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- PDB-6wt6: Structure of a metazoan TIR-STING receptor from C. gigas -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wt6
タイトルStructure of a metazoan TIR-STING receptor from C. gigas
要素Metazoan TIR-STING fusion
キーワードIMMUNE SYSTEM / TIR domain / cyclic dinucleotide receptor / immune effector
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / reticulophagy / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / autophagosome ...ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / reticulophagy / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / autophagosome / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / signal transduction
類似検索 - 分子機能
: / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Crassostrea gigas (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Morehouse, B.R. / Govande, A.A. / Millman, A. / Keszei, A.F.A. / Lowey, B. / Ofir, G. / Shao, S. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: STING cyclic dinucleotide sensing originated in bacteria.
著者: Morehouse, B.R. / Govande, A.A. / Millman, A. / Keszei, A.F.A. / Lowey, B. / Ofir, G. / Shao, S. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2020年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metazoan TIR-STING fusion


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0631
ポリマ－47,0631
非ポリマー00
水1,09961
1
A: Metazoan TIR-STING fusion

A: Metazoan TIR-STING fusion


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1272
ポリマ－94,1272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area28450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.424, 136.424, 40.325
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-536-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Metazoan TIR-STING fusion


分子量: 47063.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Crassostrea gigas (無脊椎動物) / 遺伝子: XP_011430837.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DUE1*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, and 16% PEG-4000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.05 Å / Num. obs: 15377 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 33.05 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 1562 / CC1/2: 0.797 / Rpim(I) all: 0.691

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.41→48.05 Å / SU ML: 0.2777 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8814
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 1530 9.99 %
Rwork0.2156 --
obs0.2183 15312 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→48.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2470 0 0 61 2531
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312523
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56783412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0417379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.41041529
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.480.29911320.27781196X-RAY DIFFRACTION98.22
2.48-2.570.28661340.26531219X-RAY DIFFRACTION99.63
2.57-2.680.29351390.26291246X-RAY DIFFRACTION99.64
2.68-2.80.2971340.25171206X-RAY DIFFRACTION99.63
2.8-2.940.26981370.2461237X-RAY DIFFRACTION99.71
2.94-3.130.26611390.2371249X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.370.271390.23271240X-RAY DIFFRACTION99.78
3.37-3.710.22551380.19341256X-RAY DIFFRACTION99.93
3.71-4.250.21621390.18881256X-RAY DIFFRACTION99.93
4.25-5.350.20121440.17181295X-RAY DIFFRACTION100
5.35-48.050.22481550.22031382X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.499882114972-0.03888487171490.02270236405811.075909092480.8521493769830.6834709308150.04490696608390.7386234120620.0176379839596-0.2780106636820.383082939202-0.206834388262-0.04185551181340.803710499110.07110487908160.313284930527-0.0132519026087-0.0282201843120.9428195213140.08587162338020.58767859521473.281132983136.9697149897-6.31289864246
20.5038902818990.405597146922-0.0972935554930.403112537221-0.5155464668563.37927097464-0.2139280789881.12058841365-0.210421354243-0.271973486735-0.0768704185405-0.3788060508120.3818520309310.7603012002670.04704163605110.339263250223-0.0951615355765-0.04389366077470.8246320465680.2435789600590.64289258890163.677475047340.5937476073-11.4591530285
33.03879386135-2.10208657968-0.5995327229561.571252748980.7817572484651.25178722471-0.2869185234350.3028616644591.63618120029-0.2589524514780.2514542601-1.05443589749-1.359593354420.5763752273580.2149622023260.604443808595-0.148581860903-0.1239638700640.5881099007670.05389725079990.72015665387264.592407545451.0754969361-3.18608266847
41.59890473414-0.0266373694321-0.3562281774230.7474457960460.1867850367191.963387102070.0115687455323-0.0825015100480.02386545643060.123967628766-0.03412210830660.0403975693808-0.00593151403894-0.333615030722-0.04626382695490.1214947323390.00604223946532-0.001666822122720.178311894801-0.00182651440620.13708725243628.616970284245.92283739547.06039298712
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 103 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 104 through 150 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 151 through 358 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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