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- PDB-6ws6: Structural and functional analysis of a potent sarbecovirus neutr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ws6
タイトルStructural and functional analysis of a potent sarbecovirus neutralizing antibody
要素
  • S309 antigen-binding (Fab) fragment, heavy chain
  • S309 antigen-binding (Fab) fragment, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / fusion protein / neutralizing antibody / sarbecovirus / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性Chem-JEF
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Pinto, D. / Park, Y.J. / Beltramello, M. / Walls, A.C. / Tortorici, M.A. / Bianchi, S. / Jaconi, S. / Culap, K. / Zatta, F. / Marco, A.D. ...Pinto, D. / Park, Y.J. / Beltramello, M. / Walls, A.C. / Tortorici, M.A. / Bianchi, S. / Jaconi, S. / Culap, K. / Zatta, F. / Marco, A.D. / Peter, A. / Guarino, B. / Spreafico, R. / Cameroni, E. / Case, J.B. / Chen, R.E. / Havenar-Daughton, C. / Snell, G. / Telenti, A. / Virgin, H.W. / Lanzavecchia, A. / Diamond, M.S. / Fink, K. / Veesler, D. / Corti, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM120553 米国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Cross-neutralization of SARS-CoV-2 by a human monoclonal SARS-CoV antibody.
著者: Dora Pinto / Young-Jun Park / Martina Beltramello / Alexandra C Walls / M Alejandra Tortorici / Siro Bianchi / Stefano Jaconi / Katja Culap / Fabrizia Zatta / Anna De Marco / Alessia Peter / ...著者: Dora Pinto / Young-Jun Park / Martina Beltramello / Alexandra C Walls / M Alejandra Tortorici / Siro Bianchi / Stefano Jaconi / Katja Culap / Fabrizia Zatta / Anna De Marco / Alessia Peter / Barbara Guarino / Roberto Spreafico / Elisabetta Cameroni / James Brett Case / Rita E Chen / Colin Havenar-Daughton / Gyorgy Snell / Amalio Telenti / Herbert W Virgin / Antonio Lanzavecchia / Michael S Diamond / Katja Fink / David Veesler / Davide Corti /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is a newly emerged coronavirus that is responsible for the current pandemic of coronavirus disease 2019 (COVID-19), which has resulted in ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is a newly emerged coronavirus that is responsible for the current pandemic of coronavirus disease 2019 (COVID-19), which has resulted in more than 3.7 million infections and 260,000 deaths as of 6 May 2020. Vaccine and therapeutic discovery efforts are paramount to curb the pandemic spread of this zoonotic virus. The SARS-CoV-2 spike (S) glycoprotein promotes entry into host cells and is the main target of neutralizing antibodies. Here we describe several monoclonal antibodies that target the S glycoprotein of SARS-CoV-2, which we identified from memory B cells of an individual who was infected with severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) in 2003. One antibody (named S309) potently neutralizes SARS-CoV-2 and SARS-CoV pseudoviruses as well as authentic SARS-CoV-2, by engaging the receptor-binding domain of the S glycoprotein. Using cryo-electron microscopy and binding assays, we show that S309 recognizes an epitope containing a glycan that is conserved within the Sarbecovirus subgenus, without competing with receptor attachment. Antibody cocktails that include S309 in combination with other antibodies that we identified further enhanced SARS-CoV-2 neutralization, and may limit the emergence of neutralization-escape mutants. These results pave the way for using S309 and antibody cocktails containing S309 for prophylaxis in individuals at a high risk of exposure or as a post-exposure therapy to limit or treat severe disease.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2020
タイトル: Structural and functional analysis of a potent sarbecovirus neutralizing antibody.
著者: Dora Pinto / Young-Jun Park / Martina Beltramello / Alexandra C Walls / M Alejandra Tortorici / Siro Bianchi / Stefano Jaconi / Katja Culap / Fabrizia Zatta / Anna De Marco / Alessia Peter / ...著者: Dora Pinto / Young-Jun Park / Martina Beltramello / Alexandra C Walls / M Alejandra Tortorici / Siro Bianchi / Stefano Jaconi / Katja Culap / Fabrizia Zatta / Anna De Marco / Alessia Peter / Barbara Guarino / Roberto Spreafico / Elisabetta Cameroni / James Brett Case / Rita E Chen / Colin Havenar-Daughton / Gyorgy Snell / Amalio Telenti / Herbert W Virgin / Antonio Lanzavecchia / Michael S Diamond / Katja Fink / David Veesler / Davide Corti
要旨: SARS-CoV-2 is a newly emerged coronavirus responsible for the current COVID-19 pandemic that has resulted in more than one million infections and 73,000 deaths . Vaccine and therapeutic discovery ...SARS-CoV-2 is a newly emerged coronavirus responsible for the current COVID-19 pandemic that has resulted in more than one million infections and 73,000 deaths . Vaccine and therapeutic discovery efforts are paramount to curb the pandemic spread of this zoonotic virus. The SARS-CoV-2 spike (S) glycoprotein promotes entry into host cells and is the main target of neutralizing antibodies. Here we describe multiple monoclonal antibodies targeting SARS-CoV-2 S identified from memory B cells of a SARS survivor infected in 2003. One antibody, named S309, potently neutralizes SARS-CoV-2 and SARS-CoV pseudoviruses as well as authentic SARS-CoV-2 by engaging the S receptor-binding domain. Using cryo-electron microscopy and binding assays, we show that S309 recognizes a glycan-containing epitope that is conserved within the sarbecovirus subgenus, without competing with receptor attachment. Antibody cocktails including S309 along with other antibodies identified here further enhanced SARS-CoV-2 neutralization and may limit the emergence of neutralization-escape mutants. These results pave the way for using S309 and S309-containing antibody cocktails for prophylaxis in individuals at high risk of exposure or as a post-exposure therapy to limit or treat severe disease.
履歴
登録2020年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S309 antigen-binding (Fab) fragment, heavy chain
B: S309 antigen-binding (Fab) fragment, light chain
C: S309 antigen-binding (Fab) fragment, heavy chain
D: S309 antigen-binding (Fab) fragment, light chain
E: S309 antigen-binding (Fab) fragment, heavy chain
F: S309 antigen-binding (Fab) fragment, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,9327
ポリマ－143,3356
非ポリマー5981
水00
1
A: S309 antigen-binding (Fab) fragment, heavy chain
B: S309 antigen-binding (Fab) fragment, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3763
ポリマ－47,7782
非ポリマー5981
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: S309 antigen-binding (Fab) fragment, heavy chain
D: S309 antigen-binding (Fab) fragment, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7782
ポリマ－47,7782
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: S309 antigen-binding (Fab) fragment, heavy chain
F: S309 antigen-binding (Fab) fragment, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7782
ポリマ－47,7782
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.590, 132.590, 301.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: 抗体 S309 antigen-binding (Fab) fragment, heavy chain


