PDB-6wns: The structure of a CoA-dependent acyl-homoserine lactone synthase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wns

タイトル

The structure of a CoA-dependent acyl-homoserine lactone synthase, MesI

要素

Acyl-homoserine-lactone synthase

キーワード

TRANSFERASE / acyl-homoserine lactone / coenzyme A / MesI

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-homoserine-lactone synthase / N-acyl homoserine lactone synthase activity / quorum sensing
類似検索 - 分子機能

生物種

Mesorhizobium sp. ORS 3359 (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Dong, S.-H. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structure-Guided Biochemical Analysis of Quorum Signal Synthase Specificities.
著者: Dong, S.H. / Nhu-Lam, M. / Nagarajan, R. / Nair, S.K.

履歴

登録	2020年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wns.cif.gz	92.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wns.ent.gz	68.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wns.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wns	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wn0C 5w8eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yjf-4 2jij-1 7nbj-3 2a6v-1 3qtl-3 1c9j-d 7nbj-4 2tps-1 5lo1-d 7nbq-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-homoserine-lactone synthase

23.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.673, 65.673, 113.539
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-381- HOH

#1: タンパク質	Acyl-homoserine-lactone synthase / Autoinducer synthesis protein 分子量: 23120.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mesorhizobium sp. ORS 3359 (根粒菌) 遺伝子: MPLA_2130039 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A090F1W4, acyl-homoserine-lactone synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化	温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 40% v/v MPD, 5% w/v PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月12日
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→56.8 Å / Num. obs: 19634 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 37.9
反射シェル	解像度: 1.93→1.93 Å / Num. unique obs: 1329 / CC_1/2: 0.842

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000	1	データ削減
XDS	1	データスケーリング
PHASER	1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5W8E

5w8e

解像度: 1.93→56.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 8.095 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2348	986	5.022 %
R_work	0.2146	-	-
all	0.216	-	-
obs	-	19633	99.746 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.755 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.765 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.765 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→56.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1558	0	0	110	1668

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.017	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.989	1.639	2165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.481	1.571	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.637	5	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.121	19.333	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.746	15	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.234	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	378
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.268	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	784
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.29	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.274	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.095	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.26	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.013	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.922	3.91	777
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.921	3.908	775
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.033	5.842	966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.031	5.843	966
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.492	4.198	818
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.49	4.199	819
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.211	6.182	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.209	6.183	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.058	47.092	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.042	46.296	1794

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.969	0.301	51	0.285	1329	X-RAY DIFFRACTION	98.3607
1.969-2.023	0.324	85	0.254	1309	X-RAY DIFFRACTION	100
2.023-2.082	0.253	69	0.215	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.082-2.146	0.234	67	0.224	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.146-2.216	0.207	60	0.206	1212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.216-2.294	0.213	58	0.211	1189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.294-2.38	0.255	74	0.213	1117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.477	0.243	46	0.206	1098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.477-2.587	0.215	57	0.21	1048	X-RAY DIFFRACTION	100
2.587-2.713	0.218	57	0.208	1014	X-RAY DIFFRACTION	99.7207
2.713-2.86	0.313	53	0.211	944	X-RAY DIFFRACTION	99.007
2.86-3.033	0.246	46	0.227	917	X-RAY DIFFRACTION	100
3.033-3.241	0.239	51	0.228	859	X-RAY DIFFRACTION	100
3.241-3.5	0.261	49	0.241	811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.833	0.24	35	0.222	746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.833-4.283	0.259	29	0.194	691	X-RAY DIFFRACTION	100
4.283-4.941	0.205	36	0.174	618	X-RAY DIFFRACTION	100
4.941-6.04	0.214	26	0.214	526	X-RAY DIFFRACTION	98.3957
6.04-8.493	0.249	21	0.234	427	X-RAY DIFFRACTION	100
8-10	0.177	16	0.177	264	X-RAY DIFFRACTION	98.2456

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.7251 Å / Origin y: -19.5446 Å / Origin z: -4.8744 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2272 Å²	0.1942 Å²	0.0628 Å²	-	0.2651 Å²	0.0244 Å²	-	-	0.0745 Å²
L	4.5952 °²	-1.0859 °²	1.1411 °²	-	2.4774 °²	-0.718 °²	-	-	4.0539 °²
S	0.1358 Å °	0.2535 Å °	-0.458 Å °	-0.5048 Å °	-0.2202 Å °	-0.072 Å °	0.7583 Å °	1.0285 Å °	0.0845 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)