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- PDB-6wnx: FBXW11-SKP1 in complex with a pSer33/pSer37 Beta-Catenin peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wnx
タイトルFBXW11-SKP1 in complex with a pSer33/pSer37 Beta-Catenin peptide
要素
  • Catenin beta-1
  • F-box/WD repeat-containing protein 11
  • S-phase kinase-associated protein 1
キーワードLIGASE / Complex / E3 ligase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / CDH11 homotypic and heterotypic interactions ...positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / neural plate development / metanephros morphogenesis / glial cell fate determination / Regulation of CDH19 Expression and Function / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of timing of anagen / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / central nervous system vasculogenesis / regulation of centriole-centriole cohesion / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Regulation of CDH11 function / embryonic axis specification / Specification of the neural plate border / Scrib-APC-beta-catenin complex / lens morphogenesis in camera-type eye / regulation of fibroblast proliferation / beta-catenin-TCF complex / endodermal cell fate commitment / acinar cell differentiation / dorsal root ganglion development / synaptic vesicle clustering / proximal/distal pattern formation / neuron fate determination / F-box domain binding / Formation of the nephric duct / endothelial tube morphogenesis / microtubule organizing center organization / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / dorsal/ventral axis specification / sympathetic ganglion development / fungiform papilla formation / layer formation in cerebral cortex / positive regulation of endothelial cell differentiation / presynaptic active zone cytoplasmic component / mesenchymal to epithelial transition / hindbrain development / positive regulation of determination of dorsal identity / positive regulation of skeletal muscle tissue development / lung epithelial cell differentiation / fascia adherens / regulation of protein localization to cell surface / ectoderm development / embryonic foregut morphogenesis / hair cell differentiation / detection of muscle stretch / cellular response to indole-3-methanol / smooth muscle cell differentiation / positive regulation of odontoblast differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / positive regulation of myoblast proliferation / histone methyltransferase binding / PcG protein complex / alpha-catenin binding / regulation of calcium ion import / regulation of epithelial to mesenchymal transition / Germ layer formation at gastrulation / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / establishment of blood-retinal barrier / flotillin complex / apicolateral plasma membrane / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / cranial skeletal system development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cell-cell adhesion mediated by cadherin / male genitalia development / Formation of definitive endoderm / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / regulation of smooth muscle cell proliferation / catenin complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / beta-catenin destruction complex / embryonic brain development / positive regulation of circadian rhythm / oocyte development / lung-associated mesenchyme development / midbrain dopaminergic neuron differentiation / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / establishment of blood-brain barrier / Formation of axial mesoderm
類似検索 - 分子機能
D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / : / Monooxygenase - #50 / Beta-catenin / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily ...D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / : / Monooxygenase - #50 / Beta-catenin / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Monooxygenase / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Armadillo-like helical / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Catenin beta-1 / S-phase kinase-associated protein 1 / F-box/WD repeat-containing protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ivanochko, D. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Boettcher, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: FBXW11-SKP1 in complex with a pSer33/pSer37 Beta-Catenin peptide
著者: Ivanochko, D. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Boettcher, J.
履歴
登録2020年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F-box/WD repeat-containing protein 11
B: S-phase kinase-associated protein 1
C: Catenin beta-1
D: F-box/WD repeat-containing protein 11
E: S-phase kinase-associated protein 1
F: Catenin beta-1
G: F-box/WD repeat-containing protein 11
H: S-phase kinase-associated protein 1
I: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,11517
ポリマ－200,5169
非ポリマー5998
水4,990277
1
A: F-box/WD repeat-containing protein 11
B: S-phase kinase-associated protein 1
C: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2308
ポリマ－66,8393
非ポリマー3915
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area25450 Å2
手法PISA
2
D: F-box/WD repeat-containing protein 11
E: S-phase kinase-associated protein 1
F: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9545
ポリマ－66,8393
非ポリマー1152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area25100 Å2
手法PISA
3
G: F-box/WD repeat-containing protein 11
H: S-phase kinase-associated protein 1
I: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9314
ポリマ－66,8393
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area25350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.732, 81.866, 133.198
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ADGBEH

