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万見
- PDB-6wmh: Next generation monomeric IgG4 Fc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wmh
タイトルNext generation monomeric IgG4 Fc
要素Immunoglobulin heavy constant gamma 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody constant region / fragment crystallizable / mutated
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis ...IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Oganesyan, V.Y. / Shan, L. / van Dyk, N. / Dall'Acqua, W.F.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: In vivo pharmacokinetic enhancement of monomeric Fc and monovalent bispecific designs through structural guidance.
著者: Shan, L. / Dyk, N.V. / Haskins, N. / Cook, K.M. / Rosenthal, K.L. / Mazor, R. / Dragulin-Otto, S. / Jiang, Y. / Wu, H. / Dall'Acqua, W.F. / Borrok, M.J. / Damschroder, M.M. / Oganesyan, V.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Immunoglobulin heavy constant gamma 4
A: Immunoglobulin heavy constant gamma 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5792
ポリマ－47,5792
非ポリマー00
水2,774154
1
H: Immunoglobulin heavy constant gamma 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7901
ポリマ－23,7901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Immunoglobulin heavy constant gamma 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7901
ポリマ－23,7901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.974, 110.925, 87.175
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11H
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 238 - 442 / Label seq-ID: 1 - 205

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1HA
2AB

-
要素

#1: タンパク質 Immunoglobulin heavy constant gamma 4 / Ig gamma-4 chain C region


分子量: 23789.652 Da / 分子数: 2 / 断片: domains Ch2 and Ch3
変異: M252Y, S254T, T256E, N297D, L351F, S354E, T366R, P395K, F405R, Y407E
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01861
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: DL-Glutamic acid monohydrate, DL-Alanine, Glycine, DL-Lysine monohydrochloride, DL-Serine, Sodium HEPES, MOPS (acid), Ethylene glycol, PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.19499 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.19499 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→37 Å / Num. obs: 22417 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.282 / Num. unique obs: 2147 / CC1/2: 0.599 / Rpim(I) all: 0.528 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5hvw

5hvw


解像度: 2.3→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 8.019 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.231
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2431 1047 4.7 %RANDOM
Rwork0.2007 ---
obs0.2028 21334 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 201.11 Å2 / Biso mean: 44.781 Å2 / Biso min: 21.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å2-0 Å20 Å2
2---0.88 Å2-0 Å2
3---1.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3342 0 0 154 3496
Biso mean---38.17 -
残基数----413
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0133432
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8761.6554664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.31.5767214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5555411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95923.736182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.18515597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6561516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02675
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5799 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1H
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.357 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 75 -
Rwork0.29 1540 -
obs--97.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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