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万見
- PDB-1r6n: HPV11 E2 TAD complex crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r6n
タイトルHPV11 E2 TAD complex crystal structure
要素HPV11 REGULATORY PROTEIN E2
キーワードTRANSCRIPTION / REPLICATION / Papillomavirus / E2 TAD / TAD / X-ray structure
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / regulation of DNA replication / DNA replication / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
E2 (early) protein, N terminal domain, subdomain 1 / Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2 / Papillomavirus E2 early protein domain / Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal ...E2 (early) protein, N terminal domain, subdomain 1 / Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2 / Papillomavirus E2 early protein domain / Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal / E2/EBNA1, C-terminal / Beta Complex / Helix Hairpins / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-434 / 2-METHYL-PROPIONIC ACID / Regulatory protein E2
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus type 11 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang, Y. / Coulombe, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the E2 Transactivation Domain of Human Papillomavirus Type 11 Bound to a Protein Interaction Inhibitor
著者: Wang, Y. / Coulombe, R. / Cameron, D.R. / Thauvette, L. / Massariol, M.-J. / Amon, L.M. / Fink, D. / Titolo, S. / Welchner, E. / Yoakim, C. / Archambault, J. / White, P.W.
履歴
登録2003年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HPV11 REGULATORY PROTEIN E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8185
ポリマ－24,4351
非ポリマー1,3834
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.456, 60.456, 82.526
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 HPV11 REGULATORY PROTEIN E2 / HPV11 E2 TAD / E2 protein


分子量: 24434.838 Da / 分子数: 1 / 断片: TRANSACTIVATION DOMAIN (RESIDUES 2-201) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: inhibited form
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 11 (パピローマウイルス)
属: Alphapapillomavirus / 生物種: Human papillomavirus - 6 / 遺伝子: E2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P04015
#2: 化合物 ChemComp-434 / SPIRO[3-CARBOXY-4-{(4-[1,2,3]THIADIAZOL-4-YL-PHENYL)-AMINO-CARBONYL} -5-[3,4-DICHLORO-PHENYL]-TETRAHYDROFURAN-2,2'-5-METHYL-INDAN-1,3-DIONE] / BILH 434


分子量: 608.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H19Cl2N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-ALQ / 2-METHYL-PROPIONIC ACID / イソ酪酸


分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Na Citrate, MPD, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
160 mM1dropMe2SO
210 mg/mlHis-Lys-TAD1drop
30.1 Msodium citrate1reservoirpH5.5
435 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 11028 / Num. obs: 10792 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.44 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 27.47
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique all: 964 / % possible all: 86.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 11028 / Num. measured all: 70999
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HPV11 E2 TAb apo (1R6K)

1r6k


解像度: 2.4→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 879 -Random
Rwork0.2095 ---
all0.2095 11669 --
obs0.2095 11003 94.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1594 0 92 27 1713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007251
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1901
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.30859
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85799
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.566
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.741
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0072
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.19
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.30859
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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