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- PDB-6wph: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in complex with dsD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wph
タイトルStructure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in complex with dsDNA and (-)-FTC
要素
  • DNA Primer 21-mer
  • DNA template 27-mer
  • Reverse transcriptase/ribonuclease H
  • p51 RT
キーワードTRANSFERASE/DNA / Reverse Transcriptase / ternary complex / (-)FTC / chain terminator / Emtricitabine / stereochemistry / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / Assembly Of The HIV Virion / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / Budding and maturation of HIV virion / host multivesicular body / protein processing / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / peptidase activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-43X / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Bertoletti, N. / Anderson, K.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049551 米国
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2020
タイトル: Post-Catalytic Complexes with Emtricitabine or Stavudine and HIV-1 Reverse Transcriptase Reveal New Mechanistic Insights for Nucleotide Incorporation and Drug Resistance.
著者: Bertoletti, N. / Chan, A.H. / Schinazi, R.F. / Anderson, K.S.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年5月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase/ribonuclease H
B: p51 RT
P: DNA Primer 21-mer
T: DNA template 27-mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,07010
ポリマ－132,1554
非ポリマー9156
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13970 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area44140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.980, 168.054, 101.916
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-501-

MG

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Reverse transcriptase/ribonuclease H


分子量: 64521.895 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S, Q258C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate HXB2) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate HXB2 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質 p51 RT


分子量: 52748.418 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate HXB2) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate HXB2 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P04585, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#3: DNA鎖 DNA Primer 21-mer


分子量: 6476.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA template 27-mer


分子量: 8408.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 28分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-43X / [(2R,5S)-5-(4-amino-5-fluoro-2-oxopyrimidin-1(2H)-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate / FTC-MP / 4-アミノ-5-フルオロ-1-[(2R)-2β-[(ホスホノオキシ)メチル]-1,3-オキサチオラン-5β-イル]ピリ(以下略)


分子量: 327.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11FN3O6PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-DGP / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dGMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 % / 解説: thin plate
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 6-10% (w/v) PEG 8000, 15 mM magnesium sulfate, and 50 mM MES adjusted at pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→30 Å / Num. obs: 38359 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 25.3 % / Biso Wilson estimate: 64.91 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 0.999 / Rsym value: 0.161 / Net I/σ(I): 20.33
反射 シェル解像度: 2.71→2.88 Å / 冗長度: 24.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / Num. unique obs: 5620 / CC1/2: 0.911 / CC star: 0.911 / Rsym value: 0.977 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OR7

6or7


解像度: 2.72→29.52 Å / SU ML: 0.4372 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.306
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2566 1885 5 %
Rwork0.1969 --
obs0.1999 37715 98.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 65.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→29.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7480 824 53 22 8379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00758677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.941512000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05241328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00631388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.14195020
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-2.80.48921120.45242119X-RAY DIFFRACTION75.78
2.8-2.880.38451460.30782778X-RAY DIFFRACTION99.9
2.88-2.970.32691450.25692755X-RAY DIFFRACTION99.93
2.97-3.080.34191460.24732781X-RAY DIFFRACTION99.93
3.08-3.20.31191450.24522782X-RAY DIFFRACTION99.93
3.2-3.350.31631460.24572775X-RAY DIFFRACTION99.97
3.35-3.520.32831470.2282796X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.740.2631470.19592786X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.030.23781470.17682801X-RAY DIFFRACTION100
4.03-4.440.20881490.15822831X-RAY DIFFRACTION100
4.44-5.080.20711480.15082813X-RAY DIFFRACTION100
5.08-6.390.25221510.18232853X-RAY DIFFRACTION100
6.39-29.520.20771560.17862960X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9005016414990.0125451487501-0.2030016755381.54455325513-0.2925915047160.96808398051-0.2013623564110.255472274779-0.422293633161-0.2963963034820.05240493216750.2723600054250.804947465255-0.252932952212-0.0114110212110.678585845938-0.0837146744956-0.136589757180.513969566359-0.09622763259780.68244286920731.3264283212-9.61973140739-27.7638670602
21.71389495842-0.3300464872670.07195775588890.392606806710.05194185793690.295547392752-0.3448929309781.070338754160.704699683401-0.9228397291220.337541341088-0.461104635266-0.0976512999678-0.2394114776910.02324883900680.966933590698-0.156707704895-0.167316565590.640871638357-0.2241603894650.88174311373238.984046702-2.63514048886-33.5429261493
30.903229238048-0.5788016950890.1392880983620.4650659336290.03802164094520.226169515322-0.09145156958480.124326141085-0.243097241154-0.1174607595970.065162176575-0.04716824959010.0956594366368-0.00539783551782-7.26943561153E-50.467236253298-0.0502267371488-0.01579561442280.412218438048-0.02346127434120.43442311402838.23955655655.6429989611-18.8270568726
40.0688000824988-0.08283426931690.07619052958080.101522448553-0.1026695819350.134225998169-0.3552009049240.201853985577-0.00605135779025-0.4407000410690.0723276327559-0.03693383564120.4030270330690.0395802670860.001232722773540.982135587952-0.197983183272-0.1152050906180.720267264906-0.1198975982780.69280346262228.2765424172-11.8223909591-30.3750705865
50.248986237402-0.03611997817180.02147575530361.75020176586-0.5417467481540.6251745954210.012201952198-0.0430745185624-0.109407784753-0.1587661579530.0139193410322-0.2945580942970.2687282888120.079429714178-0.00052032553420.3769693475720.0281836220764-0.006308355533820.311445178339-0.04234410254490.3105809340748.3019261038.99899814538-21.1542729253
60.2055368434240.1773198280670.1965486712581.7577606031-0.2698628063540.301234706687-0.03617034177540.06331366220.225751730549-0.219537319253-0.13068677391-0.427450407505-0.111082948267-0.0496654158515-0.001501086338040.352930283356-0.0001140145927650.01735381304370.4171859901630.03965716494290.37530378740546.966761621331.8106242449-30.7895196382
70.286277503965-0.09010973356980.1052128358661.30127994565-0.2569680413480.849137866604-0.016902708812-0.008083829158690.1577687611240.102506897569-0.136489454482-0.286684895594-0.2088406939680.0723039215139-6.50101734954E-50.36214667163-0.02950365481270.06462030229660.38542381617-0.01233135720510.45555036120137.22298737252.6688287504-28.3494920455
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:62)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 63:79)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 80:125)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 126:142)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 143:277)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 278:387)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 388:448)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 449:555)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 6:16)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 17:82)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 83:86)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 96:153)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 154:204)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 205:240)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 241:324)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 325:428)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain P and resid 805:808)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain P and resid 809:812)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain P and resid 813:816)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain P and resid 818:821)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain T and resid 704:707)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain T and resid 708:711)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain T and resid 712:721)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain T and resid 722:724)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る