分子量: 24573.471 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 S309 antigen-binding (Fab) fragment, light chain


分子量: 23204.697 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-JEF / O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) / JEFFAMINE


分子量: 597.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H63NO10
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 1.1 M Sodium Malonate, 0.1 M HEPES, pH 7.0 and 0.5% (w/v) Jeffamine ED-2001

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9713 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月31日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9713 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→121.355 Å / Num. all: 41395 / Num. obs: 41395 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.187 / Rsym value: 0.179 / Net I/av σ(I): 4.2 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 493741
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.3-3.48120.7517094459120.2250.7830.753.5100
3.48-3.6911.40.4911.66388556200.1510.5140.4915.2100
3.69-3.9412.30.3532.26506952800.1040.3680.3537.4100
3.94-4.2612.60.2263.46275549660.0660.2350.22611.5100
4.26-4.6711.90.1435.35424845650.0430.150.14316.7100
4.67-5.22120.1196.34997341680.0360.1250.11918.9100
5.22-6.0212.50.1216.34635637010.0350.1260.12118.3100
6.02-7.38110.1176.23498831700.0370.1230.11717.8100
7.38-10.4411.90.05711.32989525070.0170.060.05730.7100
10.44-93.75510.40.04912.81562815060.0160.0520.04929.999.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.3 Å93.76 Å
Translation3.3 Å93.76 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc4-3812精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NB8

