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- PDB-6wsa: Crystal structure of a betaine aldehyde dehydrogenase from Burkho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wsa
タイトルCrystal structure of a betaine aldehyde dehydrogenase from Burkholderia pseudomallei without cofactor
要素NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / National Institute of Allergy and Infectious Disease / NIAID / melioidosis / glycine metabolism / serine metabolism / threonine metabolism / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Betaine aldehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...Betaine aldehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / Betaine aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase from Burkholderia pseudomallei.
著者: Beard, D.K. / Subramanian, S. / Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Edwards, T.E. / Myler, P.J. / Asojo, O.A.
履歴
登録2020年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,08116
ポリマ－53,1331
非ポリマー94815
水9,026501
1
A: NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,32464
ポリマ－212,5324
非ポリマー3,79260
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/31
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/31
Buried area30920 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area57720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.860, 107.860, 233.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-899-

HOH

21A-921-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase / BADH


分子量: 53132.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain 1710b) (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: betB, BURPS1710b_A0376 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JLL8, betaine-aldehyde dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.7 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: BupsA.00020.b.AE1.PS38619 at 34.72 mg/mL against JCSG+ screen condition F7: 0.8 M succinate pH 7.0 supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, unique puck ID gfm8-1, crystal tracking ID 314025f7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→49.51 Å / Num. obs: 51154 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.085 % / Biso Wilson estimate: 32.748 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.056 / Net I/σ(I): 12.86 / Num. measured all: 362438 / Scaling rejects: 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.17.280.5083.526952370437020.9480.54899.9
2.1-2.167.3410.4234.0426656363136310.9570.455100
2.16-2.227.3220.3494.9225709351235110.9670.375100
2.22-2.297.1970.315.6924641342534240.9750.334100
2.29-2.377.3140.2436.7324106329632960.9860.261100
2.37-2.457.2960.2087.9823654324232420.9870.224100
2.45-2.547.2830.1849.0422622310631060.9880.198100
2.54-2.657.2680.15510.7221848300630060.9910.167100
2.65-2.767.180.14112.0320809289828980.9920.152100
2.76-2.97.1690.12313.8519664274327430.9940.132100
2.9-3.067.1230.10315.8718884265126510.9950.111100
3.06-3.246.9840.08818.1417524250925090.9960.095100
3.24-3.476.8390.07720.3916201236923690.9960.083100
3.47-3.746.7340.07122.4414922221622160.9970.076100
3.74-4.16.6410.06324.1613528203720370.9970.068100
4.1-4.586.6590.05525.9412425186718660.9980.05999.9
4.58-5.296.6930.05226.0611151167016660.9980.05699.8
5.29-6.486.70.04925.159695144814470.9980.05399.9
6.48-9.176.5020.03827.037451114711460.9990.04199.9
9.17-49.515.8080.03426.3239967056880.9980.03797.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.17.1.3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2wox

2wox


解像度: 2.05→49.51 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1729 2932 5.96 %
Rwork0.1404 --
obs0.1424 49171 96.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.28 Å2 / Biso mean: 34.255 Å2 / Biso min: 17.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→49.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3666 0 61 501 4228
Biso mean--58.43 42.54 -
残基数----489
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.080.25211090.22031957206687
2.08-2.120.23911250.19232047217290
2.12-2.160.20841290.17542036216591
2.16-2.20.2321240.16422080220492
2.2-2.240.17631240.16632078220292
2.24-2.290.22761560.16992046220292
2.29-2.350.21291310.14612118224994
2.35-2.410.19591500.1432124227496
2.41-2.470.191350.14332199233497
2.47-2.540.18291280.14522196232497
2.54-2.630.17271410.14652236237798
2.63-2.720.19511270.15132228235598
2.72-2.830.18741420.15282244238698
2.83-2.960.20951500.15732240239099
2.96-3.110.18061420.14842267240999
3.11-3.310.21081470.15012271241899
3.31-3.560.15951550.137823052460100
3.56-3.920.15841470.122523142461100
3.92-4.490.12331560.106823342490100
4.49-5.650.12491550.113623742529100
5.65-49.510.17241590.1442545270499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33410.9873-0.66572.0275-0.56051.2980.1176-0.21830.12560.1668-0.02980.2853-0.1962-0.3457-0.10830.23080.05150.06420.4465-0.01210.276-2.87560.2914-8.2448
24.0527-0.1037-0.2080.95330.13211.44330.061-0.12330.26770.0668-0.0274-0.259-0.25220.0221-0.02970.2415-0.020.01030.2677-0.06960.161318.816960.645-16.7648
30.7131-0.006-0.22910.3797-0.01230.73450.0336-0.04730.02860.00870.01240.1032-0.0611-0.2032-0.05510.15420.00640.00350.23510.00010.19159.433653.1873-24.1107
42.3050.1985-0.09922.51431.01641.62660.0115-0.1205-0.25740.1454-0.10890.28080.362-0.49850.09920.2633-0.1590.00160.40230.01760.3218-4.667726.9469-27.5435
51.37370.13820.44870.81240.23861.29670.0209-0.10160.01840.1309-0.11110.28320.1089-0.75150.05070.2283-0.09270.04220.6498-0.00890.3975-13.99336.8452-16.7184
61.12460.2373-0.37530.43220.19221.26010.02080.19-0.0931-0.0827-0.08990.23350.1297-0.60410.06610.2317-0.0928-0.04410.4525-0.01460.3001-3.890932.7836-37.8028
70.68880.43-0.12161.0816-0.35550.81960.0373-0.00640.0622-0.05650.00190.09-0.0965-0.1414-0.02270.19970.02170.00690.2148-0.01360.236417.933653.7013-37.884
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 42 )A2 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 81 )A43 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 82 through 265 )A82 - 265
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 266 through 311 )A266 - 311
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 312 through 370 )A312 - 370
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 371 through 440 )A371 - 440
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 441 through 490 )A441 - 490

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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