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万見
- PDB-6wrk: Crystal structure of 3rd-generation Mj 3-nitro-tyrosine tRNA synt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wrk
タイトルCrystal structure of 3rd-generation Mj 3-nitro-tyrosine tRNA synthetase ("A7") bound to 3-nitro-tyrosine
要素Tyrosine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / 3-nitro-tyrosine
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / Tyrosine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
META-NITRO-TYROSINE / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Beyer, J.N. / Hosseinzadeh, P. / Karplus, P.A. / Mehl, R.A. / Cooley, R.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM114653-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM131168-02 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)3F32GM120791-01S1 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Overcoming Near-Cognate Suppression in a Release Factor 1-Deficient Host with an Improved Nitro-Tyrosine tRNA Synthetase.
著者: Beyer, J.N. / Hosseinzadeh, P. / Gottfried-Lee, I. / Van Fossen, E.M. / Zhu, P. / Bednar, R.M. / Karplus, P.A. / Mehl, R.A. / Cooley, R.B.
履歴
登録2020年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8897
ポリマ－36,1371
非ポリマー7526
水2,792155
1
A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,77714
ポリマ－72,2742
非ポリマー1,50312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_664-y+1,-x+1,-z-1/21
Buried area4290 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area27850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.430, 101.430, 71.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-529-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine--tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 36136.898 Da / 分子数: 1 / 変異: Y32H, H70T, D158H, I159A, L162R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: tyrS, MJ0389 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57834, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-NIY / META-NITRO-TYROSINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 226.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22-23% PEG 300, 5% PEG 8000, 10% glycerol and 100 mM Tris pH 7.9 to 8.2
PH範囲: 7.9-8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月22日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→45.36 Å / Num. obs: 28169 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.17
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 7238 / CC1/2: 0.31 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1-3660精密化
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
XSCALEデータスケーリング
XDSdata processing
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NDA

4nda


解像度: 1.95→45.36 Å / SU ML: 0.2811 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.527
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2053 821 2.96 %
Rwork0.181 26914 -
obs0.1817 27735 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2505 0 51 155 2711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01742733
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5643687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1002399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012480
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.58041085
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.070.3781340.32294391X-RAY DIFFRACTION99.98
2.07-2.230.24721350.24424409X-RAY DIFFRACTION99.96
2.23-2.460.26711350.2024430X-RAY DIFFRACTION99.93
2.46-2.810.19421360.17694467X-RAY DIFFRACTION99.91
2.81-3.540.2181370.16084507X-RAY DIFFRACTION99.91
3.54-45.360.16521440.16084710X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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