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- PDB-6wms: Crystal Structure of Human REV-ERBbeta Ligand Binding Domain Co-B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wms
タイトルCrystal Structure of Human REV-ERBbeta Ligand Binding Domain Co-Bound to Heme and NCoR ID2 Peptide
要素
  • NCOR isoform c
  • Nuclear receptor Rev-ErbA beta variant 1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Nuclear receptor (核内受容体) / heme-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of skeletal muscle cell differentiation / NR1D1 (REV-ERBA) represses gene expression / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of JNK cascade / negative regulation of glycolytic process / circadian behavior / nuclear thyroid hormone receptor binding / negative regulation of fatty acid metabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis ...regulation of skeletal muscle cell differentiation / NR1D1 (REV-ERBA) represses gene expression / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of JNK cascade / negative regulation of glycolytic process / circadian behavior / nuclear thyroid hormone receptor binding / negative regulation of fatty acid metabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Notch-HLH transcription pathway / lipid homeostasis / locomotor rhythm / histone deacetylase complex / regulation of lipid metabolic process / Regulation of MECP2 expression and activity / spindle assembly / energy homeostasis / Nuclear signaling by ERBB4 / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / transcription repressor complex / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of miRNA transcription / HDACs deacetylate histones / nuclear receptor binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / regulation of circadian rhythm / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / 紡錘体 / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Nuclear Receptor transcription pathway / transcription corepressor activity / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / chromatin organization / regulation of inflammatory response / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / 細胞分化 / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
N-CoR, GPS2-interacting domain / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / 核内受容体 ...N-CoR, GPS2-interacting domain / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nuclear receptor Rev-ErbA beta variant 1 / Nuclear receptor corepressor 1 / Nuclear receptor subfamily 1 group D member 2 / NCOR isoform c
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mosure, S.A. / Shang, J. / Kojetin, D.J.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structural basis for heme-dependent NCoR binding to the transcriptional repressor REV-ERB beta.
著者: Mosure, S.A. / Strutzenberg, T.S. / Shang, J. / Munoz-Tello, P. / Solt, L.A. / Griffin, P.R. / Kojetin, D.J.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor Rev-ErbA beta variant 1
B: Nuclear receptor Rev-ErbA beta variant 1
E: NCOR isoform c
F: NCOR isoform c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2406
ポリマ－50,0074
非ポリマー1,2332
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.586, 73.400, 59.673
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor Rev-ErbA beta variant 1


分子量: 22494.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1D2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F1D8P2, UniProt: Q14995*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド NCOR isoform c


分子量: 2508.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86YY1, UniProt: O75376*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Mg formate dihydrate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44 Å / Num. obs: 31527 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 10.44
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 31527 / CC1/2: 0.754 / % possible all: 98.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CQV

3cqv


解像度: 2→43.699 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 1996 6.33 %
Rwork0.188 --
obs0.1913 31527 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.43 Å2 / Biso mean: 32.6737 Å2 / Biso min: 12.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→43.699 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3284 0 86 204 3574
Biso mean--23.13 40.51 -
残基数----415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8924722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.1162853
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.050.29131390.22822114100
2.05-2.10550.27871450.2257207599
2.1055-2.16740.26741450.21262095100
2.1674-2.23740.25341370.2041212499
2.2374-2.31730.24391550.1943210799
2.3173-2.41010.24251400.19322112100
2.4101-2.51980.2571460.19222123100
2.5198-2.65260.24071360.2023209999
2.6526-2.81880.24381460.1944210799
2.8188-3.03640.24121480.1988210699
3.0364-3.34180.26511350.1916213099
3.3418-3.82510.2111360.1832209898
3.8251-4.81830.21331400.1539209898
4.8183-43.60.23811480.185214398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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