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- PDB-6wnn: Bacillus subtilis BioA in complex with amino donor L-Lys -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wnn
タイトルBacillus subtilis BioA in complex with amino donor L-Lys
要素Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / DAPA synthase / biotin biosynthesis / lysine aminotransferase / omega aminotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LLP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Souza, S.A. / Ng, H.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1833181 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Substrate divergence in 7,8-diaminopelargonic acid synthesis: mutagenesis and computational studies of L-lysine dependent Bacillus subtilis BioA
著者: Cramer, J. / Kubota, C. / Souza, S.A. / Morris, J. / Ng, H.L. / Sun, R. / Jarrett, J.T.
履歴
登録2020年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
B: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,6304
ポリマ－102,0072
非ポリマー6232
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9700 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area29730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.300, 60.540, 62.720
Angle α, β, γ (deg.)96.150, 106.040, 99.230
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase / 7 / 8-diamino-pelargonic acid aminotransferase / DAPA aminotransferase / 8-diaminononanoate ...7 / 8-diamino-pelargonic acid aminotransferase / DAPA aminotransferase / 8-diaminononanoate synthase / DANS / Diaminopelargonic acid synthase


分子量: 51003.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: bioA, A3772_16240, B4417_0368 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A162RZA9, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-LLP / (2S)-2-amino-6-[[3-hydroxy-2-methyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylideneamino]hexanoic acid / N'-PYRIDOXYL-LYSINE-5'-MONOPHOSPHATE / N6-[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)ピリジン-4-イルメチレン]リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 375.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N3O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl, 30% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月30日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→59.51 Å / Num. obs: 23055 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 2.781 % / Biso Wilson estimate: 48.864 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.876 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 64122 / Scaling rejects: 188
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.59-2.651.8840.7541.182457187613040.5520.98969.5
2.65-2.732.7710.6751.714464179416110.7630.82289.8
2.73-2.82.790.5812.144201176115060.8060.70585.5
2.8-2.892.820.442.754487174315910.8930.53191.3
2.89-2.992.8460.3823.24425163115550.9150.4695.3
2.99-3.092.8350.2964.024337161515300.9410.35894.7
3.09-3.212.7870.2265.174122154214790.9540.27295.9
3.21-3.342.8090.1726.463969150114130.9710.20994.1
3.34-3.492.7290.1447.613654144813390.9720.17692.5
3.49-3.662.8350.1198.843671134412950.9840.14596.4
3.66-3.852.8930.09710.663692131712760.9870.11896.9
3.85-4.092.9640.07712.853450120811640.9890.09496.4
4.09-4.372.9290.06713.883199115910920.9910.08294.2
4.37-4.722.8130.06214.54280710629980.9910.07694
4.72-5.172.9190.06314.75281110029630.990.07796.1
5.17-5.782.8380.06813.3724158938510.9890.08495.3
5.78-6.682.8420.06214.4320637847260.9910.07792.6
6.68-8.182.9230.05116.4818216696230.9950.06393.1
8.18-11.562.7760.04118.413275224780.9940.05191.6
11.56-59.512.8740.04719.677502802610.9910.05893.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3DOD

3dod


解像度: 2.59→59.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / SU B: 25.246 / SU ML: 0.509 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.495 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3327 1157 5 %RANDOM
Rwork0.2315 ---
obs0.2367 21897 91.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.54 Å2 / Biso mean: 46.331 Å2 / Biso min: 15.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.07 Å2-0.01 Å2
2--0.08 Å2-0.23 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.59→59.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6577 0 41 0 6618
Biso mean--63.65 --
残基数----836
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196753
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.989111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.012315024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7085832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.54524.881295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.592151227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3171526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2999
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021447
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.653 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.58 58 -
Rwork0.474 1241 -
obs--69.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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