+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wm7 | ||||||
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Title | Periplasmic EDTA-binding protein EppA, orthorhombic | ||||||
Components | Extracellular solute-binding protein, family 5 | ||||||
Keywords | PEPTIDE BINDING PROTEIN / Periplasmic binding protein / EDTA / bioremediation / ABC transporter | ||||||
Function / homology | Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / periplasmic space / Extracellular solute-binding protein, family 5 Function and homology information | ||||||
Biological species | Chelativorans sp. | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.56 Å | ||||||
Authors | Lewis, K.M. / Greene, C.L. / Sattler, S.A. / Xun, L. / Kang, C. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Int J Mol Sci / Year: 2020 Title: The Structural Basis of the Binding of Various Aminopolycarboxylates by the Periplasmic EDTA-Binding Protein EppA from Chelativorans sp. BNC1. Authors: Lewis, K.M. / Greene, C.L. / Sattler, S.A. / Youn, B. / Xun, L. / Kang, C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wm7.cif.gz | 618.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wm7.ent.gz | 513.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wm7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wm7_validation.pdf.gz | 458.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6wm7_full_validation.pdf.gz | 462.1 KB | Display | |
Data in XML | 6wm7_validation.xml.gz | 50.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6wm7_validation.cif.gz | 78.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wm7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wm7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6wm6C 1vr5S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 62560.234 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chelativorans sp. (strain BNC1) (bacteria) Strain: BNC1 / Gene: Meso_1835 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q11H97 #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 100 mM Tris, 2.0 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 9, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.56→50 Å / Num. obs: 179522 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 2422624 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Χ2: 1 / Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1vr5 Resolution: 1.56→49.456 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 16.85
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 106.37 Å2 / Biso mean: 22.5481 Å2 / Biso min: 7.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.56→49.456 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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