#1: タンパク質 F-box/WD repeat-containing protein 11 / F-box and WD repeats protein beta-TrCP2 / F-box/WD repeat-containing protein 1B / Homologous to ...F-box and WD repeats protein beta-TrCP2 / F-box/WD repeat-containing protein 1B / Homologous to Slimb protein / HOS


分子量: 49231.000 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBXW11, BTRCP2, FBW1B, FBXW1B, KIAA0696 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UKB1
#2: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti ...Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 16590.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63208

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 3分子 CFI

#3: タンパク質・ペプチド Catenin beta-1 / Beta-catenin


分子量: 1016.860 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35222

-
非ポリマー , 3種, 285分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12M Ethylene Glycol, 0.1M Morpheus Buffer 1 pH 6.5, 30.0% GOL_P4K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→133.02 Å / Num. obs: 78568 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.223 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.243 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.478 / Num. unique obs: 4511 / CC1/2: 0.289 / Rpim(I) all: 0.637 / Rrim(I) all: 1.614 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å133.02 Å
Translation2.5 Å133.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1p22

1p22


解像度: 2.5→133.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 28.108 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.381
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2508 2632 4.8 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.2081 52614 61.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 167.05 Å2 / Biso mean: 60.619 Å2 / Biso min: 7.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20 Å2-0.76 Å2
2---1.05 Å2-0 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→133.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13320 0 38 277 13635
Biso mean--64.25 33.73 -
残基数----1659
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01313614
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01712750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.63418429
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2731.58229532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.03451651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.34921.989754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.757152456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.41615109
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215039
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022876
LS精密化 シェル解像度: 2.501→2.566 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 6 -
Rwork0.343 142 -
obs--2.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39360.44080.07422.65881.3050.9943-0.07310.1497-0.0387-0.37170.13190.0643-0.1258-0.0642-0.05880.09240.01250.00210.15210.05810.0789-1.667814.151-26.5565
26.31020.50711.6862.14680.43972.15120.047-0.49110.15950.3436-0.1523-0.0322-0.1638-0.25530.10530.12750.03110.0290.16360.06290.0724-18.9233-22.254-36.927
30.32360.86720.02643.9064-0.01140.00640.12220.0402-0.0410.0741-0.10390.1980.02380.0133-0.01820.12690.0349-0.00690.1337-0.05650.14880.736934.5828-11.4428
41.36630.2045-0.09721.39670.1233.47250.0566-0.325-0.01610.29750.0126-0.3055-0.140.5243-0.06920.1665-0.00380.0080.3208-0.04290.138434.906513.1686-58.7925
50.59170.6826-0.67312.57480.9752.4954-0.2830.3520.0867-0.96930.14040.4095-0.2222-0.66880.14250.9897-0.2015-0.20311.7253-0.02810.761150.566645.6932-54.8041
60.79721.6312-1.093.4621-1.37398.65350.03910.00140.12340.07270.02250.28760.36030.022-0.06160.1875-0.01420.00040.18430.01970.171416.33421.0877-69.1228
74.3816-1.0292-1.71390.24390.39640.73580.03450.12380.0536-0.0162-0.03270.00880.08720.0688-0.00180.25740.01530.09120.49270.01270.358755.5122-21.0886-19.9503
82.41182.2404-0.65436.1861-1.15771.6805-0.27710.3734-0.1049-0.56890.2542-0.40680.21270.11840.02280.0623-0.02050.03230.0973-0.01820.030815.0079-24.4784-11.5256
92.5418-1.77950.42654.9581-6.20239.46250.1526-0.2634-0.3729-0.49260.09260.35790.62340.05-0.24520.1729-0.0092-0.06390.3927-0.00180.16974.9835-26.9861-34.5921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 701
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3C31 - 39
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 601
5X-RAY DIFFRACTION5E4 - 139
6X-RAY DIFFRACTION6F31 - 39
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 501
8X-RAY DIFFRACTION8H2 - 145
9X-RAY DIFFRACTION9I31 - 39

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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