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- PDB-6wma: Crystal structure of a soluble variant of full-length human APOBE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wma
タイトルCrystal structure of a soluble variant of full-length human APOBEC3G (pH 7.6)
要素
  • APOLIPOPROTEIN B MRNA EDITING ENZYME, CATALYTIC PEPTIDE- LIKE 3G
  • DNA (5'-D(P*CP*C)-3')
キーワードHYDROLASE/DNA / APOBEC3G / ANTIVIRAL DEFENSE / HYDROLASE / DNA CYTIDINE DEAMINASE / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DNA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Maiti, A. / Matsuo, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1AI150478 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of a Soluble APOBEC3G Variant Suggests ssDNA to Bind in a Channel that Extends between the Two Domains.
著者: Maiti, A. / Myint, W. / Delviks-Frankenberry, K.A. / Hou, S. / Kanai, T. / Balachandran, V. / Sierra Rodriguez, C. / Tripathi, R. / Kurt Yilmaz, N. / Pathak, V.K. / Schiffer, C.A. / Matsuo, H.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOLIPOPROTEIN B MRNA EDITING ENZYME, CATALYTIC PEPTIDE- LIKE 3G
B: DNA (5'-D(P*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1945
ポリマ－43,0012
非ポリマー1933
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.940, 41.870, 191.541
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 APOLIPOPROTEIN B MRNA EDITING ENZYME, CATALYTIC PEPTIDE- LIKE 3G


分子量: 42467.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*C)-3')


分子量: 533.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 153分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.03 M Citric acid, 0.07 M BIS-TRIS propane (pH 7.6) and 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→31.72 Å / Num. obs: 14930 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 30.41 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1301 / CC1/2: 0.769 / % possible all: 80.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BUX CHAIN A AND 5K81 CHAIN A

6bux

5k81


解像度: 2.5→31.717 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2476 688 4.61 %
Rwork0.1969 14242 -
obs0.1993 14930 89.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.44 Å2 / Biso mean: 37.4646 Å2 / Biso min: 12.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→31.717 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2916 38 8 150 3112
Biso mean--48.63 34.83 -
残基数----363
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5001-2.69310.2861350.2302260583
2.6931-2.96390.31271260.2452287190
2.9639-3.39240.29581360.2104290792
3.3924-4.27240.22661540.1804284889
4.2724-31.710.20281370.1747301191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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