6nb8


解像度: 3.3→93.76 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 2073 5.02 %
Rwork0.188 39218 -
obs0.1899 41291 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 219.28 Å2 / Biso mean: 77.9547 Å2 / Biso min: 31.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→93.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9630 0 41 0 9671
Biso mean--84.23 --
残基数----1297
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.3-3.380.25471220.232125782700
3.38-3.460.25561310.205725612692
3.46-3.550.23651250.198525672692
3.55-3.660.25151340.193325612695
3.66-3.780.22011380.200425862724
3.78-3.910.23251640.188625662730
3.91-4.070.21831100.173425982708
4.07-4.250.21661340.171725742708
4.25-4.480.1921550.15825842739
4.48-4.760.17581610.154325872748
4.76-5.130.2291070.164526502757
5.13-5.640.19351200.176526412761
5.64-6.460.2551430.212826542797
6.46-8.130.27491570.224726742831
8.14-93.760.24221720.202928373009
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.18681.24941.0553.0352-0.2113.9306-0.11480.34990.1823-0.21220.00030.0956-0.02920.07850.11770.3894-0.0351-0.07760.3430.10410.3445.953620.057212.3663
24.14290.58840.20166.0023-3.3393.04480.010.1528-0.23790.28050.2713-0.54150.40880.1784-0.25810.55290.0577-0.19080.4525-0.1740.54135.426613.132934.439
35.5753-0.78553.7174.8175-2.49169.2742-0.1513-0.34540.22410.5247-0.0625-0.144-0.2504-0.69760.18920.3476-0.02880.04430.47850.02630.4368-1.648719.591733.3396
44.8492.5948-0.39382.4115-0.2842.8005-0.00460.1775-0.179-0.00040.1359-0.1647-0.01170.2005-0.12990.56510.0355-0.13230.3725-0.04510.470232.504825.190244.1387
53.4299-0.0901-1.28661.97290.15210.5592-0.0001-0.0466-0.14730.15680.00060.69130.4231-0.78510.03940.5167-0.28560.01440.94790.17870.7588-22.7259-2.558313.0305
61.81-0.71410.1991.7993-1.18721.1018-0.52070.0719-0.30610.95810.4170.6959-0.60030.09430.12381.0955-0.19590.19381.38890.26540.8621-31.2583-14.316943.065
73.2349-0.1976-1.56862.3387-0.6864.4851-0.0815-0.6436-0.26730.56880.02120.22270.9876-0.20140.0410.8483-0.1571-0.06460.64470.22020.6638-4.8649-14.495919.6446
81.97760.5829-0.16680.81210.04470.0476-0.43710.1589-0.37480.31650.24820.71660.382-0.19390.02851.417-0.61750.45061.62520.64271.0538-26.7127-30.125341.3729
94.59230.28642.33011.4943-0.4614.2209-0.2020.34970.1623-0.1040.1647-0.0603-0.17270.29680.01170.594-0.0053-0.10350.2813-0.04310.436444.740557.417654.5888
106.93270.5456-2.18492.6433-0.62465.9276-0.2989-0.21860.89250.10190.2540.7667-0.5578-0.48080.0370.52610.1162-0.11880.3909-0.05410.670110.209656.207445.7951
117.39872.05910.01011.78240.50032.80820.0773-0.3022-0.37060.37670.0706-0.1480.3715-0.2013-0.1460.81750.0141-0.17870.41250.03760.469436.272639.554565.0512
122.36761.0461.27882.0373-0.27725.5805-0.3521-0.03510.2029-0.01460.13290.0638-0.2696-0.2330.16370.39970.0631-0.09890.39950.04420.51779.503641.194841.1898
130.81061.9099-2.42946.9161-3.93578.60231.32030.1391-0.99080.0198-1.50720.07760.0512-0.73670.20480.7798-0.052-0.36261.16990.12060.5572-9.916112.8116-0.6371
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 127 )A1 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 128 through 229 )A128 - 229
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 108 )B1 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 109 through 213 )B109 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 127 )C1 - 127
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 128 through 224 )C128 - 224
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 1 through 108)D1 - 108
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 109 through 208 )D109 - 208
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 1 through 127 )E1 - 127
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 128 through 229 )E128 - 229
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 1 through 108 )F1 - 108
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 109 through 213 )F109 - 213
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 401)A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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