide sensing originated in bacteria.
著者: Morehouse, B.R. / Govande, A.A. / Millman, A. / Keszei, A.F.A. / Lowey, B. / Ofir, G. / Shao, S. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2020年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen / struct
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct.title
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STING-associated CdnE c-di-GMP synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7021
ポリマ－42,7021
非ポリマー00
水7,098394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.181, 78.100, 111.105
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 STING-associated CdnE c-di-GMP synthase / FsCdnE


分子量: 42701.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Flavobacteriaceae (バクテリア) / 株: Flavobacteriaceae sp. genome bin 11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DUE2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 2 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→46.49 Å / Num. obs: 69098 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.6 % / Biso Wilson estimate: 18.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.52→1.55 Å / Num. unique obs: 3383 / CC1/2: 0.562 / Rpim(I) all: 0.701

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.52→46.49 Å / SU ML: 0.1416 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.4933
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 2000 2.9 %
Rwork0.1681 --
obs0.1687 68977 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→46.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2908 0 0 394 3302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01452956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35073971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084501
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.50131144
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.52-1.560.25461390.24334673X-RAY DIFFRACTION98.08
1.56-1.60.25341410.22394706X-RAY DIFFRACTION99.26
1.6-1.650.23971410.20674722X-RAY DIFFRACTION99.65
1.65-1.70.22061410.19994735X-RAY DIFFRACTION99.35
1.7-1.760.20181420.17594733X-RAY DIFFRACTION99.73
1.76-1.830.17051420.16594747X-RAY DIFFRACTION99.67
1.83-1.920.19941420.16624764X-RAY DIFFRACTION99.84
1.92-2.020.19341420.16584751X-RAY DIFFRACTION99.8
2.02-2.140.20151430.16354768X-RAY DIFFRACTION99.68
2.14-2.310.18951430.1564808X-RAY DIFFRACTION99.84
2.31-2.540.20741430.16494804X-RAY DIFFRACTION99.84
2.54-2.910.18411450.16864846X-RAY DIFFRACTION99.96
2.91-3.660.1821450.16264860X-RAY DIFFRACTION99.34
3.66-46.490.16041510.15995060X-RAY DIFFRACTION99.31
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.447278421923-0.271973586408-0.1723786279230.4630090300340.08524143731580.072893538363-0.0182775952993-0.0914823235626-0.05567648400150.04146040094330.02493282807360.02367504536870.0202878114184-0.02152424370130.002047423336860.1441482168390.0019893234063-0.005115914172620.1435244909780.01754171911570.14282318394436.939277039646.290540787934.209000188
21.19529504192-0.593013253012-0.1062561482760.8543551448970.2104123564020.5231228208120.0505308534180.05173314803240.056363595742-0.0946269062683-0.049699671898-0.0323979037167-0.09657002002780.0077552439946-0.004510600404520.137641571044-0.00974462382597-0.01223604445660.122365381862-0.007511465755250.12792083657527.428036176357.543197629622.989375213
31.236766122080.41367367422-0.1430144063230.516508097094-0.3940333863630.8213349595090.01482861688080.0287339396795-0.0105978248054-0.0440444453853-0.0206561556674-0.09377036949410.02420485019280.0595156912385-0.0001896010227240.12183848220.0146876002922-0.0008169166308850.1274303125120.002968201641210.14598504886553.044551671544.24175855828.571406778
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 133 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 134 through 248 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 249 through 361 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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