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万見
- PDB-6wol: Next generation monomeric IgG4 Fc bound to neonatal Fc receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wol
タイトルNext generation monomeric IgG4 Fc bound to neonatal Fc receptor
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • IgG receptor FcRn large subunit p51
  • Immunoglobulin heavy constant gamma 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody constant region / fragment crystallizable / mutated / neonatal Fc receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG immunoglobulin complex / IgG binding / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / beta-2-microglobulin binding / FCGR activation / complement activation, classical pathway ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG immunoglobulin complex / IgG binding / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / beta-2-microglobulin binding / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / Regulation of Complement cascade / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / antibacterial humoral response / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein homotetramerization / blood microparticle / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...: / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 4 / IgG receptor FcRn large subunit p51 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Oganesyan, V.Y. / Shan, L. / van Dyk, N. / Dall'Acqua, W.F.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: In vivo pharmacokinetic enhancement of monomeric Fc and monovalent bispecific designs through structural guidance.
著者: Shan, L. / Dyk, N.V. / Haskins, N. / Cook, K.M. / Rosenthal, K.L. / Mazor, R. / Dragulin-Otto, S. / Jiang, Y. / Wu, H. / Dall'Acqua, W.F. / Borrok, M.J. / Damschroder, M.M. / Oganesyan, V.
履歴
登録2020年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Immunoglobulin heavy constant gamma 4
A: IgG receptor FcRn large subunit p51
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6864
ポリマ－65,2223
非ポリマー1,4631
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area29750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.284, 122.598, 178.456
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Immunoglobulin heavy constant gamma 4 / Ig gamma-4 chain C region


分子量: 23753.797 Da / 分子数: 1 / 断片: domains Ch3 and Ch4
変異: L351F, S354E, T366R, P395K, F405R, Y407E, L432C, H433S, N434Y, Y436L, T437C, Q438 deleted
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01861
#2: タンパク質 IgG receptor FcRn large subunit p51 / FcRn / IgG Fc fragment receptor transporter alpha chain / Neonatal Fc receptor


分子量: 29720.383 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGRT, FCRN / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55899
#3: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1463.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 1 M sodium iodide, 0.1 M MES, pH 6 and 20% PEG 6000 at a protein concentration of 6.35 mg/mL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→36.1 Å / Num. obs: 26347 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rpim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.49→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2798 / CC1/2: 0.757 / Rpim(I) all: 0.374

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5hvw

5hvw


解像度: 2.49→36.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 11.398 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.508 / ESU R Free: 0.295
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2695 1032 3.9 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.2353 25263 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.71 Å2 / Biso mean: 45.346 Å2 / Biso min: 6.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.95 Å20 Å2-0 Å2
2--5.1 Å2-0 Å2
3----2.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→36.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4576 0 99 33 4708
Biso mean--79.23 33.17 -
残基数----572
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0134819
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4251.6796560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1121.6019997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8515569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96422.782248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.37715781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2271525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021007
LS精密化 シェル解像度: 2.494→2.559 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 73 -
Rwork0.364 1658 -
all-1731 -
obs--89.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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