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- PDB-6wn0: The structure of a CoA-dependent acyl-homoserine lactone synthase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wn0
タイトルThe structure of a CoA-dependent acyl-homoserine lactone synthase, RpaI, with the adduct of SAH and p-coumaroyl CoA
要素4-coumaroyl-homoserine lactone synthase
キーワードTRANSFERASE / acyl-homoserine lactone / coenzyme A / RpaI
機能・相同性
機能・相同性情報


4-coumaroyl-homoserine lactone synthase / quorum sensing / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Autoinducer synthase / Autoinducer synthase / Autoinducer synthase family profile. / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Chem-U4Y / 4-coumaroyl-homoserine lactone synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Dong, S.-H. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structure-Guided Biochemical Analysis of Quorum Signal Synthase Specificities.
著者: Dong, S.H. / Nhu-Lam, M. / Nagarajan, R. / Nair, S.K.
履歴
登録2020年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-coumaroyl-homoserine lactone synthase
B: 4-coumaroyl-homoserine lactone synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8036
ポリマ－48,2032
非ポリマー2,6004
水9,026501
1
A: 4-coumaroyl-homoserine lactone synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4023
ポリマ－24,1021
非ポリマー1,3002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 4-coumaroyl-homoserine lactone synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4023
ポリマ－24,1021
非ポリマー1,3002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.519, 100.512, 105.047
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 4-coumaroyl-homoserine lactone synthase / p-coumaryl-homoserine lactone synthase / pC-HSL synthase / RpaI


分子量: 24101.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
遺伝子: rpaI, RPA0320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6NCZ6, 4-coumaroyl-homoserine lactone synthase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-U4Y / (2S)-4-({[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl}sulfanyl)-2-{[(2E)-3-(cis-4-hydroxycyclohexa-2,5-dien-1-yl)prop-2-enoyl]amino}butanoic acid


分子量: 532.569 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28N6O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen flow / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月11日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 38339 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.964 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 236834
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.85-1.8860.76518190.7010.3260.8370.86296.1
1.88-1.9260.65418820.7660.2780.7160.90596.4
1.92-1.9560.55918630.8060.2370.6120.92896.9
1.95-1.9960.46518480.8480.1970.5080.93496.2
1.99-2.045.90.42218830.8730.180.4620.95396.4
2.04-2.085.90.34918490.8910.1490.3820.98196
2.08-2.145.90.29919180.930.1280.3280.95296.6
2.14-2.195.90.26518370.9490.1140.290.96195.8
2.19-2.265.80.22818950.9550.0990.250.94797.2
2.26-2.335.80.20418950.9580.0880.2240.93896.8
2.33-2.415.90.18218850.9730.0780.1990.92897.4
2.41-2.515.90.16519390.9740.0710.180.91297.8
2.51-2.635.90.14219170.9830.0610.1550.92898.4
2.63-2.766.10.13219420.9830.0550.1440.97498.8
2.76-2.946.30.11219450.9890.0450.1211.15299.4
2.94-3.166.60.10119850.9910.040.1091.31299.5
3.16-3.486.90.0819710.9950.030.0861.38299
3.48-3.9970.05319820.9970.020.0570.93198.7
3.99-5.026.90.03819950.9980.0150.0410.71297.7
5.02-506.50.03420890.9990.0130.0370.64296.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5W8E

5w8e


解像度: 1.85→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.535 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.147
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2288 1880 5 %RANDOM
Rwork0.1866 ---
obs0.1887 35779 95.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 58.33 Å2 / Biso mean: 21.701 Å2 / Biso min: 11.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3389 0 170 501 4060
Biso mean--21.13 31.54 -
残基数----425
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4912.0154986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5055423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03622.335167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.50715568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2011542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212788
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 113 -
Rwork0.271 2211 -
all-2324 -
obs--83.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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