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- PDB-3cqv: Crystal structure of Reverb beta in complex with heme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cqv
タイトルCrystal structure of Reverb beta in complex with heme
要素Nuclear receptor subfamily 1 group D member 2
キーワードTRANSCRIPTION / Reverb beta / heme / NR1D2 / nuclear receptor / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Repressor / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of skeletal muscle cell differentiation / circadian behavior / lipid homeostasis / regulation of lipid metabolic process / energy homeostasis / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / regulation of circadian rhythm / Nuclear Receptor transcription pathway / negative regulation of inflammatory response ...regulation of skeletal muscle cell differentiation / circadian behavior / lipid homeostasis / regulation of lipid metabolic process / energy homeostasis / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / regulation of circadian rhythm / Nuclear Receptor transcription pathway / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nuclear receptor subfamily 1 group D member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Xu, X. / Dong, A. / Pardee, K.I. / Reinking, J. / Krause, H. / Schuetz, A. / Zhang, R. / Cui, H. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. ...Xu, X. / Dong, A. / Pardee, K.I. / Reinking, J. / Krause, H. / Schuetz, A. / Zhang, R. / Cui, H. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Savchenko, A. / Botchkarev, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2009
タイトル: The structural basis of gas-responsive transcription by the human nuclear hormone receptor REV-ERBbeta.
著者: Pardee, K.I. / Xu, X. / Reinking, J. / Schuetz, A. / Dong, A. / Liu, S. / Zhang, R. / Tiefenbach, J. / Lajoie, G. / Plotnikov, A.N. / Botchkarev, A. / Krause, H.M. / Edwards, A.
履歴
登録2008年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 1 group D member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4872
ポリマ－22,8701
非ポリマー6161
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.428, 48.623, 68.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-730-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 1 group D member 2 / Rev-erb-beta / EAR-1R / Orphan nuclear hormone receptor BD73


分子量: 22870.023 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 381-579, see remarks 200 and 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1D2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysE / 参照: UniProt: Q14995
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE COMPLETE SEQUENCE OF THE CONSTRUCT USED FOR CRYSTALLIZATION IS: ...THE COMPLETE SEQUENCE OF THE CONSTRUCT USED FOR CRYSTALLIZATION IS: MHHHHHHSSGRENLYFQGSSPPSSDFAKEEVIGMVTRAHKDTFMYNQEQQENVPIDGFS QNENKNSYLCNTGGRMHLVCPMSKSPYVDPHKSGHEIWEEFSMSFTPAVKEVVEFAKRI PGFRDLSQHDQVNLLKAGTFEVLMVRFASLFDAKERTVTFLSGKKYSVDDLHSMGAGDL LNSMFEFSEKLNALQLSDEEMSLFTAVVLVSADRSGIENVNSVEALQETLIRALRTLIM KNHPNEASIFTKLLLKLPDLRSLNNMHSEELLAFKVHP, FROM WHICH MHHHHHHSSGRENLYFQG IS AN N-TERMINAL EXPRESSION TAG FOLLOWED BY THE SEQUENCE OF A FUSION PROTEIN, CONTAINING RESIDUES 241-274 OF UNIPROT ENTRY Q14995 (NR1D2_HUMAN): SSPPSSDFAKEEVIGMVTRAHKDTFMYNQEQQEN, AND RESIDUES 358-579 OF UNIPROT ENTRY Q14995 (NR1D2_HUMAN): VPIDGFSQNENKNSYLCNTGGRMHLVCPMSKSPYVDPHKSGHEIWEEFSMSFTPAVKEV VEFAKRIPGFRDLSQHDQVNLLKAGTFEVLMVRFASLFDAKERTVTFLSGKKYSVDDLH SMGAGDLLNSMFEFSEKLNALQLSDEEMSLFTAVVLVSADRSGIENVNSVEALQETLIR ALRTLIMKNHPNEASIFTKLLLKLPDLRSLNNMHSEELLAFKVHP. AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN SAMPLE WAS MIXED WITH 1:2000 (W/W, PROTEASE TO PROTEIN) RATIO WITH TRYPSIN DURING CONCENTRATION, WHICH EVIDENTLY CLEAVED OFF MANY OF N-TERMINAL RESIDUES OF THE PROTEIN PRIOR TO CRYSTAL FORMATION. THE PRECISE LOCATION OF THE CLEAVAGE SITE HAS NOT BEEN DETERMINED. THEREFORE, THE SEQUENCE INFORMATION, AS WELL AS THE VALUES OF MATTHEWS COEFFICIENT AND SOLVENT CONTENT ARE BASED ON THE CHAIN LENGTH STARTING FROM THE FIRST VISIBLE N-TERMINAL RESIDUE IN ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
解説: THE CRYSTAL WAS OBTAINED BY IN SITU PROTEOLYSIS. PROTEIN SAMPLE WAS MIXED WITH 1:2000 (W/W, PROTEASE TO PROTEIN) RATIO WITH TRYPSIN DURING CONCENTRATION. THE MATTHEWS COEFFICIENT CALCULATED ...解説: THE CRYSTAL WAS OBTAINED BY IN SITU PROTEOLYSIS. PROTEIN SAMPLE WAS MIXED WITH 1:2000 (W/W, PROTEASE TO PROTEIN) RATIO WITH TRYPSIN DURING CONCENTRATION. THE MATTHEWS COEFFICIENT CALCULATED BASED ON THE CONSTRUCTED SEQUENCE IS 1.94, AND SOLVENT CONTENT 36.7%. THE VALUES SHOWN IN FILE ARE CALCULATED BASED ON THE SEQUENCE STARTING FROM THE FIRST VISIBLE N-TERMINAL RESIDUE IN ELECTRON DENSITY, THEREFORE THEY MAY NOT BE ACCURATE.
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6
詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M Na Hepes pH 7.6, 4% Jeffamine M-600, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 20061 / Num. obs: 20061 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 5.46 / Num. unique all: 986 / Rsym value: 0.453 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→40.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 2.679 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Program COOT 0.3.3 has also been used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23541 1020 5.1 %RANDOM
Rwork0.19704 ---
all0.19899 19007 --
obs0.19899 19007 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.471 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1571 0 43 157 1771
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221654
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4262.0472254
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.735203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.75924.42970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.66315290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.069158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2838
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21162
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2530.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5961.51027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8421625
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3373695
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0294.5627
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 72 -
Rwork0.205 1391 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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